生信-蛋白信号肽预测-signalp6的安装与使用

环境：
centos8，miniconda3，python 3.9.13

参考：
SignalP 6.0 - DTU Health Tech - Bioinformatic Services
https://services.healthtech.dtu.dk/services/SignalP-6.0/

Felix Teufel, José Juan Almagro Armenteros, and others. SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models. Nature Biotechnology volume 40, pages1023–1025 (2022)

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前言

信号肽是一种短的（长度通常为5-30个氨基酸）肽链，主要作用是引导新合成的蛋白质向分泌通路转移。这种肽链通常位于新合成多肽链的N端，用于指导蛋白质的跨膜转移或定位。信号肽的主要特征是包含一段疏水性氨基酸序列，这段序列在起始密码子之后，负责将蛋白质引导到细胞中具有不同膜结构的亚细胞器内。

SignalP-6.0用于预测古细菌、革兰氏阳性菌、革兰氏阴性菌和真核生物的蛋白质中信号肽的存在及其切割位点的位置。（引用自参考1）

在细菌和古细菌中，SignalP 6.0可以区分五种类型的信号肽:

• Sec/SPI: 由 Sec 转座子转运，并由信号肽酶 I (Lep) 切割的“标准”分泌信号肽
• Sec/SPII: 由 Sec 转座子运输，并由信号肽酶 II (Lsp) 切割的脂蛋白信号肽
• Tat/SPI: 由 Tat 转座子转运，并由信号肽酶 I (Lep) 切割的 Tat 信号肽
• Tat/SPII: 由 Tat 转座子转运，并由信号肽酶 II (Lsp) 切割的 Tat 脂蛋白信号肽
• Sec/SPIII: 由 Sec 转座子运输，并由信号肽酶 III (PilD/PibD) 切割的菌毛蛋白和菌毛蛋白样信号肽

此外，SignalP6.0预测了信号肽的区域。根据类型，预测n、h和c区域以及其他显著特征的位置。信号肽N端的n区大约有1-5个残基，包括一个或几个碱性氨基酸，通常带有正电荷；中间的疏水核心（h区）大约含有7-15个疏水性残基；羧基末端区（c区）有5-6个残基，极性较强，并包含信号肽切割位点。

由于同事要求同时安装signalp5（5.0b）和signalp6（fast版），对于前者，我下载的是预编译版；对于后者，我是从源码编译安装的，正好可以展示两种安装方式。5和6在使用上有一点点区别，后文会详细说明。本文的使用方法主要是：1）命令行；2）在Python脚本里通过subprocess调用。

signalp5的安装与使用见：
生信-蛋白信号肽预测-signalp5的安装与使用-CSDN博客

安装

仍然是先下载安装包。我也是收到了同事的分享：signalp-6.0h.fast.tar.gz。

解压：

tar –zxvf signalp-6.0h.fast.tar.gz