iMeta | 中科院免疫感染所高义舟等阐述胎粪中的细菌载量-CSDN博客

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胎粪中的细菌载量

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研究论文

● 原文链接DOI: https://doi.org/10.1002/imt2.173

● 2024年2月13日，中国科学院上海免疫与感染研究所高义舟团队在iMeta在线发表了题为 “Bacterial load in meconium” 的文章。

● 本研究使用内标质粒法对新生儿第一次黑色胎粪（以下简称胎粪）和开始变黄的婴儿粪便（以下简称粪便）进行16s扩增子测序，得出了其中细菌含量的相对定量和绝对定量的结果。

● 第一作者：金文煜、彭靖

● 通讯作者：高义舟（gaoyizhou@126.com；yzgao@siii.cas.cn）等

● 主要单位：中国科学院上海免疫与感染研究所微生物发育与健康研究中心、复旦大学附属妇产科医院等

亮点

● 使用内标质粒法对新生儿第一次黑色胎粪（以下简称胎粪）和开始变黄的婴儿粪便（以下简称粪便）进行16s扩增子测序，得出了其中细菌含量的相对定量和绝对定量的结果；

● 利用绝对定量数据，发现17份胎粪样本和17份粪便样本中细菌的丰度分别为1.14×10⁷ copies/g（CFU/g）和1.59×10⁹ copies/g（CFU/g）；

● 分娩方式可显著影响新生儿肠道细菌的变化和组成，这种影响在分娩后的72小时内就会显现。

视频解读

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Youtube：https://youtu.be/lZoR9iVKrLA

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全文解读

肠道内存在大量的细菌，据估计成人结肠中的细菌数量约有10¹¹ CFU/g。随着宏基因组学、代谢组学和其他组学技术的发展，对肠道微生物的组成和功能有了进一步的分析和认识。现有研究表明，肠道微生物群的代谢产物可能与多种疾病的发展有关。此外，婴儿肠道微生物在人类生长和发育中起着关键作用。研究人员认为，婴儿肠道微生物群与免疫系统的成熟，包括免疫相关疾病的发展之间存在着显著的关联。

众多研究认为，肠道微生物的组成在婴儿时期经历了最显著的变化，尤其是在出生后的1-3个月之间。肠道微生物在出生的第一年逐渐趋于内稳定，在大约5岁时成熟。在以往的研究中，产前的胎粪被证明是完全无菌的。本研究中的胎粪是指新生儿出生后第一次的排出粪便，形状不规则，颜色为近黑色。新生儿初次进食后，食物在婴儿的胃中约停留2-3小时，在小肠中约停留8-96小时，排出的胎粪颜色会逐渐变绿。经过四天进食后排出的粪便将变为黄色。已有研究表明已经证实，婴儿出生后的胎粪中存在细菌。目前，对于在出生后12小时内收集的胎粪到首次喂食后收集的粪便中微生物的含量如何变化尚不明确。

在本研究中，共有分别在2023年5月至2023年6月之间出生的17个新生儿（其中11个男性和6个女性）被纳入了研究队列。其中，10个是顺产分娩出生的，7个是通过剖腹产出生的。新生儿平均出生体重为3300.5 ± 476.2克，该17为新生儿对应的孕妇平均妊娠期为38.3 ± 1.5周，孕妇的平均年龄为32.2 ± 3.5岁。所有新生儿在出生后12小时内收集了胎粪样本。

通过在34个样本中提取DNA后添加内标质粒进行计算，实现了这些样本中细菌的绝对定量。在胎粪样本和粪便样本中中，细菌的平均丰度分别为1.14×10⁷CFU/g和1.59×10⁹CFU/g（图1A）。在胎粪样本中含量最多的15个属，同时也能在粪便样本中被发现，并且其中有14个属的绝对数量出现了显著的增加。然而，在粪便样本中最丰富的15个属中，只有五个在胎粪中被检测到的相对丰度大于0.05%。其中Collinsella、Serratia、Erysipelotrichaceae_UCG-003和Gemella的绝对丰度在胎粪中超过了1000 CFU/g。

进一步，这34个样本被分成了四组：顺产胎粪组、剖腹产胎粪组、顺产粪便组和剖腹产粪便组。绝对定量结果显示，新生儿的生产方式不会对胎粪或是粪便中微生物的绝对丰度产生显著影响（图1B）。

根据β多样性的分析结果，胎粪样品与粪便样品之间出现显著差异（图1C）。同时，在新生儿进食后，每个粪便样品在图上的距离显著增加（图1C），表明出生后72小时内，婴儿肠道微生物群的变化已经开始。根据分娩方式进行分组，胎粪和粪便均分为顺产组和剖腹产组。β多样性分析结果显示，胎粪的顺产组和剖腹产组之间没有显著差异（图1D）。然而，粪便的顺产组和剖腹产组之间却存在显著差异（p = 0.033）（图1D）。

在人类肠道中，Bacteroidetes、Proteobacteria、Actinobacteria和Firmicutes是四种最常见的细菌门类。在门水平上，顺产组的粪便主要由Proteobacteria（47.6%）、Actinobacteria（22.6%）、Firmicutes（20.6%）和Bacteroidetes（9.2%）组成，而剖腹产组的粪便主要由Firmicutes（58.2%）和Proteobacteria（40.6%）组成（图1E），表现出了极大的差别。

