在做生信分析项目,比如转录组、单细胞时,先在服务器中运行一系列的生信软件对下机数据进行质控过滤等流程,再用R进行数据挖掘。如果质控后的数据传到自己的电脑上用R分析,一是翻来覆去比较麻烦,二是个人电脑配置不足会影响分析的效率甚至于分析不了。为了解决上述问题,可以在服务器中配置R的在线环境,通过浏览器连接到服务器的R,再进行后续分析。
如何配置一个在线的R环境,以通过服务器ip地址和8787端口连接呢,大体分为5步,分别是1.新建普通用户,2.安装R,3.安装RStudio,4.开启8787端口,5.登录。
1 创建普通用户
使用浏览器登录R时不允许管理员账户(root)登录,因此需要创建一个普通用户。
sudo useradd -d /home/qgy -m qgy
sudo passwd qgy
sudo usermod -G sudo qgy
su - qgy
2 安装R
conda install -y r-base=4.1.2
3 安装RStudio
进入RStudio官网(Posit | The Open-Source Data Science Company),Products->RStudio Server->DOWNLOAD RSTUDIO SERVER
依次输入以下命令:
sudo apt-get install gdebi-core
wget https://download2.rstudio.org/server/jammy/amd64/rstudio-server-2023.03.0-386-amd64.deb
sudo gdebi rstudio-server-2023.03.0-386-amd64.deb
安装完成后查看rstudio-server的状态<