理论计算之超算服务器搭建

chapter1

使用centos 7系统盘进行安装，注意两点：1、“/”目录分区最好在500G。2、安装时需要选择GNOME，并且全选右侧的依赖。

chapter2

基础系统安装好之后，开始布置超算环境。

chapter2.1

安装cuda环境以及nvidia驱动，此时英伟达的驱动并不能直接安装，需要先关闭系统自带的驱动。
参考

https://blog.csdn.net/nfkjdx/article/details/136731327

这篇文章由两个地方不需要参考，第一就是GNU初始系统会自带一个4.8，第二就是nvidia安装部分使用cuda_12.4.0_550.54.14_linux.run可以直接安装驱动和cuda
这里需要注意的是，驱动可以向下兼容，所以我们可以安装最新的驱动，但是有些软件使用对cuda版本有要求，我们可以多装几个cuda但使用最新的驱动。

cuda网址：https://developer.nvidia.com/cuda-toolkit-archive

chapter2.2

安装intel编译器，建议安装intel2021版本，我尝试过2024版本，我的系统中会缺乏一个库文件，最简单的解决方式就是降低编译器版本。
参考：

https://zhuanlan.zhihu.com/p/427743966

下载这两个文件即可

l_BaseKit_p_2021.4.0.3422_offline.sh
l_HPCKit_p_2021.4.0.3347_offline.sh

chapter2.3

安装GNU并使用scl，因为服务器软件众多对GNU的版本支持度 不同，放置同时存在多个GNU，我们使用scl进行管理，需要什么版本引入即可。devtoolset包含了我们需要的编译器。

安装SCL工具（如果尚未安装）

sudo yum install centos-release-scl

启用SCL源:

sudo yum install centos-release-scl

查看可用的Development Tools版本:

sudo yum --enablerepo=centos-sclo-rh list available devtoolset-*

安装特定版本的Development Tools:
假设你想安装devtoolset-9，你可以使用以下命令，我这里装了devtoolset-9和devtoolset-10：

sudo yum install devtoolset-9

启用Development Tools:
安装完成后，你需要启用这个软件集合。可以通过以下命令来启用devtoolset-9：

scl enable devtoolset-9 bash

验证安装:
使用以下命令来验证gcc版本，确保它是devtoolset-9的版本：

gcc --version

chapter2.4

安装mpi，这个是并行计算必须安装的，其实intel编译器里已经包含了一个mpi，所以我们这里只需要安装openMPI即可，并且这个MPI我们需要用intel编译器和GNU编译器分别编译。
我这里下载的是openmpi-3.1.6.tar.gz

编译GNU版本

scl enable devtoolset-10 bash
tar -zxvf openmpi-3.1.6.tar.gz
cd openmpi-3.1.6/
./configure --prefix=/opt/openmpi/openmpi-GNU # 这个没有指定编译器安装，所以使用的是GNU
make -j 32  # 数字根据自己的cpu核数来定
make install -j 32

引用

export PATH=$PATH:/opt/openmpi/openmpi-GNU/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/openmpi-GNU/lib

编译intel版本

source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

***其他都一样
./configure --prefix=/opt/openmpi/openmpi-intel CC=icc CXX=icpc FC=ifort --with-mpi=intel
***

引用

export PATH=$PATH:/opt/openmpi/openmpi-intel/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/openmpi/openmpi-intel/lib

chapter2.5

安装module，这个是为了对软件进行管理。
参考

https://blog.csdn.net/LangDaoShiJie/article/details/121759459

注意版本

tcl         tcl8.6.8-src.tar.gz
modules     modules-4.2.4.tar.gz

chapter2.6

安装fftw（快速傅里叶变换），也需要使用intel和GNU两种编译
参考

https://zhuanlan.zhihu.com/p/600161033?utm_id=0

这里只有默认版本安装
intel配置

../configure --prefix=/opt/fftw/fftw-intel \
--enable-mpi \
--enable-openmp \
--enable-threads \
--enable-shared \
MPICC=mpiicc \
CC=icc \
CXX=icpc \
F77=ifort \
FC=ifort