KEGG报错，有没有人遇到过呀

最新推荐文章于 2024-07-24 21:56:23 发布

掉头发的小胡

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文章标签： r语言

本文链接：https://blog.csdn.net/m0_72474445/article/details/131481434

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在进行KEGG富集分析时遇到了错误，使用R语言的包进行操作，出现未知错误。有人遇到类似的问题吗？求解如何解决。

摘要由CSDN通过智能技术生成

#引用包
library("clusterProfiler")
library("org.Hs.eg.db")
library("enrichplot")
library("ggplot2")
library(GOplot)

pvalueFilter=0.05       #p值过滤条件
qvalueFilter=0.05       #矫正后的p值过滤条件

#定义颜色
colorSel="qvalue"
if(qvalueFilter>0.05){
	colorSel="pvalue"
}
	
setwd("D:\\file\\R\\KEGG")      #设置工作目录
rt=read.table("diff.txt", header=T, sep="\t", check.names=F)      #读取输入文件

#基因名字转换为基因id
colnames(rt)[1]="Gene"
genes=as.vector(rt[,1])
entrezIDs=mget(genes, org.Hs.egSYMBOL2EG, ifnotfound=NA)
entrezIDs=as.character(entrezIDs)
rt=cbind(rt,entrezID=entrezIDs)
gene=entrezIDs[entrezIDs!="NA"]        #去除基因id为NA的基因
#gene=gsub("c\\(\"(\\d+)\".*", "\\1", gene)

#kegg富集分析
kk <- enrichKEGG(gene=gene, organism="hsa", pvalueCutoff=1, qvalueCutoff=1)
KEGG=as.data.