![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756927.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
生信
生信实操
曼曼花开缓缓归矣
这个作者很懒,什么都没留下…
展开
-
Perl快速进行数组取最大值,最小值以及去重
我们在使用perl处理数据的时候,最经常用到的则是对数组取最大最小值,以及去重复。原创 2022-09-21 14:16:03 · 1499 阅读 · 1 评论 -
perl哈希push和哈希引用
哈希真的是非常好用的,目前写的很多perl脚本,基本必用哈希。而最常用的,就是将数组push到哈希。原创 2021-05-28 17:26:48 · 755 阅读 · 0 评论 -
docker默认镜像路径快速修改
docker默认镜像路径修改原创 2022-09-21 14:06:49 · 809 阅读 · 0 评论 -
快速地随机抽取一定比例的BAM文件
当我们在分析多少X的数据量可以满足我们需求的时候,此时就需要从一个BAM文件当中,快速随机抽取一定比例的BAM文件了。命令非常简单,下面是随机抽取10%比例的BAM文件:当然,有的软件分析较大的BAM文件时,耗时比较久,此时需要比较小的BAM文件,也会使用到随机抽取。...原创 2022-07-07 17:26:40 · 1910 阅读 · 0 评论 -
Linux使用awk快速删除文本中的空行
当我们的文本中存在空行时,可以采用awk快速删除文中当中的空行,示例如下:cat info.file | awk NF原创 2022-04-21 17:37:11 · 2707 阅读 · 0 评论 -
快速查看python安装模块及模块安装路径
在使用python编译的程序时,会依赖很多python模块,某一python模块如果未安装或者链接的模块版本不正确,有可能会导致报错,这个时候我们就需要查看对应的python模块,具体操作示例如下:Python 3.7.0 (default, Jun 28 2018, 13:15:42) [GCC 7.2.0] :: Anaconda, Inc. on linuxType "help", "copyright", "credits" or "license" for more informatio原创 2022-04-21 17:39:02 · 1958 阅读 · 0 评论 -
ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False快速解决
最近在使用numpy的包时,提示报如下错误:ValueError: Object arrays cannot be loaded when allow_pickle=False查看了自己的numpy包版本是1.16.6,版本比较高,尝试降级之后,以上报错解决了。#卸载当前的numpy版本conda uninstall numpy#安装低版本的numpyconda install numpy==1.16.2...原创 2022-01-27 10:09:17 · 840 阅读 · 0 评论 -
使用conda快速安装两个不同版本的python
因为有些软件是由python2版本适用的,而我当前的python是3.6版本的,这时候就需要同时安装python2的版本,在命令行输入以下命令即可:conda create -n python2 python=2.7原创 2022-01-26 18:01:17 · 3953 阅读 · 0 评论 -
通过KEGG数据库获取某通路内基因list
KEGG网址:https://www.kegg.jp/kegg/pathway.html在首页输入has(物种人类),DNA Damage Repair (DNA损伤修复)原创 2021-07-15 10:50:12 · 4476 阅读 · 1 评论 -
NCBI如何快速获取&下载基因相关信息
NCBI网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/在NCBI首页选择Gene,然后输入想查找的基因名或者基因ID,这里以KRAS为例,然后点击“Search”可以点开相应的链接,获得具体的信息。若需要下载数据库信息,则可点击右上方的Download按钮。...原创 2021-07-09 10:11:37 · 1764 阅读 · 0 评论 -
R执行system(cmd)报错‘sh: XXX: 未找到命令’
在R中执行如下liang'hangcmd <- paste('jellyfish dump mer_counts.jf > mer_counts_dumps.fa', sep = '')system(cmd)本时报错原创 2021-06-15 14:03:37 · 625 阅读 · 1 评论 -
perl代码美化实用工具perltidy
perltidy工具路径:http://perltidy.sourceforge.net/原创 2021-06-10 15:15:28 · 374 阅读 · 0 评论 -
perl快速去除数组中NA和非数值的元素
在处理生信数据时,通常会出现NA的值,但是在取最值时,就需要排除非数值的值,遇到这种情况,通常我会结合grep使用。use List::Util qw/max min/;my @arr = ( 1, 2, 3, 4, "NA", 5, "NA", 6, 7, 8 );my @value = grep ( /\d+/, @arr );my $min_value = min @value;my $max_value = max @value;print "min_value\t$m原创 2021-06-10 15:02:36 · 286 阅读 · 0 评论 -
安装R包Biostrings报错not available的解决
近期需要使用到R包Biostrings,在使用install.packages("Biostrings")安装时,报错了。报错无非就是找不到R包,先在bioconductor上面搜索下对应的R包,若存在,则使用命令进行下载即可。原创 2021-06-07 16:35:17 · 4152 阅读 · 2 评论 -
perl联合linux操作处理csv文件
本人实在懒得写脚本,在使用perl处理CSV文件之前,就提前使用linux sed操作,将csv文件转换成tab格式的文本文件cat table.csv | sed s'/","/\t/'g | sed s'/^"//'g | sed s'/"$//'g > new_table.txt然后使用perl直接读取new_table.txt文件...原创 2021-05-26 14:29:59 · 307 阅读 · 0 评论