基于MPI的Linux计算集群搭建

序言

MPI(Message Passing Interface)是一种较为底层(相比于Spark等)的分布式计算框架,详情可参见Wikipedia上的介绍:
https://en.wikipedia.org/wiki/Message_Passing_Interface
本文将对MPI在CentOS 7系统上的编译配置,以及相应的Python接口的安装过程进行介绍。我们基于两台位于同一局域网内的计算机进行配置,将其构成一个小型的计算集群。假设两台计算机的IP地址分别为192.168.100.0和192.168.100.1,都有一个名为mpi的用户。下文中的命令均是在192.168.100.0上执行的,192.168.100.1上的配置命令类似,仅少数涉及IP地址的地方,稍作修改即可。

前期准备工作

CentOS中很多软件需要从EPEL软件源中获取,该软件源的安装方式为:

sudo yum install epel-release*

接下来我们需要配置两台计算机之间的SSH无密码登陆,即基于~/.ssh目录下的authorized_keys文件进行验证。首先,生成各自的公钥文件(有提示输入的时候直接回车确认即可):

ssh-keygen -t rsa
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您好!对于搭建 Linux HPC(高性能计算)集群,以下是一般的步骤: 1. 硬件准备: - 购买适当的服务器和网络设备。 - 确保服务器具有足够的计算能力和存储空间。 2. 操作系统选择: - 选择适合 HPC 集群的 Linux 发行版,如 CentOS、Ubuntu Server 或者 Red Hat Enterprise Linux(RHEL)等。 3. 网络架构规划: - 设计网络拓扑结构,包括子网划分、IP 地址分配等。 - 设置网络交换机和路由器,确保良好的网络连接。 4. 安装和配置操作系统: - 在每个服务器上安装选择的 Linux 发行版。 - 配置网络设置和基本系统设置,如主机名、域名解析等。 5. 文件系统和共享存储: - 选择合适的文件系统,如 Lustre、GPFS 等。 - 配置共享存储,确保所有节点对共享文件系统的访问。 6. 软件安装: - 安装并配置 HPC 软件栈,如 MPI(消息传输接口)、OpenMP(开放多处理)等。 - 安装作业调度器,如 Slurm、PBS(Portable Batch System)等。 7. 集群管理工具: - 配置集群管理工具,如 Ganglia、Nagios 等,以监控集群的性能和健康状态。 8. 测试与优化: - 运行一些基准测试来评估集群的性能。 - 根据测试结果进行调优,如调整网络设置、优化作业调度策略等。 以上是一般的搭建步骤,具体的搭建过程可能会因集群规模、硬件和软件选择等而有所不同。希望能对您有所帮助!

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