GO富集分析R代码

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library(AnnotationHub) #library导入需要使用的数据包
library(org.Hs.eg.db) #人类注释数据库
library(clusterProfiler) #做富集分析
library(topGO) #做GO图
library(pathview) #看通路的
library(Rgraphviz) #将上面包连接使用的

######该文件包含数据只需要一列基因名称即可
#GO分析

DEG <- read.csv(file.choose(),sep = “\t”,header = TRUE)
DEG1 <- DEG$SYMBOL #第一列向量化
DEG.gene_symbol = as.character(DEG1)#选择基于列表并且将其向量化

#进行基因名称转换匹配
DEG.entrize_id <- mapIds(x= org.Hs.eg.db,
keys = DEG.gene_symbol,
keytype = “SYMBOL”,
column = “ENTREZID”)
#去除未匹配到的NA值
DEG.enter_id <- na.omit(DEG.entrize_id)

#进行基因富集分析
erich.go.BP = enrichGO(gene = DEG.enter_id,
OrgDb = org.Hs.eg.db,
keyType = “ENTREZID”,
ont = “BP”, # “CC”,"MF"分子功能,
pvalueCutoff = 0.01,
qvalueCutoff = 0.05,
readable = T)
#绘制GO图
barplot(erich.go.BP,showCategory = 20,title = “EnrichmentGO”)

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