R执行system(cmd)报错‘sh: XXX: 未找到命令’

最新推荐文章于 2022-11-25 18:49:07 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： linux
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本文链接：https://blog.csdn.net/mmhuakai/article/details/117923029
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在R中运行涉及jellyfish的代码时遇到找不到命令的错误。解决方法是将jellyfish的bin目录添加到系统路径中，通过编辑~/.bashrc文件并source它。执行修改后的bashrc文件后，R代码能够成功运行jellyfish命令。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在R中执行如下两行代码时出现了报错信息，显示未找到jellyfish命令

cmd <- paste('jellyfish dump mer_counts.jf > mer_counts_dumps.fa', sep = '')
system(cmd)

最简单的解决方法，则是在~/.bashrc文件中export jellyfish路径：

export PATH="$PATH:~/jellyfish/bin"

source ~/.bashrc之后再执行如上两行R代码，则不会再报错找不到命令了：

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