Description
卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。 卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。 为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。 卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。
[任务] 编写一个程序: 从输入文件中读入两个等长的DNA序列; 计算它们的最大匹配; 向输出文件打印你得到的结果。
Input
输入文件中第一行有一个整数N,表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基,以后将它们编号为1…N的整数。 以下还有两行,每行描述一个DNA序列:包含5N个1…N的整数,且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。
Output
输出文件中只有一个整数,即两个DNA序列的最大匹配数目。
Sample Input
2
1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
1 2 2 2 1 1 2 2 1 1
Sample Output
7
HINT
60%的测试数据:1<=N <= 1 000
100%的测试数据:1<=N <= 20 000
题解:
思维比较好的一道题。由于N是两万,正常的LCS一波走远,所以我们要开始考虑一些特殊的性质。题中说每种字符恰好出现五次,这是一个非常好的性质,它说明第二段数串的某一位只会影响到第一串的5个位置。记录一下b串中某位在a串中的位置,则这些位置每个dp[pos]值都可以被b[i]更新,于是找到dp[1]到dp[pos-1]的最大值+1,更新f[pos]即可,需要用到树状数组维护。
代码如下:
#include<iostream>
#include<stdio.h>
#include<algorithm>
#include<string.h>
#include<math.h>
#define ll long long
#define inf 0x7f7f7f7f
#define N 100005
#define lb(x) (x&-x)
using namespace std;
ll read()
{
ll x=0,f=1;
char c=getchar();
while(c<'0' || c>'9') {if(c=='-') f=-1;c=getchar();}
while(c<='9' && c>='0') {x=x*10+c-'0';c=getchar();}
return x*f;
}
int n,a[N],b[N],pos[20005][6],f[N],t[N],ans;
void mdy(int x,int v)
{
while(x<=n*5)
{
t[x]=max(t[x],v);
x+=lb(x);
}
}
int query(int x)
{
int ret=0;
while(x)
{
ret=max(ret,t[x]);
x-=lb(x);
}
return ret;
}
int main()
{
n=read();
for(int i=1;i<=n*5;i++)
{
a[i]=read();
pos[a[i]][++pos[a[i]][0]]=i;
}
for(int i=1;i<=n*5;i++) b[i]=read();
for(int i=1;i<=n*5;i++)
{
for(int j=5;j;j--)
{
int t=pos[b[i]][j];
f[t]=max(f[t],query(t-1)+1);
mdy(t,f[t]);
ans=max(ans,f[t]);
}
}
printf("%d\n",ans);
return 0;
}