好看的机制示意图绘制教程汇总

好看的机制示意图绘制教程汇总

蛋白翻译过程示意图,特别是其中的核糖体,需要很多绘制技巧。主要使用椭圆工具绘制两个椭圆,二者组合后使外形接近核糖体。接着通过路径查找器的合并功能(并集)将两个椭圆合并在一起。使用路径查找器的减去顶层功能添加缺口,使用小白工具调整圆角的大小。

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至于肽链的渐变色的添加较为简单,可以使用滴管工具直接复制添加渐变样式即可。

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使用工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制好看的生物过程示意图?》

02

代谢通路图

通过KEGG富集分析得到通路图一般比较粗糙,无法直接用于文章发表。而我们在一些大佬的文章里看到的通路图却非常精美,而这样个性化的通路图则需要我们手动重新绘制。

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绘制上图的重点是弧线箭头的绘制。先绘制正圆,使用剪刀工具“剪断”线条,删掉遮挡文字处的多余线段,实现圆弧曲线的绘制,然后,为弧线添加箭头。我们可以使用吸管工具吸取箭头的样式,按住Alt键点击其他弧线,可将吸取的箭头样式快速应用到其他弧线上。

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使用工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制好看的文字标签通路图?》

03

“细胞膜”通路图

之前,在文献中看到下图这般清爽好看的“细胞膜”相关的通路示意图,非常值得学习。

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主要通过效果/扭曲和变换/波纹效果实现“弯曲”磷脂分子的绘制,选中整个磷脂分子,双击镜像工具进行水平对称复制。接着选中两个磷脂分子,“Ctrl+G”编组,按住“Alt”键拖动,可快速复制出一个,然后使用快捷键“Ctrl+D”(重复上一操作)快速复制出更多的磷脂分子,如下。

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使用工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制好看的“细胞膜”通路图?》

04

“细胞器”通路图

仔细观察可以发现,下图中只是绘制了细胞膜和线粒体,主体部分仍然是箭头和文字,很容易绘制。

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通道蛋白图形可使用钢笔工具绘制,使用选择工具(小黑工具)选中一个膜蛋白后,按住“Alt”键拖动,可快速复制出一个膜蛋白。选中这个膜蛋白后,点“重新着色图稿”按钮,可快速调整图形的配色,如下。

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绘图工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制漂亮的通路示意图?》

05

细胞通路图

在文献中经常看到下图这般漂亮的细胞代谢通路示意图,画法虽简单,但最终呈现的效果却非常好看。

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绘制难点这里依然是线粒体的绘制,除了之前介绍过的橡皮擦工具,我们也可以使用缩拢工具绘制线粒体的内膜褶皱结构,如下图。

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绘图工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制漂亮的细胞通路示意图?》

06

机制示意图

在微信文章《GWAS解析大豆复杂农艺性状间的调控网络》一文中,发表在《Genome Biology》的案例文章中有这样一个代谢通路示意图,如下。

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类似的基因通路示意图,在文章结尾构建模型比较常见,是讲好“故事”的必要手段。那么,这样的图如何绘制呢?其实用PPT也是可以的。

首先,绘制大的圆角矩形,最好打开视图菜单下的标尺,网格线,参考线,方便确定图形的位置。继续插入圆角矩形,填充选择“渐变填充”,类型选“射线”,更改渐变光圈中“色标”的颜色,如下图。这样,基础图形就大致画好了,接下来只需绘制箭头和添加文字即可。

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使用工具:PPT

教程链接:《如何用PPT绘制通路示意图?》

07

分子通路图

经常有小伙伴问如何绘制结构式与热图的组合通路图,如下。绘制这样的组合图表,需要分别绘制分子结构式和热图,然后直接使用Ai(Adobe illustrator)将它们组合在一起,最后保存成画质更好的矢量图。

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关于化学结构式的绘制,主要使用ChemDraw绘制结构式,绘制完成后,使用框选工具选中整个结构式,然后按住“Ctrl”键,拖动结构式即可快速复制出多个结构式,如下图,稍作调整后导出成矢量图,方便用于后续组合图的绘制。如果对ChemDraw的其他功能感兴趣也可以阅读《推荐一个强大的文章示意图绘制工具》一文。

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使用工具:ChemDraw + Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制结构式与热图的组合通路图?》

08

基因结构示意图

用Ai (Adobe illustrator)绘制下图这般的基因结构示意图,还是需要一点技巧的。

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使用形状生成器工具(快捷键Shift+M)在图形之间拖动,可将划过的区域进行合并,这样一个圆柱就轻松完成绘制啦!按住Alt键快速复制一个圆柱,填充为绿色,使用小白工具(直接选择工具)选中左边的一些锚点,按向左的方向键可快速“拉长”圆柱体,如下图,这样结构主体就画好了!

