# Bam_To_Counts_Matrix.R
注意:注释的部分代码,第一次执行时候处理一下,后面可以忽略执行其他部分;
工程文件目录:
项目文件目录:
# 通过Bam文件,生成表达矩阵
source("./R_Function/R_Packages_Manage.R",encoding="utf-8")
rpackages <- c('ShortRead','Rsamtools','Biostrings','GenomicRanges','Gviz','Biostrings','pwalign',
'Rsubread','edgeR','Rsubread','limma','dplyr')
pkgs_in(rpackages)
options(stringsAsFactors = F)
# 设置链接超时时间
options(timeout=200000)
# 设置R的使用内存
Sys.setenv("VROOM_CONNECTION_SIZE"=99999999)
# BiocManager::install('mzID',force = TRUE)
# BiocManager::install('org.Hs.eg.db',force = TRUE)
# BiocManager::install('PFAM.d',force = TRUE)
# BiocManager::install('phyloseq',force = TRUE)
# BiocManager::install('RnaSeqGeneEdgeRQL',force = TRUE)
# BiocManager::install('ROC',force = TRUE)
# BiocManager::install('scater',force = TRUE)