转录组原始数据质控与过滤·各种方法尝试

最新推荐文章于 2023-06-17 15:46:15 发布
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分类专栏： 转录组 文章标签： linux 生物信息学
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本文链接：https://blog.csdn.net/mushroom234/article/details/110133613
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本文介绍了转录组原始数据的质量控制和过滤方法，包括使用FastQC进行质控评估，通过FASTX-Toolkit、FASTQ/A Clipper、fastq_quality_filter和trimmomatic进行过滤操作。在实践中，作者探讨了不同工具的适用场景，如trimmomatic适用于去除接头序列和低质量碱基，而sickle则在某些情况下速度更快。
摘要由CSDN通过智能技术生成

   因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。
   下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P

1. 下载解压

nohup wget www.XXXX &
nohup fastq-dump -gzip -split-3 -A  SRR11559267 &
gunzip SRR11559267_1.fastq.gz

2. 原始数据质控图#####fastqc######

   安装fastqc

conda create -n fastqc
conda activate fastqc
conda install -c bioconda fastqc
fastqc --help

   运行fastqc

fastqc -t 4 -o ./ SRR11559267_1.fastq SRR11559267_2.fastq

   得到文件SRR11559267_1_fastqc.html SRR11559267_2_fastqc.html
   浏览器查看质控文件，得出的结果不是很好

3. 对reads进行过滤

   NGSQCToolkit官网打不开了，

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