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绘图工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制好看的基因结构示意图?》

09

互作机制示意图

细胞、组织等分子之间的相互作用机制示意图,一般出现在文章的摘要或总结部分,使研究内容看起来非常系统。这类机制示意图是文章内容的核心,几乎是高分文章必备的。

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关于各种样式箭头的绘制,可使用钢笔工具绘制折线,按住shift键可绘制出直角折线,如下。对于画在“文本框”上方的折线,可通过“Ctrl+Shift+]”将下面的文本框置于顶层即可。

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绘图工具:Adobe illustrator

教程链接:《如何绘制互作机制示意图?》

10

实验设计图

在一些高分文章中,经常会看到一些实验设计方法组合图,直观明了地展示了试验设计或实验流程,比如下图这篇NB主要展示了单细胞测序的方法原理。

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(Nature biotechnology, 2019)

关于10X的微流体“双十字”系统的绘制,首先使用矩形工具绘制两个十字交叉的矩形,填充深浅不一样的蓝色,如下,使用小白工具将其中的“一头”改为圆角,半径可大一些。

接着从窗口菜单调出路径查找器,分别对两个“十字”取联集(并集),如下。然后调整两个十字的位置,就地复制粘贴,使用剪刀工具在“剪断”上层路径,删掉多余线段,即可实现“管道”的开放状态。使用椭圆工具绘制圆形的“油包水”液滴,使用对齐工具和均匀分布工具让液滴分布更加均匀,效果如下。

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绘图工具:Adobe illustrator

教程链接:《50分文章的实验设计组合图如何绘制?》

好啦,本次就分享到这里啦,更多示意图绘制相关的课程可以到OmicShare观看视频教程。

视频链接:

《50分文章的实验设计组合图如何绘制?》

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视频链接:

