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RSS订阅原创 使用MEME fimo寻找motif定位
用其中的summits文件，前后扩展一段距离，由于motif大概不超过20bp，我这里前后扩展15bp。对数据进行常规比对（bowtie2）+call peak 得到了一些区域，motif可能在这些区域。首先，准备好数据：hg38.fa 原始1_1_fq.gz 1_2.fq.gz(我的数据是双端）从此处下载的motif文件，有很多库，选择自己需要的，下载格式选择meme。想知道那些区域有关心的motif，可以使用fimo。接下来，对这个区域提取需要的序列。我寻找的是人类的motif。
2023-10-11 23:53:56
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原创 fq转fa
cat gene.fastq |paste - - - - |cut -f 1,2|sed 's/^@/>/'|tr "\t" "\n"|awk '{print $1}'>gene.faseqtk seq -a
2023-09-29 00:29:57
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原创 CUT&Tag数据分析注意要点及流程
可以用来对CUT&Tag数据做peakcalling的软件，我仍然选择使用macs系列。1. 测序片段前10bp存在质量波动属于正常现象无需修剪。2. CUT&Tag不需要进行PCR去重。（自己总结的经验，如有错误请纠正）
2023-09-01 15:34:13
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原创 使用HINTATAC分析ATAC-seq的footprint和差异motif
（我以为我用3.9版本的python也可以，但是出了很多问题，建议使用3.7版本python）首先安装工具包，按照官网说明安装即可，需要注意的是，现在的RGT仅支持python3版本。然后按着官网代码安装，安装成功会显示successful！linux输入rgt-hint会显示使用说明。接下来下载需要的基因组文件。
2023-06-30 10:54:27
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原创 bam文件去除pcr重复和去除线粒体信息
sambamba markdup -r input.bam output.bamsamtools view -h input.bam |grep -v "chrM" |samtools view -bS -o output.bam
2023-04-26 10:31:07
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空空如也
空空如也
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