为什么要使用UDI for Illumina接头？

小余吐泡泡

于 2020-07-06 20:16:28 发布

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本文链接：https://blog.csdn.net/ncyujijian/article/details/107166927

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UDI接头（Unique Dual Index）用于减少illumina测序中的index-hopping现象，防止数据错配。通过确保双端唯一index序列，UDI能降低交叉污染，保证测序数据的可靠性。虽然会牺牲部分数据，但能确保剩余数据的正确性。UDI效果取决于接头合成时无交叉污染。

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在回答文章标题问题之前，我们需要先了解一个现象，index-hopping，即标签跳跃或者错配。下图就是一种index-hopping产生的过程：
在这里插入图片描述

上述图片展示的就是一种可能导致数据错误分配的情况，其前提是1号样品的index组合在2号样品中也可能出现。
实际上illumina后续HiSeq4000,NovaSeq6000机器在测序桥式PCR过程中，如果有建库残留的index扩增引物，也可能产生index hopping现象。
大致了解了什么是标签跳跃现象之后，我们再来解释一下什么是UDI接头。所谓UDI接头（Unique Dual Index），是指双端唯一index序列的接头。使用UDI接头可以大幅度降低illumina测序过程中因为机器测序或者实验过程中引入的交叉污染，从而尽可能避免测序数据“张冠李戴”的现象。
下图即是UDI接头避免错误的原理。
在这里插入图片描述
备注：图片来自网络。
也许您已经看明白了，并非UDI接头可以防止交叉，而是发生序列交叉了之后，可以丢弃这部分数据。大白话说就是，虽然浪费了一点数据，但是࿰

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