R环境的配置以及宿主机访问虚拟机和浏览器访问虚拟机

2.1.1 R语言简介

R语言是一种用于数据分析和统计计算的开源编程语言，具有强大的统计分析和数据可视化功能。它支持扩展和定制，拥有丰富的数据处理和数据结构，可以进行交互式编程和脚本编程。R语言在学术界、商业界和政府机构中广泛使用，并成为数据科学和机器学习的重要工具之一。

2.1.2 R语言下载

在Linux系统终端输入 sudo apt-get install r-base

可能出现的报错ubuntu命令“sudo apt-get install”⽆法定位软件包?

解决⽅案： a. 更换较好的⽹络；b. 增加源

2.1.3 R语言安装

1.输入 sudo apt-get install r-base下载R

2.下载完成后在Linux终端输入R，进入R环境

3.分别下载R的相关包

1.install.packages(“ggplot2”)

2.install.packages(“BiocManager”)

3.BioManager::install(“SingleCellExperiment”)

4.BiocManager::install(“scater”)

可能出现的问题：下载失败（解决方法：跟换较好的网络）

安装SingleCellExperiment出现Rcurl包安装出错—-》使用 install.packages（“RCurl”）安装出现cannot find curl-config—》q()退出R，在Terminal下使用命令sudo apt-get install libcurl4-openssl-dev安装(如果出现软件⽆法定位先更新⼀下：sudo apt-get update)再“R”进⼊R后安装SingleCellExperimen

成功测试：输入library（包名）   无报错则安装成功

2.2 Rstudio server下载及安装

1.输入 (sudo apt-get install gdebi-core)下载R配置

2.输入

 (wget https://download2.rstudio.org/server/focal/amd64/rstudio-server-2023.06.2-561-and64.deb )下载相关包

3.输入（sudo gdebi rstudio-server-2023.06.2-561-amd64.deb）

成功测试：srtuio-server status   注意：检查网址输入是否正确，代码是否有误。

2.3 实现宿主机访问虚拟机

一.网络环境配置

      Ubuntu系统：1.找到网络界面，连接方式选择（NAT），打开网卡一“端口转发”，添加新的端口转发规则，主机端口（22），子系统（22）；以同样方式添加第二个规则主机端口（8787），子系统（8787）                           

2.在virtualbox中找到工具-网络界面，创建一个新的网络，在服务器选择启用，选择自动配置；Ubuntu设置，网卡2连接方式选择仅主机（host-only）网络

Windows系统：在控制面板找到网络和internet-网络和共享中心-更改适配器配置，找到virtualbox-host-only网络的以太网连接，点击选择属性，选择internet协议版本4，使用以下IP地址。

二．建立连接

在Ubuntu系统中输入sudo service ssh start 打开ssh服务，使用sudo apt get install net-tools 后使用ifconfig查看当前设备ip地址（第二项以192.168.xx.xx开头的地址）记住这个IP地址，在Windows系统中输入ssh 用户名@IP（刚刚查询到的IP地址），输入密码后即可通过宿主机cmd访问虚拟机终端。注（可能出现网络状况较差连接超时，只需要多尝试几次。）

三．浏览器访问

      在以上环境配置好的情况下，在浏览器网址一栏输入（192.168.xx.xx:8787）输入用户名和密码后即可通过浏览器访问宿主机。