参考流程:CUT&Tag Data Processing and Analysis Tutorial
1. 测序片段前10bp存在质量波动属于正常现象无需修剪
2. CUT&Tag不需要进行PCR去重
数据分析流程:
所选择的比对参数:
bowtie2 -p 20 --end-to-end --very-sensitive --no-mixed --no-discordant --phred33 -I 10 -X 700
可以用来对CUT&Tag数据做peakcalling的软件,我仍然选择使用macs系列
参数:
macs3 callpeak -t bam -q 0.05 -f BAMPE --keep-dup all -g hs -n
(自己总结的经验,如有错误请纠正)