2021-09-16

LD（linkage disequilibrium）连锁不平衡

当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态。

LD衰减（LD Decay）

LD的衰减指位点间由连锁不平衡到连锁平衡的演变过程；
LD衰减的速度在不同物种间或同物种的不同亚群间，往往存在较大差异。
通常会使用“LD衰减距离”来描述LD衰减速度。

LD衰减距离的应用：

1、判断GWAS所需标记量，决定GWAS的检测效力以及精度；

最少标记量 = 基因组大小/LD衰减距离

2、辅助分析进化与选择

在同一个连锁群上，LD衰减的慢说明该群体受到选择。一般来说，野生群体比驯化改良群体LD衰减快，异花授粉植物比自花授粉植物LD衰减快。比如玉米：地方品种1 kb，自交系2 kb，商用自交系100 kb。