NCBI,UCSC,ENSEMBL的区别

已于 2023-12-19 14:49:22 修改
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文章标签： big data
于 2023-10-15 15:59:35 首次发布
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NCBI：refseq GCF……

UCSC：mm10，hg38

ENSEMBL：GRCH38

提取bed区间内的reads：samtools view -bh -L target.bed bamfile.bam > target.bam

小兔叽乖乖
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Ensembl数据库是一项生物信息学研究计划，旨在开发一种能够对真核生物基因组进行自动注释并维护的软件。它的基因数据集是根据mRNA和蛋白质序列的数据信息进行注释的，并且数据来源包括新的基因组数据、UniProt/SwissProt和UniProt/TrEMBL的蛋白质序列、NCBI的RefSeq中的DNA和蛋白质序列以及EMBL的cDNA序列。Ensembl是一个开源的基因注释软件系统，很多网站都采用Ensembl这套软件系统，并且它还拥有特有的BioMart功能，可以根据设定的条件对基因组进行检索并以图表形式呈现结果。此外，Ensembl还能与其他数据库整合，进行基因组间的比较分析。Ensembl数据库中储存了各种来源的突变数据，包括SNP、CNV、等位基因频率和基因型等，这些数据经过质量控制后被导入到数据库中。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息，与NCBI Map Viewer和UCSC基因组浏览器相比，Ensembl的注释方式、数据来源和功能略有不同。<span class="em">1</span><span class="em">2</span><span class="em">3</span> #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [Ensembl数据库简介](https://blog.csdn.net/dingsheng56656/article/details/101889585)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] - *2* [Ensembl突变数据描述之（一）——突变物种数据库及预测工具](https://blog.csdn.net/weixin_30367543/article/details/99205142)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v92^chatsearchT3_1"}}] [.reference_item style="max-width: 50%"] [ .reference_list ]
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