科研日志
nayishunjian13
这个作者很懒,什么都没留下…
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科研工作日志-2020年7月5日:fastq转化为fasta以及Linux进程查看和杀死
1. fastq转化为fasta1.1 工具一软件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fastaFastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33缺点: 一个样本要2h左右,太慢。1.2 工具二软件seqkitseqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18优点:一个样本20m左右,很快。2. Linux杀死多个进程2.1 方法一进行名为fastq_to_fastapki原创 2020-07-05 23:35:14 · 838 阅读 · 0 评论 -
科研工作日志-2020年7月2日:宏基因组学之抗性基因分析
1. 为了分析宏基因组抗性基因,利用sratoolkit下载公开Soil、Gut和Ocean数据SRA数据下载:sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt SRA数据转换为FASTQ:sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/fastq-dump -A $f $f.sra -O $PATH_TO_FASTQ_FILE2. 宏基因组抗性基因分析工具DeepARG的安原创 2020-07-03 15:35:46 · 1765 阅读 · 0 评论