iMeta 高被引论文40篇

iMeta高被引论文40篇

2024年7月11日，科睿唯安官网发布了最新ESI高被引阈值。在微生物领域中，iMeta共发表高被引论文40篇，占总文章数20%。

iMeta2022年发表文章58篇，高被引13篇；2023年发表文章75篇，高被引14篇，2024年发表文章62篇，高被引13篇。

2022年高被引文章

01 Sangerbox：交互、友好的整合临床生信分析平台

Sangerbox: A comprehensive, interaction-friendly clinical bioinformatics analysis platform

Sangerbox (http://vip.sangerbox.com)是基于网络的工具平台，用户可以在一个友好的交互页面中进行不同的分析。平台提供可交互的图形化分析工具，包括相关性分析工具，通路富集分析、WGCNA分析等常见的工具和功能。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.36

引用量：486

02 ComplexHeatmap: 复杂热图可视化

Complex heatmap visualization

该研究系统性地介绍了 ComplexHeatmap 的现状，包括其模块化设计、丰富的功能和广泛的应用。作者还将文档重新编写为一本综合性书籍 (https://jokergoo.github.io/ComplexHeatmap-reference/book/)。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.43

引用量：394

03 Majorbio Cloud：一站式多组学数据分析平台

Majorbio Cloud: A one-stop, comprehensive bioinformatic platform for multiomics analyses

Majorbio Cloud是一站式高通量组学研究平台（https:// cloud.majorbio.com/），包括云流程、云工具、云课堂3大功能模块。其中云流程涵盖了微生态、转录组、蛋白与代谢及基因组等多组学，通过强大、快捷的分析流程，助力用户自主完成数据分析和挖掘。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.12

引用量：314

04 imageGP: 高颜值高被引绘图网站

ImageGP: An easy-to-use data visualization web server for scientific researchers

ImageGP (http://www.ehbio.com/ImageGP/)可以在线生成常见的线图、柱状图、散点图、箱线图、集合图、热图和直方图等。用户只要粘贴进去数据矩阵，就可以快速出图。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.5

引用量：255

05 iNAP：针对微生物组学研究的集成网络分析平台

iNAP: An integrated network analysis pipeline for microbiome studies

该文章发表了一个可用于微生物组学研究、生成和分析生态网络的在线分析平台iNAP，提供多种网络分析方法和工具，可以帮助研究人员更好地了解微生物群落构建机制。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.13

引用量：171

06 ggClusterNet：包含多种基于模块可视化布局算法的微生物网络挖掘R包

ggClusterNet: An R package for microbiome network analysis and modularity-based multiple network layouts

该文章开发了名为ggClusterNet的R包，展示微生物网络模块化信息，用于微生物网络数据挖掘和跨域网络数据挖掘。目前，ggClusterNet在github（https://github.com/taowenmicro/ggClusterNet/），Gitee（https://gitee.com/wentaomicro/ggClusterNet）上开放使用。完整的说明和示例在wiki页面可以阅读。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.32

引用量：117

07 Ggtree：用于系统发育树及相关数据存储与可视化的数据结构

Ggtree: a serialized data object for visualization of a phylogenetic tree and annotation data

该文章设计了ggtree对象用于存储系统发育树，相关数据以及可视化指令，提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.56

引用量：107

08 干旱生态系统中土壤真菌与细菌群落构建的关系

Linking soil fungi to bacterial community assembly in arid ecosystems

本研究将跨生物群落的观测研究与微宇宙实验相结合，研究西北旱区复杂陆地生态系统中生物因素(如土壤真菌和跨界物种的相关关系)对土壤细菌生物地理和群落构建的影响。结果表明，土壤中真菌丰富度调节了细菌群落构建过程的平衡，随机过程随着真菌丰富度的增加而减少

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.2

引用量：98

09 MetOrigin：代谢物溯源推动肠道微生物和代谢整合分析

MetOrigin: Discriminating the origins of microbial metabolites for integrative analysis of the gut microbiome and metabolome

该文章开发了一个交互式分析软件MetOrigin，能够对代谢产物进行溯源分析。不仅可以快速识别微生物来源代谢物及其代谢功能，还有助于发现与其密切相关的关键微生物。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.10

引用量：86

10 土壤与根系微生物群落组装过程与共发生网络沿环境梯度的差异性响应机制

Differential microbial assembly processes and co-occurrence networks in the soil-root continuum along an environmental gradient

该研究表明微生物生态位依然是区域尺度上影响细菌多样性和群落组成的最重要因素，土壤-根系连续体中的细菌群落沿着环境梯度表现出不同的敏感性和组装机制，这受到了根系生态位与环境因子的共同影响。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.18

