GULP 案例 1 代码解释:声子色散曲线和态密度的计算

晶格动力学GULP程序运行过程如下:

输入文件(input),文件后缀一般为:××.gin

运行命令为:gulp < ××.gin > ZnO.dat

# < 为输入文件命令(××.gin),> 为输入文件命令(ZnO.dat)

 

opti conp prop phonon 
#关键词:需要的计算何种性质

# opti— perform optimisation run(声明是结构优化)
# conp — constant pressure calculation(声明是等压计算)
# prop — calculate properties for final geometry(声明是最终的计算性质)
# phonon — calculate phonons for final geometry(声明是计算声子相关特性)

name ZnO-WZ
#声明计算物质的名字

cell
3.242  3.242  5.188  90.0  90.0  120.0 
#声明ZnO-WZ结构的晶格参数(晶格常数和角度)

Fractional
Zn  core 0.333333   0.666667   0.000000  
O  core 0.333333   0.666667   0.381900
#声明Zn和O原子的归一化坐标

space
186
#声明物质的空间群

shrink
40 40 40
# 指定倒数空间中的收缩因子。收缩因子越高,对k空间的采样越广泛,同时,k值越大越耗时!!!

dispersion
0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0
#选择布里渊区扫描路径(高对称点)

project_dos 1
Zn
# 指定输出态密度(Total和Zn原子)

species
Zn   1.14
O   -1.14
# 指定电荷种类和电荷量

buck 
Zn  Zn  78.91   0.5177  0.00     0.0 12.0
Zn  O   257600  0.1396  0.00     0.0 12.0

Morse
O   O   0.1567  1.164   3.405    0.0 12.0
#指定势函数的形式和势参数

output phon ZnO
#指定输出声子色散曲线以及态密度等数据信息

完整的输入文件示下:

opti conp prop phonon

name ZnO-WZ
cell
3.242  3.242  5.188  90.0  90.0  120.0
frac
Zn core 0.333333   0.666667   0.000000  
O  core 0.333333   0.666667   0.381900
space
186
shrink
40 40 40
dispersion
0.5 0.0 0.0 to 0.0 0.0 0.0
project_dos 1
O

species
Zn   1.14
O   -1.14

buck 
Zn  Zn  78.91   0.5177  0.00     0.0 12.0
Zn  O   257600  0.1396  0.00     0.0 12.0

Morse
O   O   0.1567  1.164   3.405    0.0 12.0
output phon ZnO

模拟方法:

输出文件:一般将会产生三个文件,分别为:ZnO.disp、ZnO.dens和ZnO.dat

1. ZnO.dat输出文件:主要包含一些结构信息、原子数目、空间群信息等

2. ZnO.disp 输出文件:主要是声子色散曲线的数据,还包括高对称点的信息

绘图结果如下:

3. ZnO.dens 输出文件:只要是态密度数据信息

绘图结果如下:

大家需要了解的一些概念:

声子谱(声子色散曲线)、态密度、布里渊区、高对称点、空间群、归一化坐标、波矢、倒空间、晶格常数、晶格参数

六方晶系的高对称点扫描路径:

关于高对称点的参考文献:

High-throughput electronic band structure calculations: Challenges and tools

https://doi.org/10.1016/j.commatsci.2010.05.010

欢迎大家关注微信公众号:原子与分子模拟

 

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