一口气安装800个R包（修改版）

见生信技能树文章

批量安装800个r包

list.of.packages <- c(“shiny”,“tidyr”,“tidyverse”, “clusterProfiler”,“DT”,“ashr”,“enrichplot”,“plotly”,“abind”,“acepack”,“ade4”,“ADGofTest”,“afex”,“affxparser”,“affy”,“affyio”,“AIMS”,“airway”,“ALL”,“amap”,“AnnoProbe”,“annotate”,“AnnotationDbi”,“AnnotationFilter”,“AnnotationHub”,“ape”,“aplot”,“aroma.light”,“arules”,“arulesViz”,“askpass”,“assertthat”,“backports”,“base”,“base64”,“base64enc”,“base64url”,“BayesFactor”,“bayestestR”,“bbmle”,“bdsmatrix”,“beachmat”,“beanplot”,“beeswarm”,“benchmarkme”,“benchmarkmeData”,“BH”,“bibtex”,“Biobase”,“BiocFileCache”,“BiocGenerics”,“BiocIO”,“BiocManager”,“BiocNeighbors”,“BiocParallel”,“BiocSingular”,“BiocVersion”,“biocViews”,“biomaRt”,“Biostrings”,“biovizBase”,“bit”,“bit64”,“bitops”,“blob”,“bluster”,“boot”,“bootstrap”,“brew”,“bridgesampling”,“brio”,“Brobdingnag”,“broom”,“broom.mixed”,“broomExtra”,“BSgenome”,“bslib”,“bumphunter”,“BWStest”,“ca”,“cachem”,“callr”,“car”,“carData”,“caret”,“caTools”,“ccdrAlgorithm”,“cellranger”,“checkmate”,“ChIPpeakAnno”,“ChIPseeker”,“chron”,“circlize”,“class”,“cli”,“clipr”,“clisymbols”,“CLL”,“clue”,“cluster”,“clusterProfiler”,“ClusterR”,“cmprsk”,“coda”,“codetools”,“coin”,“colorspace”,“colourpicker”,“combinat”,“cometExactTest”,“commonmark”,“compiler”,“ComplexHeatmap”,“conquer”,“ConsensusClusterPlus”,“contfrac”,“copula”,“corpcor”,“correlation”,“corrplot”,“cowplot”,“cpp11”,“crayon”,“credentials”,“crosstalk”,“ctc”,“curl”,“cutoff”,“data.table”,“datasets”,“datawizard”,“DBI”,“dbplyr”,“dbscan”,“DDRTree”,“DelayedArray”,“DelayedMatrixStats”,“deldir”,“dendextend”,“densityClust”,“DEoptimR”,“desc”,“DescTools”,“DESeq2”,“deSolve”,“devtools”,“dichromat”,“diffobj”,“digest”,“diptest”,“discretecdAlgorithm”,“do”,“DO.db”,“docopt”,“doParallel”,“doRNG”,“DOSE”,“dotCall64”,“downloader”,“dplyr”,“dqrng”,“DT”,“dtplyr”,“dynamicTreeCut”,“e1071”,“EDASeq”,“edgeR”,“effectsize”,“egg”,“ellipse”,“ellipsis”,“elliptic”,“emmeans”,“EMT”,“enrichplot”,“EnsDb.Hsapiens.v75”,“ensembldb”,“estimability”,“europepmc”,“evaluate”,“Exact”,“exactRankTests”,“exomeCopy”,“ExperimentHub”,“expm”,“ez”,“factoextra”,“FactoMineR”,“fansi”,“farver”,“fastcluster”,“fastGHQuad”,“fastICA”,“fastmap”,“fastmatch”,“FD”,“FDb.InfiniumMethylation.hg19”,“ff”,“fgsea”,“fields”,“filelock”,“fit.models”,“fitdistrplus”,“flashClust”,“flexmix”,“FNN”,“fontawesome”,“forcats”,“foreach”,“foreign”,“formatR”,“Formula”,“fpc”,“fs”,“furrr”,“futile.logger”,“futile.options”,“future”,“future.apply”,“gameofthrones”,“gapminder”,“gargle”,“gbRd”,“gclus”,“gdata”,“genefilter”,“genefu”,“geneplotter”,“generics”,“genomation”,“GenomeInfoDb”,“GenomeInfoDbData”,“GenomicAlignments”,“GenomicFeatures”,“GenomicRanges”,“geometry”,“GEOquery”,“gert”,“GetoptLong”,“GGally”,“ggbeeswarm”,“ggbio”,“ggcorrplot”,“ggdendro”,“ggExtra”,“ggforce”,“ggfortify”,“ggfun”,“ggnetwork”,“ggplot2”,“ggplotify”,“ggpubr”,“ggraph”,“ggrepel”,“ggridges”,“ggrisk”,“ggsci”,“ggsignif”,“ggstatsplot”,“ggtext”,“ggthemes”,“ggtree”,“gh”,“git2r”,“gitcreds”,“gld”,“glmnet”,“