使用MEME fimo寻找motif定位

最新推荐文章于 2025-02-28 13:23:33 发布

小兔叽乖乖

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文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_70611557/article/details/133781248

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本文介绍了如何使用fimo工具来分析关心的motif，步骤包括准备hg38.fa数据，通过bowtie2比对并识别motif所在的区域，扩展summits区域，提取序列并最终使用fimo进行motif检测。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

想知道那些区域有关心的motif，可以使用fimo

我寻找的是人类的motif

首先，准备好数据：hg38.fa 原始1_1_fq.gz 1_2.fq.gz(我的数据是双端）

还有Motif Databases - MEME Suite

从此处下载的motif文件，有很多库，选择自己需要的，下载格式选择meme

对数据进行常规比对（bowtie2）+call peak 得到了一些区域，motif可能在这些区域

用其中的summits文件，前后扩展一段距离，由于motif大概不超过20bp，我这里前后扩展15bp

得到了一个区域

接下来，对这个区域提取需要的序列

bedtools getfasta -fi genome.fa -bed chrom_info.txt -name -fo output.fa

然后fimo motif fasta

即可

确定要放弃本次机会？

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小兔叽乖乖

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