NCBI,UCSC,ENSEMBL的区别

已于 2023-12-19 14:49:22 修改
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于 2023-10-15 15:59:35 首次发布
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版权

NCBI：refseq GCF……

UCSC：mm10，hg38

ENSEMBL：GRCH38

提取bed区间内的reads：samtools view -bh -L target.bed bamfile.bam > target.bam

生物信息大数据&数据库（NCBI、EBI、UCSC、TCGA）
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Ensemble消息传递引擎提供有保障的消息传递、基于内容的路由、高性能的消息转换以及对同步和异步交互的支持。Ensemble适配器为打包的应用程序、数据库、行业标准、协议和技术提供开箱即用的连接和数据转换，包括SQL、HL7、SOAP、HTTP、FTP、SAP、TCP、LDAP、Pipe、Telnet和Email。您的集成解决方案受益于高性能的数据处理、有保障的信息传递、中断业务流程的恢复、实时和历史数据的分析，以及我们优雅而经济的数据库镜像技术所提供的可靠性。二、Ensemble安装（windows）
Ensembl数据库下载参考基因组（常见模式植物）bioinfomatics 工具37
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那么问题来了，基因组fa文件和gff文件在哪里？拟南芥基因组fa在这里。注释gff文件在这里。
从UCSC下载基因组的GTF文件
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RNA-seq流程学习笔记（5）-Linux系统下载UCSC人类基因组和基因注释文件（未完成）
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