https://www.omicshare.com/class/home/index/series?id=79

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1 目标检测的定义 目标检测(Object Detection)的任务是找出像中所有感兴趣的目标(物体),确定它们的类别和位置,是计算机视觉领域的核心问题之一。由于各类物体有不同的外观、形状和姿态,加上成像时光照、遮挡等因素的干扰,目标检测一直是计算机视觉领域最具有挑战性的问题。 目标检测任务可分为两个关键的子任务,目标定位和目标分类。首先检测像中目标的位置(目标定位),然后给出每个目标的具体类别(目标分类)。输出结果是一个边界框(称为Bounding-box,一般形式为(x1,y1,x2,y2),表示框的左上角坐标和右下角坐标),一个置信度分数(Confidence Score),表示边界框中是否包含检测对象的概率和各个类别的概率(首先得到类别概率,经过Softmax可得到类别标签)。 1.1 Two stage方法 目前主流的基于深度学习的目标检测算法主要分为两类:Two stage和One stage。Two stage方法将目标检测过程分为两个阶段。第一个阶段是 Region Proposal 生成阶段,主要用于生成潜在的目标候选框(Bounding-box proposals)。这个阶段通常使用卷积神经网络(CNN)从输入像中提取特征,然后通过一些技巧(如选择性搜索)来生成候选框。第二个阶段是分类和位置精修阶段,将第一个阶段生成的候选框输入到另一个 CNN 中进行分类,并根据分类结果对候选框的位置进行微调。Two stage 方法的优点是准确度较高,缺点是速度相对较慢。 常见Tow stage目标检测算法有:R-CNN系列、SPPNet等。 1.2 One stage方法 One stage方法直接利用模型提取特征值,并利用这些特征值进行目标的分类和定位,不需要生成Region Proposal。这种方法的优点是速度快,因为省略了Region Proposal生成的过程。One stage方法的缺点是准确度相对较低,因为它没有对潜在的目标进行预先筛选。 常见的One stage目标检测算法有:YOLO系列、SSD系列和RetinaNet等。 2 常见名词解释 2.1 NMS(Non-Maximum Suppression) 目标检测模型一般会给出目标的多个预测边界框,对成百上千的预测边界框都进行调整肯定是不可行的,需要对这些结果先进行一个大体的挑选。NMS称为非极大值抑制,作用是从众多预测边界框中挑选出最具代表性的结果,这样可以加快算法效率,其主要流程如下: 设定一个置信度分数阈值,将置信度分数小于阈值的直接过滤掉 将剩下框的置信度分数从大到小排序,选中值最大的框 遍历其余的框,如果和当前框的重叠面积(IOU)大于设定的阈值(一般为0.7),就将框删除(超过设定阈值,认为两个框的里面的物体属于同一个类别) 从未处理的框中继续选一个置信度分数最大的,重复上述过程,直至所有框处理完毕 2.2 IoU(Intersection over Union) 定义了两个边界框的重叠度,当预测边界框和真实边界框差异很小时,或重叠度很大时,表示模型产生的预测边界框很准确。边界框A、B的IOU计算公式为: 2.3 mAP(mean Average Precision) mAP即均值平均精度,是评估目标检测模型效果的最重要指标,这个值介于0到1之间,且越大越好。mAP是AP(Average Precision)的平均值,那么首先需要了解AP的概念。想要了解AP的概念,还要首先了解目标检测中Precision和Recall的概念。 首先我们设置置信度阈值(Confidence Threshold)和IoU阈值(一般设置为0.5,也会衡量0.75以及0.9的mAP值): 当一个预测边界框被认为是True Positive(TP)时,需要同时满足下面三个条件: Confidence Score > Confidence Threshold 预测类别匹配真实值(Ground truth)的类别 预测边界框的IoU大于设定的IoU阈值 不满足条件2或条件3,则认为是False Positive(FP)。当对应同一个真值有多个预测结果时,只有最高置信度分数的预测结果被认为是True Positive,其余被认为是False Positive。 Precision和Recall的概念如下所示: Precision表示TP与预测边界框数量的比值 Recall表示TP与真实边界框数量的比值 改变不同的置信度阈值,可以获得多组Precision和Recall,Recall放X轴,Precision放Y轴,可以出一个Precision-Recall曲线,简称P-R
像识别技术在病虫害检测中的应用是一个快速发展的领域,它结合了计算机视觉和机器学习算法来自动识别和分类植物上的病虫害。以下是这一技术的一些关键步骤和组成部分: 1. **数据收集**:首先需要收集大量的植物像数据,这些数据包括健康植物的像以及受不同病虫害影响的植物像。 2. **像预处理**:对收集到的像进行处理,以提高后续分析的准确性。这可能包括调整亮度、对比度、去噪、裁剪、缩放等。 3. **特征提取**:从像中提取有助于识别病虫害的特征。这些特征可能包括颜色、纹理、形状、边缘等。 4. **模型训练**:使用机器学习算法(如支持向量机、随机森林、卷积神经网络等)来训练模型。训练过程中,算法会学习如何根据提取的特征来识别不同的病虫害。 5. **模型验证和测试**:在独立的测试集上验证模型的性能,以确保其准确性和泛化能力。 6. **部署和应用**:将训练好的模型部署到实际的病虫害检测系统中,可以是移动应用、网页服务或集成到智能农业设备中。 7. **实时监测**:在实际应用中,系统可以实时接收植物像,并快速给出病虫害的检测结果。 8. **持续学习**:随着时间的推移,系统可以不断学习新的病虫害样本,以提高其识别能力。 9. **用户界面**:为了方便用户使用,通常会有一个用户友好的界面,显示检测结果,并提供进一步的指导或建议。 这项技术的优势在于它可以快速、准确地识别出病虫害,甚至在早期阶段就能发现问题,从而及时采取措施。此外,它还可以减少对化学农药的依赖,支持可持续农业发展。随着技术的不断进步,像识别在病虫害检测中的应用将越来越广泛。
