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prumin
这个作者很懒,什么都没留下…
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【生信】安装SCICoNE软件:如何知道安装的GCC 支持什么版本的OpenMP;conda下更新gcc
GitHub - cbg-ethz/SCICoNE: Single-cell copy number calling and event history reconstruction.今天在安装一个生信分析软件的时候,遇到了需要更新gcc版本以及OpenMP的问题。openmp - GCC Wiki可以在这个网址上查阅安装的gcc到底支持什么版本的OpenMP...原创 2022-03-31 18:51:21 · 2305 阅读 · 1 评论 -
[生信] FindMarkers源码解析(默认参数)(1)
写在前面:在使用Seurat的时候,感觉还是有必要知道具体的每一步是怎么实现的。于是自己按照默认的参数设置,选取了其中的一部分函数,从源代码中抽取了计算的主干部分,略去了很多细节,基本实现计算的功能,得到和使用原来的函数一致的结果。目录如何查看源代码网址:插件:函数的调用流程能实现基本功能的主干代码及注释结果检验一些函数用法/参数的意义如何查看源代码网址:seurat/differential_expression.R at master · satijalab/原创 2021-12-28 16:42:39 · 6108 阅读 · 0 评论 -
[生信]利用seqkit对双端测序文件成对的进行down sampling
问题描述:在用seqkit的sample函数取指定数目或者比例的序列的时候,总是提示r1和r2的操作的序列不匹配。于是组合使用几个seqkit的工具实现提取。安装可以使用conda:conda install -c bioconda seqkit两个即将进行downsampling 的原始文件均为100行wc r*.gz 100 125 8663 r1.test.fastq.gz 100 125 8799 r2.test.fastq.gz 200 250原创 2021-12-12 20:39:43 · 2866 阅读 · 0 评论