关于KEGG报错问题的解决

一:最近,KEGG用起来会出现报错,如下所示:

fail to download KEGG data...
Error in download.KEGG.Path(species) : 
  'species' should be one of organisms listed in 'http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html'...
In addition: Warning message:
In utils::download.file(url, quiet = quiet, method = "libcurl",  :
  URL 'https://rest.kegg.jp/link/hsa/pathway': status was 'Failure when receiving data from the peer'

 网上也有很多比较好的,也可能行之有效的方法,比如:

1. 建明老师的方法是:

library(R.utils)

R.utils::setOption("clusterProfiler.download.method",'auto')

2.Y叔的:

options(clusterProfiler.download.method = "wininet")

3.或者改用其他下载方式:

目前的下载方式有“internal”、“wininet”(仅限Windows)、“libcurl”、“wget”和“curl”,其中有一个值“auto”:参见‘Details’和‘Note’。

由于的作者在linux上运行R&#

  • 4
    点赞
  • 11
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 2
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值