glmSparseNet”,“GlobalOptions”,“globals”,“glue”,“gmodels”,“gmp”,“gnm”,“GO.db”,“goftest”,“googledrive”,“googlesheets4”,“GOplot”,“GOSemSim”,“gower”,“GPArotation”,“gplots”,“graph”,“graphics”,“graphite”,“graphlayouts”,“grDevices”,“grid”,“gridBase”,“gridExtra”,“gridGraphics”,“gridtext”,“GSEABase”,“gsl”,“gsubfn”,“GSVA”,“gtable”,“gtools”,“harrypotter”,“hash”,“haven”,“HDF5Array”,“here”,“hexbin”,“hgu133a.db”,“hgu133a2.db”,“hgu133plus2.db”,“hgu95av2.db”,“highr”,“Hmisc”,“hms”,“howmany”,“HSMMSingleCell”,“htmlTable”,“htmltools”,“htmlwidgets”,“httpuv”,“httr”,“hugene10sttranscriptcluster.db”,“hwriter”,“hypergeo”,“iC10”,“iC10TrainingData”,“ica”,“idr”,“ids”,“igraph”,“illuminaHumanv3.db”,“illuminaio”,“impute”,“ini”,“inline”,“insight”,“InteractionSet”,“interactiveDisplayBase”,“ipred”,“IRanges”,“IRdisplay”,“IRkernel”,“irlba”,“isoband”,“iterators”,“jackstraw”,“jcolors”,“jmv”,“jmvcore”,“jomo”,“jpeg”,“jquerylib”,“jsonlite”,“KEGGREST”,“kernlab”,“KernSmooth”,“km.ci”,“KMsurv”,“knitr”,“kSamples”,“labeling”,“labelled”,“laeken”,“lambda.r”,“LaplacesDemon”,“lars”,“later”,“lattice”,“latticeExtra”,“lava”,“lavaan”,“lazyeval”,“leaps”,“learnr”,“leiden”,“lfa”,“libcoin”,“lifecycle”,“limma”,“linprog”,“listenv”,“lme4”,“lmerTest”,“lmom”,“lmtest”,“locfdr”,“locfit”,“logspline”,“loo”,“loose.rock”,“lpSolve”,“lsei”,“lubridate”,“lumi”,“made4”,“maftools”,“magic”,“magick”,“magrittr”,“manipulate”,“manipulateWidget”,“mapproj”,“maps”,“maptools”,“markdown”,“MASS”,“Matching”,“MatchIt”,“mathjaxr”,“matlab”,“Matrix”,“MatrixGenerics”,“MatrixModels”,“matrixStats”,“maxstat”,“mbkmeans”,“mc2d”,“mclust”,“mcmc”,“MCMCpack”,“memoise”,“memuse”,“metaBMA”,“metafor”,“metap”,“metaplus”,“metapod”,“methods”,“methylumi”,“mets”,“mgcv”,“mice”,“mime”,“minfi”,“miniUI”,“minqa”,“miRNAtap”,“missMDA”,“mitml”,“mitools”,“mlbench”,“mnormt”,“ModelMetrics”,“modelr”,“modeltools”,“monocle”,“multcomp”,“multcompView”,“MultiAssayExperiment”,“multtest”,“munsell”,“mutoss”,“mvnfast”,“mvnormtest”,“mvtnorm”,“network”,“nleqslv”,“nlme”,“nloptr”,“NMF”,“nnet”,“nomogramFormula”,“nor1mix”,“nortest”,“npsurv”,“numDeriv”,“oligo”,“oligoClasses”,“oompaBase”,“openssl”,“openxlsx”,“ordinal”,“org.Dm.eg.db”,“org.Hs.eg.db”,“org.Mm.eg.db”,“org.Rn.eg.db”,“OrganismDbi”,“packrat”,“paletteer”,“palr”,“pals”,“pamr”,“pan”,“pander”,“parallel”,“parallelly”,“parameters”,“patchwork”,“pbapply”,“pbdZMQ”,“pbivnorm”,“pbkrtest”,“pcaMethods”,“pcaPP”,“pd.hugene.2.0.st”,“pdftools”,“pec”,“performance”,“permute”,“pheatmap”,“phylobase”,“pillar”,“pinfsc50”,“pixmap”,“pkgbuild”,“pkgconfig”,“pkgload”,“pkgmaker”,“plogr”,“plotly”,“plotrix”,“plyr”,“PMCMR”,“PMCMRplus”,“png”,“polspline”,“polyclip”,“polynom”,“prabclus”,“pracma”,“praise”,“preprocessCore”,“prettyunits”,“princurve”,“prismatic”,“pROC”,“processx”,“prodlim”,“progress”,“progressr”,“promises”,“ProtGenerics”,“proto”,“proxy”,“ps”,“pspline”,“psych”,“Publish”,“purrr”,“purrrlyr”,“qap”,“qlcMatrix”,“qpdf”,“quadprog”,“quantmod”,“quantreg”,“qvalue”,“qvcalc”,“R.methodsS3”,“R.oo”,“R.utils”,“R6”,“randomForest”,“ranger