引用量：47

11 hLchsp：毛螺菌科菌株资源库

Metabolite profiling of human-originated Lachnospiraceae at the strain level

本文构建了人源毛螺菌株资源库，包含148株来自33个属77个物种，对代表性毛螺菌科菌株进行体外挥发代谢谱表征，共检测到17类、242种在传统肠道代谢组学研究中鲜少关注的挥发性代谢产物。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.58

引用量：43

12 定制Circos图：使用TBtools，从数据准备到可视化

A painless way to customize Circos plot: From data preparation to visualization using TBtools

在该文章中，作者在TBtools中开发了“Advanced Circos”功能，提供构造Circos图的简单方法。“Advanced Circos”功能提供了一个用户友好界面，用于定制参数设置，并可用于可视化各种基因组水平数据，如基因组关联信息、比对数据、基因密度和QTL位置。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.35

引用量：45

13 植物向微生物群“呼救”策略的遗传基础

Toward understanding the genetic bases underlying plants mediated ‘cry for help’ to the microbiota

该文章系统地回顾了宿主主动重塑有益微生物组，从而增强生物和非生物胁迫耐受性的遗传基础，总结了确立微生物组变化与植物功能性状联系的实用研究手段。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.8

引用量：43

2023年高被引论文

01 使用fastp进行超快的FASTQ数据预处理、质量控制和去重

Ultrafast one-pass FASTQ data preprocessing, quality control, and deduplication using fastp

本研究表明fastp已经得到了许多生物信息学用户的认可，并且一直在持续维护和更新，根据Google Scholar的数据，fastp论文目前已经被引13000多次。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.107

引用量：131

02 使用PhyloSuite进行分子系统发育及系统发育树的统计分析

Using PhyloSuite for molecular phylogeny and tree-based analyses

本文主要介绍并演示使用 PhyloSuite 进行分子系统发育树重建的所有步骤以及最新开发的11种基于树文件的统计分析功能，包括介绍每一个步骤的背景信息（what）、执行该步骤的原因（why）和具体操作流程（how）。旨在帮助初学者快速入门（多基因联合）系统发育分析，同时提升使用者的分析效率。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.87

引用量：85

03 OmicStudio: 可组合的高品质生物信息学云平台

OmicStudio: A composable bioinformatics cloud platform with real-time feedback that can generate high-quality graphs for publicatio

本研究提供了一个基于云技术的生物信息学平台：OmicStudio。该云平台能够快速获取生信分析的图表结果，生成高质量的图表供发表，并自动与下游分析模块连接。此外，不受开发者审美的限制，用户可以自定义定制更优雅的图形。模块化设计，让用户在不同的应用场景下获得最舒适的体验。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.85

引用量：71

04 解译恢复草地土壤微生物生活史策略及其影响因素

Deciphering factors driving soil microbial life-history strategies in restored grasslands

本研究构建了一个框架，以突出草地恢复过程中植物和土壤特性在驱动微生物生活史特征方面的重要性，表明微生物生活史特征支持rRNA操纵子拷贝数能够反映土壤微生物资源有效性这一观点。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.66

引用量：63

05 易扩增子(EasyAmplicon)：微生物组研究中易用的扩增子分析流程

EasyAmplicon: An easy-to-use, open-source, reproducible, and community-based pipeline for amplicon data analysis in microbiome research

本研究提供了一个跨平台、开源和社区支持的分析流程——易扩增子（EasyAmplicon）。易扩增子包括30多个跨平台模块和该领域常用的R包。流程由文章作者和“宏基因组”公众号编辑团队维护和更新，定期发布最新的中英文教程，阅读用户的反馈，并在微信公众号和GitHub中为用户提供帮助。该流程可在 GitHub (https://github.com/YongxinLiu/EasyAmplicon) 和 Gitee (https://gitee.com/YongxinLiu/EasyAmplicon)上获得。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.83

引用量：59

06 盐度胁迫下失稳的微生物生态网络：丰富与稀有物种在维持生态网络中的差异化表现

Destabilized microbial networks with distinct performances of abundant and rare biospheres in maintaining networks under increasing salinity stress

本研究通过深入挖掘环境胁迫下的微生物生态模式，强调了在环境压力不断增加的人类世下平衡对丰富物种和稀有物种的保护策略以维持生态系统功能和服务的重要性。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.79

引用量：40

07 新视角：高脂饮食介导的肠菌紊乱与慢性疾病的互作机制研究

New Insights into the Mechanisms of High Fat Diet Mediated Gut Microbiota in Chronic Diseases

本研究系统总结了在高脂饮食（HFD）介导的慢性疾病发病机制中，胆汁酸、脂多糖、短链脂肪酸和氧化三甲胺与特征肠道菌的协同机制，并提供了相关新的见解，指出 HFD 介导慢性疾病中肠道菌群紊乱的潜在生物标志物。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.69

