科研工作日志-2020年7月5日：fastq转化为fasta以及Linux进程查看和杀死

1. fastq转化为fasta

1.1 工具一

软件Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta

Fastx_Toolkit_bin/fastq_to_fasta -i ../$f -o $i.fasta -Q 33

缺点: 一个样本要2h左右，太慢。

1.2 工具二

软件seqkit

seqkit fq2fa ../$f -o $i.fasta -j 18

优点：一个样本20m左右，很快。

2. Linux杀死多个进程

2.1 方法一

进行名为fastq_to_fasta

pkill -9 fastq_to_fasta

2.2 方法二

ps -ef | grep fastq_to_fasta | grep -v grep | awk '{print $2}' | xargs kill -9

2.3 删除for循环产生的进程

while :
do
pkill -9 fastq_to_fasta
sleep 5
done

3. linux查看进程、线程数量

3.1 查看进程总数

ps -ef | wc -l

3.2 查看系统设置的最大进程数

sysctl kernel.pid_max

3.3 查看当前进程数

ps -eLf | wc -l

3.4 查看某个服务的进程数

eg：http服务：

ps -ef | grep httpd | wc -l

3.5 查看物理cpu个数

grep 'physical id' /proc/cpuinfo | sort -u

3.6 查看核心数量

grep 'core id' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l

3.7 查看线程数

grep 'processor' /proc/cpuinfo | sort -u | wc -l