本文介绍了如何使用fimo工具来分析关心的motif，步骤包括准备hg38.fa数据，通过bowtie2比对并识别motif所在的区域，扩展summits区域，提取序列并最终使用fimo进行motif检测。
想知道那些区域有关心的motif，可以使用fimo
我寻找的是人类的motif
首先，准备好数据：hg38.fa 原始1_1_fq.gz 1_2.fq.gz(我的数据是双端）
还有Motif Databases - MEME Suite
从此处下载的motif文件，有很多库，选择自己需要的，下载格式选择meme
对数据进行常规比对（bowtie2）+call peak 得到了一些区域，motif可能在这些区域
用其中的summits文件，前后扩展一段距离，由于motif大概不超过20bp，我这里前后扩展15bp
得到了一个区域
接下来，对这个区域提取需要的序列
bedtools getfasta -fi genome.fa -bed chrom_info.txt -name -fo output.fa然后fimo motif fasta
即可
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