引用量：27

08 土壤微生物网络复杂性介导了土壤多功能性在降水改变下的变化

Decreased soil multifunctionality is associated with altered microbial network properties under precipitation reduction in a semiarid grassland

本研究结果提供了关于降水改变控制土壤功能的潜在机制的新见解。这些发现表明，地下微生物之间的相互作用应该被纳入未来气候变化情景下半干旱草地的土壤功能预测中。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.106

引用量：26

09 shinyCircos‐V2.0: 易用性提高和功能增强的Circos图绘制工具

shinyCircos-V2.0: Leveraging the creation of Circos plot with enhanced usability and advanced features

本研究开发的shinyCircos-V2.0是shinyCircos的升级版本，包括了一个新的用户界面，增强了其易用性，并提供许多用于创建高级Circos图形的新功能

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.109

引用量：25

10 泛癌分析揭示铜死亡调节子的临床和分子特征

Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators

本研究开发了一个可以反映整体铜死亡水平的铜死亡活性评分模型，鉴定了各肿瘤类型中与铜死亡相关的miRNAs、lncRNAs以及转录因子，可为今后的铜死亡相关研究提供资源和参考。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.68

引用量：22

11 MBPD：践行一体化健康的多种病原细菌检测流程

MBPD: A multiple bacterial pathogen detection pipeline for One Health practices

本研究提出了一个多病原细菌检测系统(MBPD)，以识别动物、植物和人畜共患类病原菌。与其他方法(如16SPIP和MIP)相比，MBPD可检测到的病原菌范围更广，还能够从生物和环境样本中识别潜在的复合感染病菌。综上，该流程为一体化健康背景下的农业、畜牧业、医药和环境病原菌风险监测及预防等提供重要参考依据。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.82

引用量：22

12 “塑料际”微生物：研究方法、多样性、功能性

Plastisphere microbiome: Methodology, diversity, and functionality

本研究探讨了不同环境中研究“塑料际”的试验设计和表征方法、评估了“塑料际”的群落组成、多样性和潜在生态机制、对该领域存在的问题和挑战以及未来的研究重点进行了讨论。本文对全面认识“塑料际”微生物具有重要指导意义。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.101

引用量：16

13 多组学方法在肿瘤微生物组研究中的应用

pplying multi-omics towards tumor microbiome research

本文系统总结了多组学的研究进展及其在肿瘤微生物组研究中的现有和潜在应用，为研究者提供了一个可供参考的组学工具箱。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.73

引用量：15

14 益生菌发酵中草药的研究进展

Research advances in probiotic fermentation of Chinese herbal medicines

本文综述了使用益生菌发酵中草药的优点、发酵技术、益生菌菌株，并展望了中草药发酵的未来发展。先进的微生物组学和合成生物学工具能够利用微生物细胞工厂以低成本生产大量中草药来源的生物活性天然产物，这将有助于推动中草药现代生物制造的发展。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.93

引用量：15

2024年高被引论文

01 微科盟生科云(Wekemo Bioincloud)：一个专为宏组学数据设计的用户友好型在线分析平台

Wekemo Bioincloud: A user-friendly platform for meta-omics data analyses”

本文开发了微科盟生科云(Wekemo Bioincloud)——一个专业的宏组学(meta-omics)数据分析平台。该平台提供了全面的分析解决方案，方便用户在处理大量组学数据中选择适用的工具。Wekemo Bioincloud可以通过以下链接获取：https://www.bioincloud.tech/。目前“Wekemo”已经被引用300余次(Google Scholar，截止2024年2月)，欢迎大家使用本平台并正确引用。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.175

引用量：17

02 丁酸梭菌和碳水化合物活性酶有助于减少猪的脂肪沉积

Clostridium butyricum and carbohydrate active enzymes contribute to the reduced fat deposition in pigs

本文研究揭示了不同脂肪沉积表型金华猪肠道微生物丁酸梭菌Clostridium butyricum 和碳水化合物活性酶（CAZymes）功能之间的联系，为深入了解肠道微生物功能与宿主脂肪沉积的关联机制奠定了理论基础。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.160

引用量：9

03 SeqKit2：序列和比对数据操作的瑞士军刀

SeqKit2: A Swiss army knife for sequence and alignment processing

本文介绍已被广泛使用的序列分析工具SeqKit新的版本SeqKit2，它具有更多的功能、更高的性能并增加对更多压缩格式的支持。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.191

引用量：9

04 泛基因组研究揭示两个转座子插入是影响鸭体重和白羽性状的原因突变

Duck pan-genome reveals two transposon insertions caused bodyweight enlarging and white plumage phenotype formation during evolution

本文研究结果强调了采用泛基因组作为参考基因组在基因组学研究中的重要性，且揭示了转座子对鸭重要经济性状形成的影响。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.154

