PacBio和NanoPore两种三代测序仪的比较

可以这么说，目前在长度长的三代测序领域内，基本上是PacBio和Nanopore的天下。二者测序技术各有千秋，我就来谈一点浅薄的认识。

首先，介绍一下二者的测序原理。
PacBio采用SMRT测序技术，名称取自single molecule real time sequencing，即单分子实时测序。

上图为PacBio的核心测序原理，基本上包括以下几个要点：

1. 制造出一个ZMW孔（Zero-Mode Waveguides），一个光学物理概念。大白话说，就是在这个孔底部照射激光，这些光不会穿透小孔。这样每个孔不同颜色的光互相不会干扰。
2. 四种不同的碱基，经过修饰荧光基团，在ZMW孔内，进行聚合反应的时候，荧光基团脱落。在激光的照射下，显示不同的颜色。从而可以根据颜色的变化顺序，推导DNA序列。
3. 构建环装文库。任何高通量测序，都必须告诉机器从哪里开始测序。这个就要靠文库构建来解决。PacBio的文库结构如下图所示：
   

接下来，我介绍一下，nanopore的测序原理。
Nanopore也是有一个很小的纳米孔，不过这个孔略有区别。如下图所示：

这个孔是一个天然的蛋白，孔径很小，仅能通过单链DNA分子。其测序原理通俗解释，就是想办法让单链DNA通过这个纳米孔。但是，纳米孔两侧有一个记录电压变化的传感器。在施加一个电压的时候，单链DNA的不同碱基通过纳米孔的时候，电压的变化情况是不一样的。传感器就是记录这些不一样的电压变化，从而将电信号转化为碱基信息。

同样，为了测序，nanopore测序仪也是要建库的，其文库构建过程如下图：

备注：Nanopore文库两侧是添加了Y字形接头的，不同于Illumina的Y字形文库，该文库携带了一个马达蛋白（具有解旋功能，将双链DNA解开变成单链，并通过纳米孔）。

介绍完了两个平台的基本原理，我来聊聊两个平台的技术特点吧。

1. PacBio可以引入CCS测序模式，即不断的滚环测序，对一个DNA分子的正反链不断测序，可以提高但碱基精度。
   

2. NanoPore可以做的比较小巧，且由于其测序不需要进行合成反应，不需要添加一些修饰的碱基，所以使用相对方便。不需要花费太多经费采购仪器。且由于测序仪器可以很小巧，甚至可以在野外进行测序。

3. 至于读长和测序精度，实测数据来看，应该不分伯仲吧。

4. 两台机器都可以直接读取甲基化信息。

5. 但是，两台机器对于连续相同的碱基，读取容易出错。