”,“RANN”,“rappdirs”,“rat2302.db”,“RBGL”,“rbibutils”,“rcmdcheck”,“RColorBrewer”,“rcompanion”,“rcorpora”,“Rcpp”,“RcppAnnoy”,“RcppArmadillo”,“RcppEigen”,“RcppGSL”,“RcppHNSW”,“RcppParallel”,“RcppProgress”,“RcppZiggurat”,“RCurl”,“RCy3”,“Rdpack”,“reactome.db”,“ReactomePA”,“readr”,“readxl”,“recipes”,“regioneR”,“registry”,“relimp”,“rematch”,“rematch2”,“remotes”,“renv”,“repr”,“reprex”,“reshape”,“reshape2”,“restfulr”,“reticulate”,“rex”,“Rfast”,“rgl”,“rhdf5”,“rhdf5filters”,“Rhdf5lib”,“Rhtslib”,“rio”,“riskRegression”,“rJava”,“rjson”,“RJSONIO”,“rlang”,“rmarkdown”,“rmeta”,“Rmpfr”,“rms”,“RnBeads”,“RnBeads.hg38”,“rncl”,“RNeXML”,“rngtools”,“robust”,“robustbase”,“RobustRankAggreg”,“ROCit”,“ROCR”,“rootSolve”,“ROTS”,“roxygen2”,“rpart”,“rprojroot”,“rrcov”,“rsample”,“Rsamtools”,“RSpectra”,“RSQLite”,“rstan”,“rstantools”,“rstatix”,“rstudioapi”,“rsvd”,“RTCGA”,“RTCGA.clinical”,“RTCGA.miRNASeq”,“RTCGA.rnaseq”,“rtracklayer”,“Rtsne”,“RUnit”,“rvcheck”,“rversions”,“rvest”,“rWikiPathways”,“S4Vectors”,“sandwich”,“sass”,“ScaledMatrix”,“scales”,“scater”,“scattermore”,“scatterpie”,“scatterplot3d”,“scico”,“scran”,“scrime”,“scRNAseq”,“sctransform”,“scuttle”,“segmented”,“selectr”,“seqinr”,“seqPattern”,“seriation”,“sessioninfo”,“set”,“Seurat”,“SeuratObject”,“shadowtext”,“shape”,“shiny”,“shinyjs”,“shinythemes”,“ShortRead”,“siggenes”,“SingleCellExperiment”,“sitmo”,“sjlabelled”,“sjmisc”,“sjstats”,“skimr”,“slam”,“slider”,“slingshot”,“smoother”,“sn”,“sna”,“snow”,“softImpute”,“SomaticCancerAlterations”,“SomaticSignatures”,“sourcetools”,“sp”,“spam”,“sparsebn”,“sparsebnUtils”,“SparseM”,“sparseMatrixStats”,“sparsesvd”,“spatial”,“spatstat.core”,“spatstat.data”,“spatstat.geom”,“spatstat.sparse”,“spatstat.utils”,“splines”,“sqldf”,“SQUAREM”,“stabledist”,“StanHeaders”,“statmod”,“statnet.common”,“stats”,“stats4”,“statsExpressions”,“stringi”,“stringr”,“SummarizedExperiment”,“SuppDists”,“survcomp”,“survey”,“survival”,“survivalROC”,“survminer”,“survMisc”,“sva”,“swirl”,“sys”,“table1”,“tableone”,“taRifx”,“TCGAbiolinks”,“TCGAbiolinksGUI.data”,“tcltk”,“tensor”,“testthat”,“TFisher”,“TH.data”,“tibble”,“tidygraph”,“tidyr”,“tidyselect”,“tidytree”,“tidyverse”,“timeDate”,“timereg”,“timeROC”,“tinytex”,“TMB”,“tmcn”,“tmvnsim”,“tools”,“TrajectoryUtils”,“treeio”,“triebeard”,“tsne”,“TSP”,“TTR”,“tweenr”,“TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm3.ensGene”,“TxDb.Dmelanogaster.UCSC.dm6.ensGene”,“TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene”,“tximport”,“tzdb”,“uchardet”,“ucminf”,“UpSetR”,“urltools”,“usethis”,“utf8”,“utils”,“uuid”,“uwot”,“V8”,“VariantAnnotation”,“vcd”,“vcdExtra”,“vcfR”,“vctrs”,“vegan”,“VennDiagram”,“VGAM”,“VIM”,“vipor”,“viridis”,“viridisLite”,“visNetwork”,“vroom”,“waldo”,“warp”,“webshot”,“WGCNA”,“whisker”,“withr”,“wordcloud”,“WRS2”,“xfun”,“XLConnect”,“XML”,“xml2”,“xopen”,“xtable”,“xts”,“XVector”,“yaml”,“yulab.utils”,“zeallot”,“zinbwave”,“zip”,“zlibbioc”,“zoo”)
all_packages <- rownames(installed.packages())
save(all_packages, file = ‘all_packages.Rdata’)

