dice_test

import glob
import os
import cv2
import numpy as np

def dice(pre_img,mask_img):
    # smooth = 1e-5
    s = []

    s1 = cv2.imread(pre_img,0)
    pre_img = cv2.resize(s1, (256, 256))
    pre_img[pre_img <125]=0
    pre_img[pre_img > 125] = 1
    s1 = pre_img

    mask_img = cv2.imread(mask_img,0)
    mask_img[mask_img < 125] = 0
    mask_img[mask_img >= 125] = 1
    s2 = mask_img

    # print(pre_img.shape)
    row,col = s2.shape[0],s2.shape[1]
    for r in range(row):
        for c in range(col):
            if s1[r][c] == s2[r][c]:
                s.append(s2[r][c])
    # print(s)
    intersection = np.linalg.norm(s)
    output = np.linalg.norm(s1.flatten()) + np.linalg.norm(s2.flatten())
    return (2 * intersection) / (output)


pre_path = '/home/zhengsc/Desktop/pytorch-nested-unet/outputs/colon_train_UNet_woDS_double_up/0/'
mask_path = '/home/zhengsc/Desktop/pytorch-nested-unet/inputs/colon_test/masks/0/'
pre_imgs = glob.glob(pre_path+'*.jpg')
DICE = []
# mask_imgs = glob.glob(mask_path+'*.jpg')
for pre_img in pre_imgs:
    name = pre_img[84:]
    mask_img = os.path.join(mask_path,name)
    Dice = dice(pre_img,mask_img)
    DICE.append(Dice)

dice_mean = np.mean(DICE)
dice_var = np.var(DICE)
std = np.std(DICE,ddof=1)
print(dice_mean,dice_var,std)
import os import random import numpy as np import cv2 import keras from create_unet import create_model img_path = 'data_enh/img' mask_path = 'data_enh/mask' # 训练集与测试集的切分 img_files = np.array(os.listdir(img_path)) data_num = len(img_files) train_num = int(data_num * 0.8) train_ind = random.sample(range(data_num), train_num) test_ind = list(set(range(data_num)) - set(train_ind)) train_ind = np.array(train_ind) test_ind = np.array(test_ind) train_img = img_files[train_ind] # 训练的数据 test_img = img_files[test_ind] # 测试的数据 def get_mask_name(img_name): mask = [] for i in img_name: mask_name = i.replace('.jpg', '.png') mask.append(mask_name) return np.array(mask) train_mask = get_mask_name(train_img) test_msak = get_mask_name(test_img) def generator(img, mask, batch_size): num = len(img) while True: IMG = [] MASK = [] for i in range(batch_size): index = np.random.choice(num) img_name = img[index] mask_name = mask[index] img_temp = os.path.join(img_path, img_name) mask_temp = os.path.join(mask_path, mask_name) temp_img = cv2.imread(img_temp) temp_mask = cv2.imread(mask_temp, 0)/255 temp_mask = np.reshape(temp_mask, [256, 256, 1]) IMG.append(temp_img) MASK.append(temp_mask) IMG = np.array(IMG) MASK = np.array(MASK) yield IMG, MASK # train_data = generator(train_img, train_mask, 32) # temp_data = train_data.__next__() # 计算dice系数 def dice_coef(y_true, y_pred): y_true_f = keras.backend.flatten(y_true) y_pred_f = keras.backend.flatten(y_pred) intersection = keras.backend.sum(y_true_f * y_pred_f) area_true = keras.backend.sum(y_true_f * y_true_f) area_pred = keras.backend.sum(y_pred_f * y_pred_f) dice = (2 * intersection + 1)/(area_true + area_pred + 1) return dice # 自定义损失函数,dice_loss def dice_coef_loss(y_true, y_pred): return 1 - dice_coef(y_true, y_pred) # 模型的创建 model = create_model() # 模型的编译 model.compile(optimizer='Adam', loss=dice_coef_loss, metrics=[dice_coef]) # 模型的训练 history = model.fit_generator(generator(train_img, train_mask, 4), steps_per_epoch=100, epochs=10, validation_data=generator(test_img, test_msak, 4), validation_steps=4 ) # 模型的保存 model.save('unet_model.h5') # 模型的读取 model = keras.models.load_model('unet_model.h5', custom_objects={'dice_coef_loss': dice_coef_loss, 'dice_coef': dice_coef}) # 获取测试数据 test_generator = generator(test_img, test_msak, 32) img, mask = test_generator.__next__() # 模型的测试 model.evaluate(img, mask) # [0.11458712816238403, 0.885412871837616] 94%
02-14
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