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RSS订阅原创 Py学徒第一天-基础知识
python 的缺点运行速度慢代码不能加密强制缩进GIL全局解释器锁（？？？）python的应用方向web开发爬虫数据分析运维开发机器学习人工智能python中两句特殊注释#!/usr/bin/python3#--coding=utf-8 --IDE = Integrated Development Environment: 集成开发环境...
2022-03-26 15:25:32
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原创 自动注释 RNA-editing 软件介绍：ReFernment
自动注释 RNA-editing 软件介绍：ReFernmentAuther: chenssTime: 2021/03/23首页下载https://github.com/TARobison/ReFernment整个包如果你和我一样，按照官网的步骤还是安装不上这个软件（linux也安不上），那么就在Rstudio打开该文件夹下的 R/ReFernment.R，在文件末尾增加如下几行，或者直接在Console控制台逐行输入：install.packages("Biostrings")
2021-03-23 17:24:59
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原创 修改简化系统树文件
2021年2月26日14:38:27这是为了帮助师姐写的一个脚本目的：将树文件从图1变为图2使用说明：只需更改以下两个位置即可结果：生成文件***.change资源链接:
2021-02-26 14:50:37
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原创 记录人生中第一个python脚本
#!/usr/bin/python# -*- coding: UTF-8 -*-list=['HEGQ','RS150A','RS174A','RS216A','RS227A','RS259A','Sample_RS34','KJZG','RS162A','RS178A','RS220A','RS228A','RS260A','Sample_RS41','OCZL','RS163A','RS185A','RS221A','RS229A','RS261A','Sample_RS50','RS143A',
2021-01-25 09:05:43
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原创 脚本记录之snp-calling
#!/bin/bash#PBS -N transdecoder#PBS -l nodes=zhangxclab002:ppn=12#PBS -q batch#PBS -V#PBS -S /bin/bash#RS144A.fa RS150A.fa RS247A.fa RS255A.fa#samplemyPATH="/home/chenss/kissplices"#判断.fa文件并按顺序执行dir=$(ls -l $myPATH |awk '!/^d/ {print $NF}' |g
2020-12-15 11:39:18
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原创 二代转录组中的细胞器基因——RNA-Seq data: a goldmine for organelle research
文献分享：RNA-Seq data: a goldmine for organelle research这篇文献是为支持和补充我之前的一篇博文：筛出转录组数据中的叶绿体和线粒体reads
2020-11-29 16:56:32
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原创 sickle转录组数据过滤·使用案例
1. 安装sickleconda install -c bioconda sickle# failed但是好像conda装的不能用，所以换个方法安装wget https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zipunzip master.zipcd sickle-master/make#在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'vi .bashrc2. 运行sicklesickle 的参数
2020-11-25 21:38:16
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原创 转录组原始数据质控与过滤·各种方法尝试
因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P
2020-11-25 16:07:50
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原创 samtools安装未半而中道崩殂
项目场景：samtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or directorysamtools: error while loading shared libraries: libcrypto.so.1.0.0: cannot open shared object file: No such file or director
2020-11-24 14:44:53
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原创 Trinity转录组无参组装
软件trinity使用流程1. 数据下载从NCBI的SRA下载原始下机数据，选择双端测序的Pair-end,但是一般只有一个文件，需要进行格式转换与解压：2. 安装软件本次全部使用conda进行，在conda中安装trinity和其他附带软件： conda install -c bioconda blast conda install -c bioconda trinity还需要安装sratoolkit，但是conda中没有找到这个软件，所以直接wget了，如果此链接失效可以寻找其他链接：
2020-11-24 09:54:09
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KisSplice2refTranscriptome
2020-12-16
kissplice2refgenome-2.0.0.tar.gz
2020-12-16
ENC中文使用指南——css.txt
2019-07-09
ENCprime_win32.zip
2019-07-09
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