剖腹产组中门的数量从胎便到粪便出现了显著减少，并且某些门的绝对丰度也发生了下降，例如Bacteroidetes。另外一些门类，如Actinobacteria，虽然在剖腹产的粪便样本中所占比例不大，但其平均绝对数量从30506 CFU/g增加至7965106 CFU/g（图1E）。

在本研究中，我们采用了内标质粒法对胎粪和粪便样本进行相对定量和绝对定量分析。数据显示，粪便中的总细菌计数达到了较为可观的水平，与胎粪样本相比，新生儿肠道菌群在出生后72小时内发生了显著变化。先前也有以时间为轴纵向采样来检查婴儿肠道微生物的变化，但对12小时内胎粪这一特别重要的样本的缺乏定量分析。因此，本研究旨在填补这一空白。

我们观察到胎粪和粪便的β多样性上存在显著差异。每个胎粪样品在β多样性上表现出高度相似性，而在粪便样本中这种相似性显著降低。此外，根据分娩方式划分，我们发现胎粪的相似性不受分娩方式的影响，而顺产和剖腹产婴儿的粪便样本之间存在明显差异。

通过绝对定量方法，我们对胎粪和粪便样本的微生物组成以及顺产和剖腹产对婴儿肠道微生物群的影响有了更直观的理解。粪便中微生物的绝对丰度比胎粪高出近100倍。

在分娩方式加入考虑范围内后，发现分娩方式并不影响微生物的绝对丰度，却显著影响新生儿肠道微生物的组成。在出生后72小时内，通过阴道分娩（顺产）出生的新生儿的肠道微生物群与成人的结构更为相似，而剖腹产的婴儿则不同。在粪便样本中，顺产组中Actinobacteria和Bacteroidetes的比例和数量均远高于剖腹产出生的新生儿。此外，我们观察到，顺产婴儿肠道微生物群的变化更为稳定，所有常见门的丰度都有所增加。相比之下，剖腹产婴儿肠道微生物群的变化更为混乱，其中最丰富的门之一，Bacteroidetes的绝对数量甚至减少了。

胎儿出生前肠道内微生物的存在与否长期以来一直是一个备受争议的话题。Kennedy等对剖宫产婴儿的粪便样本进行了测试，并报告称在出生前不存在细菌。本研究报道了胎儿粪便微生物含量为（10⁶ -10⁷ CFU/g），是一个无菌和成人（10¹⁰-10¹¹ CFU/g）之间的中间状态。这一发现填补了人类肠道微生物群建立过程的重要空白。

图1. 胎粪和粪便的绝对丰度及PCoA分析

（A）胎粪和粪便的绝对丰度。（p = 0.002）（B）顺产组和剖腹产组中胎粪和粪便的绝对丰度。胎粪和粪便之间无显著差异。（C）胎便和粪便的PCoA分析（p = 0.001）。（D）顺产组和剖腹产组在胎便中的PCoA分析（左）（p = 0.258），顺产组和剖腹产组在粪便中的PCoA分析（右）。（p = 0.033）。（E）顺产组（左）和剖腹产组（右）中Bacteroidetes, Proteobacteria, Actinobacteria和Firmicutes绝对丰度和相对丰度的变化。

数据可用性

本研究中分析的所有数据均包含在此处及其补充材料中。补充材料（方法、图表、表格、脚本、图形摘要、幻灯片、视频和更新材料）均可在在线DOI或iMeta Science网站http://www.imeta.science/中找到。

引文格式：

Wen-Yu Jin, Jing Peng, Jinping Dai, Rongkang Tang, Jia-Xin Guo, Huan Zhao, Jielin Wang, Shu Zhang, Yi-Zhou Gao. 2024. Bacterial load in meconium. iMeta e173. https://doi.org/10.1002/imt2.173

作者简介

金文煜（第一作者）

● 中国科学院上海免疫与感染研究所生物与医药工程硕士。

● 目前研究方向为全细胞生物传感器的构建以及微生物组绝对定量研究方法的应用。

彭靖（第一作者）

● 复旦大学妇产科学博士，复旦大学附属妇产科医院主治医师。

● 主要研究方向为女性盆底功能障碍疾病的诊治，子宫内膜异位症的靶向显影。

高义舟（通讯作者）

● 中国科学院上海免疫与感染研究所微生物致病及共生分子机理课题组副研究员。

● 中国科学院青年促进会会员，研究领域主要涉及人体共生微生物、微生物代谢等，包括芳香族化合物的代谢途径研究，细菌代谢基因的进化及调控研究，遗传工程改造的发光细菌对环境变化响应研究（生物传感器）等。

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期刊简介

“iMeta” 是由威立、肠菌分会和本领域数百千华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授担任。目的是发表所有领域高影响力的研究、方法和综述，重点关注微生物组、生物信息、大数据和多组学等。目标是发表前10%(IF > 20)的高影响力论文。期刊特色包括视频投稿、可重复分析、图片打磨、青年编委、前3年免出版费、50万用户的社交媒体宣传等。2022年2月正式创刊发行！发行后相继被Google Scholar、ESCI、PubMed、DOAJ、Scopus等数据库收录！2024年6月获得首个影响因子23.7，位列全球SCI期刊前千分之五(107/21848)，微生物学科2/161，仅低于Nature Reviews，同学科研究类期刊全球第一，中国大陆11/514！

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