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RSS订阅原创 科研工作日志-2020年7月5日：fastq转化为fasta以及Linux进程查看和杀死
1. fastq转化为fasta1.1 工具一软件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fastaFastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33缺点: 一个样本要2h左右，太慢。1.2 工具二软件seqkitseqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18优点：一个样本20m左右，很快。2. Linux杀死多个进程2.1 方法一进行名为fastq_to_fastapki
2020-07-05 23:35:14
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原创 科研工作日志-2020年7月2日：宏基因组学之抗性基因分析
1. 为了分析宏基因组抗性基因，利用sratoolkit下载公开Soil、Gut和Ocean数据SRA数据下载：sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/prefetch --option-file SRR_Acc_List.txt SRA数据转换为FASTQ：sratoolkit.2.9.0-centos_linux64/bin/fastq-dump -A $f $f.sra -O $PATH_TO_FASTQ_FILE2. 宏基因组抗性基因分析工具DeepARG的安
2020-07-03 15:35:46
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原创 NCBI测序数据批量下载与使用
一. 数据下载：SRA Tookit下载SRA Tookit是NCBI 提供的下载软件，我们需要下载安装，下载地址：https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=software。选择需要的SRA Tookit版本进行下载，下载后直接解压到某个指定位置即可。然后搜索SRA数据，例如，我们要下载SRP108428（阅读文献可以找到公开数据的project号）下的所有数据，打开NCBI网址：https://www.ncbi.nlm...
2020-07-02 15:43:58
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原创 Conda安装与使用
Conda安装与使用-生信软件学习Bioconda简介软件管理器condaAnaconda安装Minicona安装Codna配置conda安装宏基因组领域软件宏基因组质控流程humann2有参物种功能定量流程grahplan树图指定虚拟环境、python版本和软件版本安装激活工作环境:关闭环境:Reference[转载]Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼Bioc...
2019-09-03 16:56:47
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原创 统计学习-各种检验
基于16s测序的差异分析无外乎就是物种差异，α 多样性差异以及β 多样性差异分析。最多，也就是基于PICRUSt，BUGBASE这类型的软件预测完功能后，再做一些功能差异分析。常见的差异检验方法，可以分为两大类，一类是最基本的差异检验方法，只输出p值，例如t检验，秩和检验等。另外一类是可以输出p值的同时，也可以输出R值（R值是什么？往下看吧），如Anosim，Adonis等。下面来简单介绍一下这...
2018-12-14 13:46:35
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原创 测序数据仿真——ART基因序列产生器
目录目录ART基因序列产生器简介官网1.软件下载2.相关论文3.ART使用软件配置参数设置使用实例参考ART基因序列产生器简介官网1.软件下载2.相关论文3.ART使用软件配置tar zxvf artbingreatsmokymountains041716linux64tgz.tgz cd ar...
2018-05-07 10:39:39
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转载 非[无]root权限 服务器 下安装python以及python模块
转载自http://www.zilhua.com/413.html Linux非ROOT用户安装Python1.安装pythonPython
2016-12-27 09:46:32
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转载 非[无]root权限 服务器 下安装perl以及perl模块
转载自http://www.zilhua.com 在本博客中，所有的软件安装都在服务器上，且无root权限。理论上适合所有Linux服务器非root权限下安装perl以及perl模块
2016-12-27 09:39:15
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空空如也
空空如也
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