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RSS订阅原创 Windows和Linux如何检查文件MD5值
我们在拷贝、转移、备份文件时，经常需要检查文件的MD5值，那么不同的系统是如何检查文件的MD5值呢？
2023-08-22 10:53:28
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原创 快速地随机抽取一定比例的BAM文件
当我们在分析多少X的数据量可以满足我们需求的时候，此时就需要从一个BAM文件当中，快速随机抽取一定比例的BAM文件了。命令非常简单，下面是随机抽取10%比例的BAM文件：当然，有的软件分析较大的BAM文件时，耗时比较久，此时需要比较小的BAM文件，也会使用到随机抽取。...
2022-07-07 17:26:40
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原创 快速查看python安装模块及模块安装路径
在使用python编译的程序时，会依赖很多python模块，某一python模块如果未安装或者链接的模块版本不正确，有可能会导致报错，这个时候我们就需要查看对应的python模块，具体操作示例如下：Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 13:15:42) [GCC 7.2.0] :: Anaconda, Inc. on linuxType "help", "copyright", "credits" or "license" for more informatio
2022-04-21 17:39:02
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原创 Linux使用awk快速删除文本中的空行
当我们的文本中存在空行时，可以采用awk快速删除文中当中的空行，示例如下:cat info.file | awk NF
2022-04-21 17:37:11
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原创 ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False快速解决
最近在使用numpy的包时，提示报如下错误：ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False查看了自己的numpy包版本是1.16.6，版本比较高，尝试降级之后，以上报错解决了。#卸载当前的numpy版本conda uninstall numpy#安装低版本的numpyconda install numpy==1.16.2...
2022-01-27 10:09:17
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原创 使用conda快速安装两个不同版本的python
因为有些软件是由python2版本适用的，而我当前的python是3.6版本的，这时候就需要同时安装python2的版本，在命令行输入以下命令即可：conda create -n python2 python=2.7
2022-01-26 18:01:17
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原创 通过KEGG数据库获取某通路内基因list
KEGG网址：https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html在首页输入has(物种人类)，DNA Damage Repair (DNA损伤修复)
2021-07-15 10:50:12
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原创 NCBI如何快速获取&下载基因相关信息
NCBI网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/在NCBI首页选择Gene，然后输入想查找的基因名或者基因ID，这里以KRAS为例，然后点击“Search”可以点开相应的链接，获得具体的信息。若需要下载数据库信息，则可点击右上方的Download按钮。...
2021-07-09 10:11:37
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原创 R执行system(cmd)报错‘sh: XXX: 未找到命令’
在R中执行如下liang'hangcmd <- paste('jellyfish dump mer_counts.jf > mer_counts_dumps.fa', sep = '')system(cmd)本时报错
2021-06-15 14:03:37
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原创 perl快速去除数组中NA和非数值的元素
在处理生信数据时，通常会出现NA的值，但是在取最值时，就需要排除非数值的值，遇到这种情况，通常我会结合grep使用。use List::Util qw/max min/;my @arr = ( 1, 2, 3, 4, "NA", 5, "NA", 6, 7, 8 );my @value = grep ( /\d+/, @arr );my $min_value = min @value;my $max_value = max @value;print "min_value\t$m
2021-06-10 15:02:36
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原创 安装R包Biostrings报错not available的解决
近期需要使用到R包Biostrings，在使用install.packages("Biostrings")安装时，报错了。报错无非就是找不到R包，先在bioconductor上面搜索下对应的R包，若存在，则使用命令进行下载即可。
2021-06-07 16:35:17
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原创 免疫表位数据库(IEDB)数据下载操作实例
免疫表位数据库(IEDB)是由美国国立过敏与感染性疾病研究院(NIAID)资助的免费资源。 它记录了在传染病，过敏，自身免疫和移植背景下在人类，非人灵长类动物和其他动物物种中研究的抗体和T细胞表位的实验数据。 IEDB还提供有助于预测和分析表位的工具。1.IEDB网址http://www.iedb.org/2.这里举例下载腺病毒相关的抗原表位数据3.腺病毒相关的抗原表位4.点击将搜索结果数据导出5.会得到一个以zip结尾的压缩文件，完成下载...
2021-05-26 14:41:40
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原创 perl联合linux操作处理csv文件
本人实在懒得写脚本，在使用perl处理CSV文件之前，就提前使用linux sed操作，将csv文件转换成tab格式的文本文件cat table.csv | sed s'/","/\t/'g | sed s'/^"//'g | sed s'/"$//'g > new_table.txt然后使用perl直接读取new_table.txt文件...
2021-05-26 14:29:59
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原创 R语言常用命令（实时更新）
我们在使用R语言时，经常使用的命令有：1.查看R的路径.libPaths()2.查看R包的绝对路径find.package("optparse")3.安装R包install.packages("devtools")
2021-05-18 17:49:25
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原创 conda install R语言报错问题血泪解决
今天在安装conda之后，想安装r语言环境，却遇到如下报错，真的超级郁闷：conda install rCollecting package metadata (current_repodata.json): failedCondaHTTPError: HTTP 000 CONNECTION FAILED for url <https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/linux-64/current_repodata.js
2021-05-18 14:19:54
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原创 Linux如何快速查找文件空行
我们在处理文件时，如果文件内容比较多，如何快速简单查找文件中空行的行号，最常用的方法是使用grep -n ^$ file然后使用Linux vim工具快速跳转到所在空行：>vi exp.txt，键入:128轻松快速查看文件空行内容。...
2021-05-14 11:23:36
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原创 懒人操作之从TCGA批量下载RNASeq数据
作为生物信息分析程序猿，经常会使用到TCGA的数据，现将下载步骤整理如下：1.登录TCGA数据获取网站：https://portal.gdc.cancer.gov/2.在搜索栏搜索自己关注的癌症类型：3.选择下载的数据类型：（我需要下载的是RNA-Seq数据）4.对数据进些进一步筛选：5.将所有文件添加到购物车：6.点击下载即可：到此下载完成啦。...
2021-05-12 14:57:12
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空空如也
空空如也
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