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原创 比较转录组为橄榄树对寒冷胁迫的分子调控提供了新的见解--文献精读4

橄榄树是一种重要的经济油料作物,其种植主要分布于南北半球30°至40°的纬度范围内(Ruiz et al. 2006)。尽管橄榄树需要一段时期的低温天气以启动花芽形成(Palliotti and Bongi 1996),但低温本身却对树木的存活能力和橄榄油产量构成了严重威胁。此外,受橄榄油需求增长的驱动,橄榄树的种植正逐步向更高纬度地区扩展,而这些地区存在反复发生低温胁迫的风险(Connor and Fereres 2004)。因此,从长远来看,选育耐寒品种对于减轻低温胁迫造成的损害至关重要。

2025-06-14 10:18:49 1228

原创 Python基础学习-定义函数、标准输入、requests库用法

逻辑:题目里提到N-糖基化基序N{P}{ST}{P]}。因此,基序N{P}{ST}{P]}可以解读为四个字符组成的模式,第一个字符是N,第二个字符是除P以外的任意氨基酸,第三个字符是S或T,第四个字符是除P以外的任意氨基酸。所以,基序为四个连续的氨基酸,位置i的字符是N,位置i+1的字符不能是P,i+2的字符是S或T,i+3的字符不能是P。题目:给定最多15个UniProt蛋白质数据库的访问ID,找出每个蛋白质中是否含有N-糖基化基序(N{P}{ST}{P]},并输出对应的位置。

2025-04-24 18:32:06 407

原创 Python基础学习-延迟保存、定义函数、高阶函数与Lambda表达式

题目:寻找多个DNA字符串的最长公共子串。逻辑:选择一个基准字符串(比如最短的那个,因为最长公共子串不可能超过最短字符串的长度),然后枚举它的所有可能的子串,按长度从长到短排序,然后检查每个子串是否存在于所有其他字符串中。一旦找到第一个满足条件的子串,就返回它,这样可以保证是最大的。具体操作# 保存成python脚本后直接运行:python 1.py rosalind_lcsm.txtimport sys # 导入sys模块以访问命令行参数。

2025-04-22 23:53:54 291

原创 Python基础学习-延迟保存、定义函数、布尔表达式

题目:输出不同序列前后有3个碱基overlap的序列对应的id。逻辑:读取序列列表,序列id和序列一一对应存储,判断两条系列的前后是否有三个碱基的重叠,是的话输出两条序列对应的id。1.具体操作# 定义读取序列信息函数sequences.append((current_id, ''.join(current_seq))) # 延迟保存,以 (ID, Sequence) 的元组形式存储序列信息else:if line: # 忽略空行。

2025-04-06 17:15:21 282

原创 Python基础学习-循环,索引,切片

【代码】Python基础学习-循环,索引,切片。

2025-04-03 22:44:56 246

原创 Python基础学习-定义函数def

题目:将RNA序列转换为蛋白质序列逻辑:建立RNA密码子表(使用标准遗传密码表,将每个密码子映射到对应的氨基酸或终止符),按每三个碱基为一个密码子分割RNA字符串,逐个密码子查表,遇到终止密码子时停止,将氨基酸按顺序拼接成蛋白质字符串1.具体操作# 标准RNA密码子表def rna_to_protein(rna): # def定义一个函数for i in range(0, len(rna), 3): # 从RNA字符串中提取三个连续的碱基,组成一个密码子= 3:break。

2025-04-03 10:34:14 283

原创 Python基础学习-文件处理

【代码】Python基础学习-文件处理。

2025-03-31 22:25:52 216

原创 Python基础学习-条件、循环、嵌套、map函数

【代码】Python基础学习-条件、循环、嵌套。

2025-03-28 13:41:01 153

原创 Python基础学习-循环、标准读取、延迟保存

【代码】Python基础学习-循环、标准读取、延迟保存。

2025-03-26 22:45:52 209

原创 Python基础学习-循环、字符串配对

【代码】Python基础学习-循环、字符串配对。

2025-03-24 11:16:59 403

原创 Python基础学习-循环、字典存储功能

【代码】Python基础学习-循环、字典存储功能。

2025-03-21 17:02:45 215

原创 Python基础学习-循环、条件、字符串基本功能join,count

【代码】Python基础学习-循环、条件、字符串基本功能join,count。

2025-03-21 16:19:18 272

原创 Python基础学习-字符串基本操作: replace

【代码】Python基础学习-字符串基本操作: replace。

2025-03-19 23:26:22 238

原创 Python基础学习-字符串基本操作: translate

【代码】Python基础操作。

2025-03-18 19:30:05 195

原创 S-RNase在自交不亲和性中的进化:与Class Ⅰ T2 RNase基因同源性的系统基因组学见解--文献精读3

S-RNase Evolution in Self-Incompatibility: Phylogenomic Insights into Synteny with Class I T2 RNase GenesS-RNase在自交不亲和性中的进化:与Class I T2 RNase基因同源性的系统基因组学见解摘要S-RNases在多数开花植物的配子体自交不亲和(GSI)系统中起着至关重要的作用,它们作为花柱S决定因子发挥作用。尽管S-RNase基因在真双子叶植物中具有重要地位,但其同源基因组起源与进化轨迹仍

2025-03-10 11:21:12 1938

原创 叶绿素酶(PsCLH1)和捕光叶绿素a/b结合蛋白1(PsLhcb1)和PsLhcb5共同维持绿牡丹“绿幕隐玉”的花瓣绿色--文献精读2

绿花在自然植物中并不是一种适应性性状,因为传粉者很难区分与叶子区分,但在园艺中却很有价值。绿色花瓣形成的分子机制尚不清楚。牡丹(Paeonia suffruticosa)是全球种植的观赏植物,被认为是中国的 ‘’花之王‘’。绿色花瓣的绿幕隐玉(LMYY)可以作为了解花瓣特异性叶绿素(Chl)积累和颜色形成的代表性模型。目的:鉴定Chl代谢相关关键基因,了解花瓣颜色变化的分子机制。方法:用色度分光光度计分析5个发育阶段的花瓣颜色参数,考察Chl和花青素的积累规律。

2024-09-18 20:30:00 2780

原创 LHC-like蛋白:光合作用的守护者--文献精读1

LHC-like Proteins: The Guardians of PhotosynthesisLHC-like蛋白:光合作用的守护者摘要叶绿素捕光复合物(LHCs)的出现是光合真核生物进化的一个重要里程碑。光收集叶绿素结合蛋白在光系统Ⅰ和Ⅱ的反应中心附近形成复合物,并作为天线,将收集的光能汇集到反应中心,促进光化学猝灭,从而优化光合作用。现在人们普遍认为,LHC蛋白是从LHC-like蛋白进化而来的,LHC-like蛋白是一个包含多达四个跨膜螺旋的多样化蛋白家族。有趣的是,LHC-li

2024-07-24 16:08:51 2808 1

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