1 目标检测的定义 目标检测(Object Detection)的任务是找出像中所有感兴趣的目标(物体),确定它们的类别和位置,是计算机视觉领域的核心问题之一。由于各类物体有不同的外观、形状和姿态,加上成像时光照、遮挡等因素的干扰,目标检测一直是计算机视觉领域最具有挑战性的问题。 目标检测任务可分为两个关键的子任务,目标定位和目标分类。首先检测像中目标的位置(目标定位),然后给出每个目标的具体类别(目标分类)。输出结果是一个边界框(称为Bounding-box,一般形式为(x1,y1,x2,y2),表示框的左上角坐标和右下角坐标),一个置信度分数(Confidence Score),表示边界框中是否包含检测对象的概率和各个类别的概率(首先得到类别概率,经过Softmax可得到类别标签)。 1.1 Two stage方法 目前主流的基于深度学习的目标检测算法主要分为两类:Two stage和One stage。Two stage方法将目标检测过程分为两个阶段。第一个阶段是 Region Proposal 生成阶段,主要用于生成潜在的目标候选框(Bounding-box proposals)。这个阶段通常使用卷积神经网络(CNN)从输入像中提取特征,然后通过一些技巧(如选择性搜索)来生成候选框。第二个阶段是分类和位置精修阶段,将第一个阶段生成的候选框输入到另一个 CNN 中进行分类,并根据分类结果对候选框的位置进行微调。Two stage 方法的优点是准确度较高,缺点是速度相对较慢。 常见Tow stage目标检测算法有:R-CNN系列、SPPNet等。 1.2 One stage方法 One stage方法直接利用模型提取特征值,并利用这些特征值进行目标的分类和定位,不需要生成Region Proposal。这种方法的优点是速度快,因为省略了Region Proposal生成的过程。One stage方法的缺点是准确度相对较低,因为它没有对潜在的目标进行预先筛选。 常见的One stage目标检测算法有:YOLO系列、SSD系列和RetinaNet等。 2 常见名词解释 2.1 NMS(Non-Maximum Suppression) 目标检测模型一般会给出目标的多个预测边界框,对成百上千的预测边界框都进行调整肯定是不可行的,需要对这些结果先进行一个大体的挑选。NMS称为非极大值抑制,作用是从众多预测边界框中挑选出最具代表性的结果,这样可以加快算法效率,其主要流程如下: 设定一个置信度分数阈值,将置信度分数小于阈值的直接过滤掉 将剩下框的置信度分数从大到小排序,选中值最大的框 遍历其余的框,如果和当前框的重叠面积(IOU)大于设定的阈值(一般为0.7),就将框删除(超过设定阈值,认为两个框的里面的物体属于同一个类别) 从未处理的框中继续选一个置信度分数最大的,重复上述过程,直至所有框处理完毕 2.2 IoU(Intersection over Union) 定义了两个边界框的重叠度,当预测边界框和真实边界框差异很小时,或重叠度很大时,表示模型产生的预测边界框很准确。边界框A、B的IOU计算公式为: 2.3 mAP(mean Average Precision) mAP即均值平均精度,是评估目标检测模型效果的最重要指标,这个值介于0到1之间,且越大越好。mAP是AP(Average Precision)的平均值,那么首先需要了解AP的概念。想要了解AP的概念,还要首先了解目标检测中Precision和Recall的概念。 首先我们设置置信度阈值(Confidence Threshold)和IoU阈值(一般设置为0.5,也会衡量0.75以及0.9的mAP值): 当一个预测边界框被认为是True Positive(TP)时,需要同时满足下面三个条件: Confidence Score > Confidence Threshold 预测类别匹配真实值(Ground truth)的类别 预测边界框的IoU大于设定的IoU阈值 不满足条件2或条件3,则认为是False Positive(FP)。当对应同一个真值有多个预测结果时,只有最高置信度分数的预测结果被认为是True Positive,其余被认为是False Positive。 Precision和Recall的概念如下所示: Precision表示TP与预测边界框数量的比值 Recall表示TP与真实边界框数量的比值 改变不同的置信度阈值,可以获得多组Precision和Recall,Recall放X轴,Precision放Y轴,可以出一个Precision-Recall曲线,简称P-R
像识别技术在病虫害检测中的应用是一个快速发展的领域,它结合了计算机视觉和机器学习算法来自动识别和分类植物上的病虫害。以下是这一技术的一些关键步骤和组成部分: 1. **数据收集**:首先需要收集大量的植物像数据,这些数据包括健康植物的像以及受不同病虫害影响的植物像。 2. **像预处理**:对收集到的像进行处理,以提高后续分析的准确性。这可能包括调整亮度、对比度、去噪、裁剪、缩放等。 3. **特征提取**:从像中提取有助于识别病虫害的特征。这些特征可能包括颜色、纹理、形状、边缘等。 4. **模型训练**:使用机器学习算法(如支持向量机、随机森林、卷积神经网络等)来训练模型。训练过程中,算法会学习如何根据提取的特征来识别不同的病虫害。 5. **模型验证和测试**:在独立的测试集上验证模型的性能,以确保其准确性和泛化能力。 6. **部署和应用**:将训练好的模型部署到实际的病虫害检测系统中,可以是移动应用、网页服务或集成到智能农业设备中。 7. **实时监测**:在实际应用中,系统可以实时接收植物像,并快速给出病虫害的检测结果。 8. **持续学习**:随着时间的推移,系统可以不断学习新的病虫害样本,以提高其识别能力。 9. **用户界面**:为了方便用户使用,通常会有一个用户友好的界面,显示检测结果,并提供进一步的指导或建议。 这项技术的优势在于它可以快速、准确地识别出病虫害,甚至在早期阶段就能发现问题,从而及时采取措施。此外,它还可以减少对化学农药的依赖,支持可持续农业发展。随着技术的不断进步,像识别在病虫害检测中的应用将越来越广泛。
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