引用量：4

05 肠道菌群重塑癌症免疫治疗疗效:机制和治疗策略

Gut microbiota reshapes cancer immunotherapy efficacy: Mechanisms and therapeutic strategies

本文回顾了微生物菌群组成及微生物菌群衍生的代谢物是否与免疫治疗反应和irAEs有关。此外，本文还讨论了通过调节微生物菌群组成来提高免疫治疗疗效或减轻毒性的各种方法。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.156

引用量：4

06 大熊猫肠道微生物抗生素抗性基因综合分析

A comprehensive analysis of antibiotic resistance genes in the giant panda gut

本研究开发了一个针对大熊猫肠道菌群的宏基因组组装基因组（MAGs）数据库，可以利用宏转录组测序技术来阐明圈养大熊猫中ARGs表达模式，以及调查水平基因转移的潜力，揭示可能对这一濒危物种产生的人为影响。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.171

引用量：3

07 合成微生物群落（SynComs）在提升土壤健康研究中的应用进展

Synthetic microbial communities: Sandbox and blueprint for soil health enhancement

本文回顾了SynComs 在改善土壤健康各方面的应用，总结了改善土壤健康的SynComs构建原则，讨论了SynComs 应用的下一阶段，包括构建更复杂、更综合的SynComs来解决目前简单合成菌群无法解决的科学和实际问题。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.172

引用量：3

08 鼠李糖乳杆菌GG致损斑马鱼肠道揭示其宿主依赖的益生作用

Lactobacillus rhamnosus GG triggers intestinal epithelium injury in zebrafish revealing host dependent beneficial effects

本研究证明鼠李糖乳杆菌GG的菌毛蛋白SpaC通过诱导斑马鱼肠上皮细胞焦亡和肠道菌群紊乱导致鱼体肠道损伤，提示宿主依赖性的有益/有害作用机制是应用非宿主来源益生菌时需要关注的关键安全问题。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.181

引用量：3

09 分离培养的毛螺菌科潜在新种拓展了基因组和功能多样性

Isolation of potentially novel species expands the genomic and functional diversity of Lachnospiraceae

本研究揭示了毛螺菌科新物种尚未发掘的潜力，基于此选择菌株，得以开发有望改善人类健康和疾病管理的下一代益生菌。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.174

引用量：3

10 PHGD：一个综合且用户友好的植物激素相关基因数据库

PHGD: An Integrative and User-friendly Database for Plant Hormone Related Genes

本文收集了模式植物拟南芥中所有已报道的激素相关基因，绘制了激素基因相互作用网络图，建立了PHGD平台网站（http://phgd.bio2db.com/），包括主页、浏览、搜索、资源、下载、工具、帮助和联系8个模块。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.164

引用量：2

11 最全可视化集合工具EVenn使用手册

Visualizing set relationships: EVenn's comprehensive approach to Venn diagrams

本文概述了EVenn的各种应用，包括韦恩图的代表性结果解读、数据中心管理数据，多个案例演示。通过这些功能，使EVenn成为一个用户友好的集合关系探索工具，为深入探索多组学数据提供强大的支持。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.184

引用量：2

12 丛枝菌根真菌桥接了根相关微生物群对侵蚀坡面多功能性的支持

Arbuscular mycorrhizal fungal interactions bridge the support of root-associated microbiota for slope multifunctionality in an erosion-prone ecosystem

本研究结果强调了以AM真菌为核心的刺槐根相关微生物群在侵蚀景观功能传递方面的关键作用，为易侵蚀地区退化生态系统的可持续恢复提供了宝贵的见解。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.187

引用量：2

13 工程口腔微生物在心血管疾病治疗中的应用与前景

Cardiovascular disease therapeutics via engineered oral microbiota: Applications and perspective

本文旨在讨论工程微生物在心血管疾病治疗中的应用，并在研究口腔微生物在心血管疾病中的作用和机制的基础上，探讨工程口腔微生物的潜力。

原文链接：

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/imt2.197

引用量：2

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期刊简介

“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百千华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！发行后相继被Google Scholar、ESCI、PubMed、DOAJ、Scopus等数据库收录！2024年6月获得首个影响因子23.7，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，同学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！

“iMetaOmics” 是“iMeta” 子刊，主编由中国科学院北京生命科学研究院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授担任，是定位IF>10的高水平综合期刊，欢迎投稿！

iMeta主页：

http://www.imeta.science

姊妹刊iMetaOmics主页：

http://www.imeta.science/imetaomics/

出版社iMeta主页：

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/2770596x

出版社iMetaOmics主页：

https://onlinelibrary.wiley.com/journal/29969514

iMeta投稿：

https://wiley.atyponrex.com/journal/IMT2

iMetaOmics投稿：

https://wiley.atyponrex.com/journal/IMO2

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