文献阅读---玉米干旱响应和耐受性基因表达的调控变异定位

文献阅读—玉米干旱响应和耐受性基因表达的调控变异定位

Mapping regulatory variants controlling gene expression in drought response and tolerance in maize

杂志：
Genome Biology
发表时间：
2020年7月6日

1.摘要背景

（1）基因表达
基因表达是细胞响应的决定因素。
基因表达中的自然变异将遗传变异和表型联系了起来。
（2）干旱胁迫
干旱是全球作物生产的主要环境威胁。因此，干旱胁迫下，控制基因表达的调控变异鉴定尤为重要。

2.研究背景（通常3-4段）

玉米是重要的作物，可以用于粮食、饲料和工业原料。
玉米也是重要的模式作物，具有丰富的遗传多样性和全基因组水平快速的连锁衰减。
干旱是重要的环境胁迫，作为复杂性状，解析困难。全基因组关联分析（GWAS）辅助检测基因和表型关联，但是因果基因和性状响应DNA变异鉴定困难。（GWAS的不足）
前人研究表明（ cumulative evidence suggests that），遗传变异通过调控变异调节基因表达和基因变异中的重要功能来影响复杂性状。（后面是前人研究文献举例）

在许多模式生物中研究了基因表达变异的遗传基础，也称为数量性状基因座 (eQTL)。经典的亲本构建群体策略（classical strategy）通常定位区间大，而最近GWAS分析结合玉米材料的特异型（LD衰减快），可以将变异检测定位到单基因水平。另一方面，基因表达是时空依赖性的（spatio-temporal dependent），eQTL结构能够在胁迫和环境刺激时动态变化，基于此在人类组织研究中已经进行了一些探索，在植物中研究较少。

重要的是，基因表达改变是重要的分子表型，将基因型与分子功能和植物适应性联系起来，孟德尔随机化 (MR) 分析和转录组范围关联研究 (TWAS) 等策略来识别表达-性状关联，这些关联优化了基因表达变化与性状相关的候选基因。

最后总结本研究策略。（此部分MR和TWAS文献值得后续阅读）

3.研究材料和方法

3.1 材料种植和取样测序
玉米群体：
224个玉米材料

种植策略：
每个材料种植3个重复，幼苗2周龄开始干旱胁迫处理

干旱胁迫策略：
对两个重复栽培进行干旱处理（WS1、WS2），通过停水进行，同时保持一个重复以正常生长（WW）

取样策略：
WW（正常浇水），WS1（抑制浇水，相对含水量70%），WS2（相对含水量58%）
在干旱处理的第 9 天和第 13 天，分别收获了 WS1 和 WS2 的样品。
WW 样品与WS1在同一天采集 ；WS2 在一天中的相似时间点进行采样，以避免 4 天