GO富集分析及结果柱状图绘制R代码

最新推荐文章于 2023-02-23 09:07:45 发布

x2yline002

最新推荐文章于 2023-02-23 09:07:45 发布

阅读量4.8w

点赞数 10

分类专栏： GO分析文章标签： GO分析 R语言

本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_30623997/article/details/79250940

版权

本文介绍了如何使用R语言进行GO富集分析，并详细讲解了利用R代码绘制富集结果的柱状图。通过参考相关教程，读者将能够掌握这一生物信息学中的关键步骤。

摘要由CSDN通过智能技术生成

target_gene_id <- unique(read.delim("miRNA-gene interactions.txt")$EntrezID)
# BiocInstaller::biocLite("clusterProfiler")
# BiocInstaller::biocLite("org.Hs.eg.db")

display_number = c(15, 10, 15)
## GO enrichment with clusterProfiler
library(clusterProfiler)
ego_MF <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db",
             gene = target_gene_id,
             pvalueCutoff = 0.05,
             ont = "MF",
             readable=TRUE)
ego_result_MF <- as.data.frame(ego_MF)[1:display_number[1], ]
# ego_result_MF <- ego_result_MF[order(ego_result_MF$Count),]

ego_CC <- enrichGO(OrgDb="org.Hs.eg.db",
                   gene = target_gene_id,