R语言 高通量数据处理-2 Bam_To_Counts

# Bam_To_Counts_Matrix.R

注意：注释的部分代码，第一次执行时候处理一下，后面可以忽略执行其他部分；

工程文件目录：

项目文件目录：

# 通过Bam文件，生成表达矩阵

source("./R_Function/R_Packages_Manage.R",encoding="utf-8")
rpackages <- c('ShortRead','Rsamtools','Biostrings','GenomicRanges','Gviz','Biostrings','pwalign',
               'Rsubread','edgeR','Rsubread','limma','dplyr')
pkgs_in(rpackages)

options(stringsAsFactors = F) 
# 设置链接超时时间
options(timeout=200000)
# 设置R的使用内存
Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)

# BiocManager::install('mzID',force = TRUE)
# BiocManager::install('org.Hs.eg.db',force = TRUE)
# BiocManager::install('PFAM.d',force = TRUE)
# BiocManager::install('phyloseq',force = TRUE)
# BiocManager::install('RnaSeqGeneEdgeRQL',force = TRUE)
# BiocManager::install('ROC',force = TRUE)
# BiocManager::install('scater',force = TRUE)