【生信】安装SCICoNE软件：如何知道安装的GCC 支持什么版本的OpenMP；conda下更新gcc

GitHub - cbg-ethz/SCICoNE: Single-cell copy number calling and event history reconstruction.

今天在安装一个生信分析软件的时候，遇到了需要更新gcc版本以及OpenMP的问题。

看到以下这个要求一直以为需要安装OpenMP，还到处找了安装方法。但是实际上不是的，根据这篇回答来看：

software installation - How can I install OpenMP in Ubuntu? - Ask Ubuntu

OpenMP是编译器的一个特征，我们只需要检查我们所使用的编译器的版本是不是对应支持OPenMP 4.5就可以了。

openmp - GCC Wiki

一直在网上检索也没发现好用的命令行以查询当前使用的gcc版本对应支持的openmp。但是在gcc的官方wiki上看到了相关的信息介绍。

OpenMP 4.5 is supported for C/C++ since GCC 6 and since GCC 7 for Fortran (with omissions, largest missing item is structure element mapping). 

下面是在conda环境下更新gcc的一些命令

# 当前gcc 版本低
gcc --version
# gcc version 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-36) (GCC)

# 用conda安装
# https://anaconda.org/conda-forge/gcc_impl_linux-64
conda install -c conda-forge gcc_impl_linux-64

ln -s /***/anaconda3/libexec/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/7.5.0/gcc /***/software/anaconda3/bin/gcc
# 在base下会装在上面的位置，如果在特定环境下就是/***/anaconda3/envs/环境名/libexec/gcc/x86_64-conda-linux-gnu/7.5.0/gcc；不是在bin目录下


conda install gcc_linux-64

gcc --version
# gcc (crosstool-NG 1.24.0.133_b0863d8_dirty) 7.5.0
# 成功安装

# 参考：https://www.zhihu.com/question/56272908