差异甲基化位点在基因组上的分布图

install.packages('RIdeogram')
require(RIdeogram)

#自带三个人基因组的数据集，human_karyotype和gene_density上的染色体数据可以直接使用；
data(human_karyotype, package="RIdeogram")
data(gene_density, package="RIdeogram")
data(Random_RNAs_500, package="RIdeogram")    #这个文件可以自定义成差异甲基化位点数据
head(human_karyotype)
#>   Chr Start       End  CE_start    CE_end
#> 1   1     0 248956422 122026459 124932724
#> 2   2     0 242193529  92188145  94090557
#> 3   3     0 198295559  90772458  93655574
#> 4   4     0 190214555  49712061  51743951
#> 5   5     0 181538259  46485900  50059807
#> 6   6     0 170805979  58553888  59829934

karyotype文件：可以是五列（包含中心粒位置）或三列（不含中心粒位置）
第一列：染色体号
第二列：起始
第三列：终止
第四列：中心粒起始位置
第五列：中心粒终止位置

head(gene_density)
#>   Chr   Start     End Value
#> 1   1       1 1000000    65
#> 2   1 1000001 2000000    76
#> 3   1 2000001 3000000    35
#> 4   1 3000001 4000000    30
#> 5   1 4000001 5000000    10
#> 6   1 5000001 6000000    10

基因密度文件：
第一列：染色体号
第二列：起始
第三列：终止
第四列：基因密度值

head(cl)
Type	Shape	Chr	Start	End	color
Hypermethylation	box	16	279898	279898	C65B3F
Hypomethylation	box	16	81529039	81529039	408094

染色体旁的标记文件：
第一列：标记类型
第二列：标记形状
第三列：染色体号
第四列：起始
第五列：终止
第六列：颜色
 

#执行代码 

ideogram(karyotype = hk1, overlaid = gene_density, label = cl, label_type = "marker",Ly=30)
convertSVG("chromosome.svg", device = "png")

#后期还可以试试其他软件，circos（只能绘制弯的染色体），chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica（能绘制直的染色体，但仅支持人、小鼠、大鼠和果蝇等几个物种）。