安装生物信息学软件-Samtools

更新：

为了跟服务器的samtools版本一致，所以我需要装一下1.6

步骤一：去https://github.com/samtools/samtools/releases/下载full source code 版本

步骤二：放到某个地方，解压。我放到usr/local/下。进入文件夹后

sudo ./configure

报错：

所以sudo apt-get install这个缺失的包，再重新sudo ./configure

步骤三：

sudo make

sudo make install

步骤四：验证是否安装成功

输入samtools，出版本号即可。

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装完Bowtie2，官方文档给出的栗子说可以玩一玩samtools，所以我入个坑

参考这篇http://m.010lm.com/roll/2016/0620/2343389.html

Step 1: 安装libncurses5库（貌似和字符多色显示有关？生信人会玩=。=）

sudo apt-get install libncurses5 libncurses5-dev

Step 2: 安装zlib(压缩与解压，有教程说不装会报错=。=)

sudo apt-get install zlib1g-dev

Step 3: 安装libcurl

当使用C++做HTTP客户端时，目前通用的做法就是使用libcurl。其官方网站的地址是http://curl.haxx.se/，该网站主要提供了Curl和libcurl。

Curl是命令行工具，用于完成FTP, FTPS, HTTP, HTTPS, GOPHER, TELNET, DICT, FILE 以及 LDAP的命令的请求及接收回馈。

libcurl提供给开发者，用于使用C++跨平台的开发各种网络协议的请求及响应。里面的文档非常齐全，不过都是英文的。

Step 4: 安装SSL

sudo apt-get install libssl-dev

Step 5: 正式安装samtools

官网下载(samtools-1.3.1.tar.bz2)，解压，进入解压后的目录：/home/pxy7896/Downloads/samtools-1.3.1

./configure –enable-plugins–enable-libcurl prefix=/home/pxy7896/samtools

make all all-htslib

make install install-htslib

Step 6: 验证安装是否成功

samtools view