sickle转录组数据过滤·使用案例

最新推荐文章于 2023-06-17 15:46:15 发布

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分类专栏：转录组文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/mushroom234/article/details/110147317

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这篇博客介绍了如何在Linux环境下安装和运行sickle工具进行转录组数据过滤。由于conda安装的sickle可能存在问题，作者建议采用其他方式安装。sickle的参数设置和在Illumina 1.8+数据上的应用也进行了讨论。

摘要由CSDN通过智能技术生成

1. 安装sickle

conda install -c bioconda sickle
# failed

但是好像conda装的不能用，所以换个方法安装

wget  https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zip
unzip master.zip
cd sickle-master/
make
#在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'
vi .bashrc

2. 运行sickle

sickle 的参数是这样的：

pe : use paired-end mode 
-f training/rnaseq/ERR022486_chr22_read1.fastq.gz : the fastq file

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转录组原始数据质控与过滤·各种方法尝试

mushroom234的博客

11-25

2372

因为我是直接trinity开始的，后面面才开始补加数据前处理，毕竟都是练手所以没关系。但实际上这部分应该放在前面。下载一个基因组很小的细菌做试炼：Pelagibacter phage Greip EXVC021P

sickle

Doris_xixi的博客

07-17

2796

对测序数据进行质控时，通常考虑三点： 1.quality trimming 2.adapter removal 3.contaminant filtering 除杂时我们用到了sickle，它能去除低质量的reads还能保证双端序列的完整性下载地址： https://github.com/najoshi/sickle 安装步骤： cd ~/biosoft mkdir sic...

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数据质控软件sickel的安装与使用

sunwanying123的博客

07-03

1708

安装 wget https://github.com/najoshi/sickle/archive/master.zipunzip后进入目录make ###哇头一次安装软件那么简单在 .bashrc中 alias sickle='your path/sickel'使用

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12-01

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## Download and install picardtools ## https://sourceforge.net/projects/picard/ ## https://github.com/broadinstitute/picard cd ~/biosoft mkdir picardtools && cd picardtools wget http://

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Trinity转录组无参组装

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如果你是哈利·波特迷，你会知道魔法世界有它自己的货币系统 —— 就如海格告诉哈利的：“十七个银西可(Sickle)兑一个加隆(Galleon)，二十九个纳特(Knut)兑一个银西可，很容易。”现在，给定哈利应付的价钱 P 和他实付的钱 A，你的任务是写一个程序来计算他应该被找的零钱。输入输入在 1 行中分别给出 P 和 A，格式为 Galleon.Sickle.Knut，其间用 1 个空格分隔。这里 Galleon 是 [0, 107] 区间内的整数，Sickle 是 [0, 17) 区间内的整数，Knut 是 [0, 29) 区间内的整数。输出在一行中用与输入同样的格式输出哈利应该被找的零钱。如果他没带够钱，那么输出的应该是负数。用c语言

07-14

下面是一个用C语言编写的程序，用于计算哈利应该被找的零钱： ```c #include <stdio.h> int main() { int pg, ps, pk; // 应付的价钱 P int ag, as, ak; // 实付的钱 A // 输入应付的价钱和实付的钱 scanf("%d.%d.%d %d.%d.%d", &pg, &ps, &pk, &ag, &as, &ak); // 计算应该被找的零钱 int total_paid = (ag * 17 + as) * 29 + ak; // 实付的总价值 int total_price = (pg * 17 + ps) * 29 + pk; // 应付的总价值 int change = total_paid - total_price; // 零钱 // 输出找零的金额 if (change < 0) { printf("-%d.%d.%d", -change / 493, (-change % 493) / 29, (-change % 493) % 29); } else { printf("%d.%d.%d", change / 493, (change % 493) / 29, (change % 493) % 29); } return 0; } ``` 注意：这段代码假设输入是合法的，即实付的钱大于或等于应付的价钱。如果输入不合法，代码可能会产生错误或不正确的输出。在实际应用中，我们应该添加错误处理代码来处理输入错误的情况。