chapter1
使用centos 7系统盘进行安装,注意两点:1、“/”目录分区最好在500G。2、安装时需要选择GNOME,并且全选右侧的依赖。
chapter2
基础系统安装好之后,开始布置超算环境。
chapter2.1
安装cuda环境以及nvidia驱动,此时英伟达的驱动并不能直接安装,需要先关闭系统自带的驱动。
参考
https://blog.csdn.net/nfkjdx/article/details/136731327
这篇文章由两个地方不需要参考,第一就是GNU初始系统会自带一个4.8,第二就是nvidia安装部分使用cuda_12.4.0_550.54.14_linux.run
可以直接安装驱动和cuda
这里需要注意的是,驱动可以向下兼容,所以我们可以安装最新的驱动,但是有些软件使用对cuda版本有要求,我们可以多装几个cuda但使用最新的驱动。
cuda网址:https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive
chapter2.2
安装intel编译器,建议安装intel2021版本,我尝试过2024版本,我的系统中会缺乏一个库文件,最简单的解决方式就是降低编译器版本。
参考:
https://zhuanlan.zhihu.com/p/427743966
下载这两个文件即可
l_BaseKit_p_2021.4.0.3422_offline.sh
l_HPCKit_p_2021.4.0.3347_offline.sh
chapter2.3
安装GNU并使用scl,因为服务器软件众多对GNU的版本支持度 不同,放置同时存在多个GNU,我们使用scl进行管理,需要什么版本引入即可。devtoolset包含了我们需要的编译器。
安装SCL工具(如果尚未安装)
sudo yum install centos-release-scl
启用SCL源:
sudo yum install centos-release-scl
查看可用的Development Tools版本:
sudo yum --enablerepo=centos-sclo-rh list available devtoolset-*
安装特定版本的Development Tools:
假设你想安装devtoolset-9,你可以使用以下命令,我这里装了devtoolset-9和devtoolset-10:
sudo yum install devtoolset-9
启用Development Tools:
安装完成后,你需要启用这个软件集合。可以通过以下命令来启用devtoolset-9:
scl enable devtoolset-9 bash
验证安装:
使用以下命令来验证gcc版本,确保它是devtoolset-9的版本:
gcc --version
chapter2.4
安装mpi,这个是并行计算必须安装的,其实intel编译器里已经包含了一个mpi,所以我们这里只需要安装openMPI即可,并且这个MPI我们需要用intel编译器和GNU编译器分别编译。
我这里下载的是openmpi-3.1.6.tar.gz
编译GNU版本
scl enable devtoolset-10 bash
tar -zxvf openmpi-3.1.6.tar.gz
cd openmpi-3.1.6/
./configure --prefix=/opt/openmpi/openmpi-GNU # 这个没有指定编译器安装,所以使用的是GNU
make -j 32 # 数字根据自己的cpu核数来定
make install -j 32
引用
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/openmpi-GNU/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/openmpi-GNU/lib
编译intel版本
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
***其他都一样
./configure --prefix=/opt/openmpi/openmpi-intel CC=icc CXX=icpc FC=ifort --with-mpi=intel
***
引用
export PATH=$PATH:/opt/openmpi/openmpi-intel/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/openmpi-intel/lib
chapter2.5
安装module,这个是为了对软件进行管理。
参考
https://blog.csdn.net/LangDaoShiJie/article/details/121759459
注意版本
tcl tcl8.6.8-src.tar.gz
modules modules-4.2.4.tar.gz
chapter2.6
安装fftw(快速傅里叶变换),也需要使用intel和GNU两种编译
参考
https://zhuanlan.zhihu.com/p/600161033?utm_id=0
这里只有默认版本安装
intel配置
../configure --prefix=/opt/fftw/fftw-intel \
--enable-mpi \
--enable-openmp \
--enable-threads \
--enable-shared \
MPICC=mpiicc \
CC=icc \
CXX=icpc \
F77=ifort \
FC=ifort