Check for missing packages

packToInst <- setdiff(list.of.packages, all_packages)
packToInst

Install missing packages

if(length(packToInst) > 0) {
lapply(packToInst, function(x) {
BiocManager::install(x)
})
}

Load required packages

lapply(list.of.packages, function(x) {
suppressPackageStartupMessages(library(x, character.only = TRUE))
})

这段代码是用来检查和安装缺失的R包的。

首先，定义了一个名为list.of.packages的字符向量，其中包含了一些R包的名称。

接下来，通过new.packages <- list.of.packages[!(list.of.packages %in% installed.packages()[,"Package"])]语句，检查list.of.packages中哪些包没有被安装在当前环境中。这一步是通过比较list.of.packages和installed.packages()的结果来实现的。

然后，通过packToInst <- setdiff(list.of.packages, installed.packages())语句，找出那些需要安装的包。setdiff()函数用于找出在list.of.packages中存在但在installed.packages()中不存在的包。

接下来，通过判断if(T)，进入一个循环，使用lapply()函数安装缺失的包。lapply()函数会对packToInst中的每个包名进行迭代，并使用BiocManager::install()函数安装包。ask = F参数表示在安装过程中不需要用户进行确认，update = F参数表示不更新已安装的包。

最后，通过lapply(intersect(packagesReq, installed.packages()),function(x){ suppressPackageStartupMessages(library(x,character.only = T)) })语句，加载已安装的包。这一步使用了lapply()函数对packagesReq和installed.packages()的交集进行迭代，对每个包使用library()函数进行加载。suppressPackageStartupMessages()函数用于在加载包的过程中隐藏一些输出信息。

总体来说，这段代码的目的是检查并安装缺失的R包，然后加载所有已安装的包，以便后续使用这些包进行数据分析和可视化等操作。