实用生信作图可视化在线工具大盘点-持续更新

nkuyfq

已于 2023-11-01 08:59:06 修改

阅读量2.3k

点赞数

文章标签：信息可视化数据分析数据挖掘

于 2023-05-12 23:20:48 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_67672416/article/details/130651443

版权

一、前言

很多情况下，不熟悉生信分析、不会写代码的科研er们想做出让审稿人满意的、信息含量丰富的、色(bi)彩(ge)斑(man)斓(man)的图片。常见的交互式工具如Origin、Excel、PPT等功能可能没那么强大，功能强大的编程语言如R、Matlab或Python等初学者和非生信专业的人又不友好。因此，那些宝藏在线作图网站就很符合大家的胃口了。下面就对常用的在线工具进行梳理。

二、在线工具

1.ImageGP

国人做的在线工具，链接为https://www.bic.ac.cn/BIC/#/。使用前需要注册。整个网站分为6大版块，分别是Professional plots in seconds、Data transform and extraction、Bioinformatics analysis、Phylogenetic tree view、Text and video tutorial和Bioinformatics resource。

顾名思义，Professional plots in seconds就是做的专业图表，SCI论文常见的热图、箱式图、条形图、线图、火山图、韦恩图、散点图、直方图、Upset图、PCoA图、PCA图等都可以在线绘制，配色还挺协调。

Data transform and extraction是R语言常见的dataframe转换功能，如long-wide数据框转换。

Bioinformatics analysis支持差异分析、多重比对等，如下图所示。

作者还很贴心地附上了一些教程，干货满满。

2.hiplot

作者目前见到的功能最丰富的在线工具，地址是Hiplot (ORG)。作者应该也是国人。主页就能看花眼。

功能极为丰富，你缺什么它就能提供什么。

在基本模块里，作者给了18个页面的作图样式，我仅列举第1页。除了前面提到的热图、箱式图、条形图、线图、火山图、韦恩图、散点图、直方图、Upset图、PCoA图、PCA图，还有相关性热图、组合热图、UMAP、tSNE、QQ图、网络图、密度图、桑基图、金字塔图、ROC图、和弦图等等等等。值得读者自己去一一探索。