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转载 基因组的计算生物学 | October 21-25, 2024
◆◆冷泉港亚洲学术会议◆◆Computational Biology of the GenomeOctober 21-25, 2024Abstract deadline: September 6, 2024地点苏州工业园区独墅阁冷泉港亚洲学术中心会议将于2024年10月21日星期一晚7:00开始,10月25日星期五午餐后结束。会议将包括八场口头会议和一场海报会议,涵盖多个关于计算机生物学研究的最...
2024-09-06 21:01:25 109
转载 Nature:我国学者构建迄今最完整海洋微生物组数据库,助力新型CRISPR系统、塑料降解酶及抗菌肽开发...
2024年9月4日,华大生命科学研究院联合山东大学、英国东安格利亚大学、中国海洋大学、厦门大学、丹麦哥本哈根大学等机构,在国际顶尖学术期刊Nature上发表了题为:Global marine microbial diversity and its potential in bioprospecting的研究论文。该研究通过对目前已公开的海洋微生物宏基因组数据进行分析和深度挖掘,不仅构建了迄今...
2024-09-06 21:01:25 144
原创 Nature子刊:教你零基础开展微生物组数据分析和可视化
MicrobiomeAnalyst是一个方便易用的网页工具,是系统全面分析微生物组学数据的分析网站。目的是为未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据,包括数据预处理,统计分析,功能分析和与公开数据集或已知微生物特征进行比较。该平台目前包含标记基因数据分析 (Marker-gene Data Profiling ,MDP)、鸟枪数据分析 (Shotgun Data Profiling ,SDP)、公共数据投影 (Projection with Public Dat
2024-09-06 11:22:22 1297
原创 Nature子刊:教你零基础开展微生物组数据分析和可视化
MicrobiomeAnalyst是一个方便易用的网页工具,是系统全面分析微生物组学数据的分析网站。目的是为未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据,包括数据预处理,统计分析,功能分析和与公开数据集或已知微生物特征进行比较。该平台目前包含标记基因数据分析 (Marker-gene Data Profiling ,MDP)、鸟枪数据分析 (Shotgun Data Profiling ,SDP)、公共数据投影 (Projection with Public Dat
2024-09-06 11:21:38 1989
原创 Nature子刊:教你零基础开展微生物组数据分析和可视化
MicrobiomeAnalyst是一个方便易用的网页工具,是系统全面分析微生物组学数据的分析网站。目的是为未经生物信息学系统培训的研究人员和临床医生能参考目前主流分析方法轻松挖掘微生物组学数据,包括数据预处理,统计分析,功能分析和与公开数据集或已知微生物特征进行比较。该平台目前包含标记基因数据分析 (Marker-gene Data Profiling ,MDP)、鸟枪数据分析 (Shotgun Data Profiling ,SDP)、公共数据投影 (Projection with Public Dat
2024-09-06 10:56:23 1010
原创 Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及
但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情,如基因名字的转换。比如gene symbolsSEPT2(Septin 2)、MARCH1[Membrane-Associated Ring Finger (C3HC4) 1, E3 Ubiquitin Protein Ligase], Oct4 (Pou5f1) 会被转为2-Sep、1-Mar和4-Oct。
2024-09-06 10:53:32 621
转载 科研论文配图绘制指南 - 基于 R 语言
相信一定有好多同学在心中呐喊:我已经会R语言和统计了,我数据都准备好了,p值都显著了,我可就差漂亮的科研图表了,不想买一本R语言语法书看啊!很多时候我们都需要从头开始学这些。虽然我们有科研能力,但是市场上专门服务这个小类别的在《科研论文配图绘图指南——基于R语言》之前,似乎很少。所以今天看到这个就特别特别想把它分享给正在搞科研的你!▼点击下方,即可优惠购书Part.1开门见山,只讲你最关心的知识与...
2024-09-05 21:01:57 174
转载 iMeta期刊 第3卷第4期 在线正式发布
点击蓝字 关注我们iMeta期刊第3卷第4期 正式发布iMeta第3卷第4期封面:鸭肠道宏基因组鸭肠道宏基因组。封面图片的灵感来源于俗语“赶鸭子上架”。本研究由浙江省农业科学院肖英平研究员及其合作者首次构建了相对全面的鸭肠道微生物基因目录和宏基因组组装基因组。他们描述了与鸭肠道微生物群落相关特征,这些群落与鸭的肠道区域、发育时期和饲养条件有关。图中一部分展现了鸭饲养在干净整洁的笼子里,一部...
2024-09-05 21:01:57 108
转载 iMeta | 被引超4200次,发文210篇,平均引用20,百引耗时14天(2024/9/1)
iMeta 被引超4200次,发文210篇,平均引用20,百引耗时14天(2024/9/1)根据 Dimensions 网站统计,截止2024年9月1日,iMeta 己发表论文210篇,被引4201次,平均引用20,百引耗时14天!其中,2023年引用1620次。iMeta 从第一篇文章2022年2月21日上线,至2022年9月2日获得100+次引用,耗时193天;2022年10月26日被引200...
2024-09-05 21:01:57 80
原创 funkyheatmap |临床+组学+分组数据可视化“神器”,时髦的热图
今天介绍一个可视化展示方式,funkyheatmap-R包 , 可以为基准数据生成热图式可视化的函数,可以使用列和行的注释对其进行微调
2024-09-05 11:31:21 424
原创 吃多一时爽,吃少活更长!
衰老会导致人体多个组织的功能下降,并导致对各种慢性疾病的敏感性增加。与衰老相关的表型表现在生物、组织、细胞和分子水平上。衰老机制包括基因组不稳定、表观遗传学改变、细胞内通讯改变、慢性炎症增加、干细胞衰竭和衰老细胞积聚。衰老引起不同类型的细胞,组织和器官的不同反应,甚至在相同类型的细胞内也导致基因表达异质性增加。
2024-09-05 11:25:32 956
原创 基因组学中的深度学习
我们知道深度学习模型的一个问题是黑盒子效应——我们无法得知模型的具体训练细节以及中间特征参数的变化。这对于基因组学研究来说是不利的,这是因为组学研究最后的服务对象是我们人类自身的健康(特别是重大的健康问题),没有人真的愿意将重大的健康问题交给一个没人理解的黑盒子处理,所以我们还是有必要对深度学习模型的可解释性进行一定的研究。
2024-09-04 11:13:31 1644
原创 iMeta: 南医大余光创组ggtree最新文章-系统发育树存储与可视化的数据结构
该文章设计了ggtree对象用于存储系统发育树,相关数据以及可视化指令,提高了系统发育数据的可重复性与可重用性。
2024-09-04 11:09:40 1123
转载 Nat Commun | 赵玉成/薛佳宇/乔飞合作揭示了伞形科植物复杂香豆素生物合成途径及结构多样性的机制...
复合香豆素(CCs)是在伞形科植物中发现的特征性代谢产物,具有重要的药用价值。它们的基本功能可能是作为对抗病原体的保护剂和对环境刺激作出反应的调节剂。2024年8月10日,中国药科大学赵玉成,南京农业大学薛佳宇,中国热带农业科学院乔飞共同通讯在Nature Communications在线发表题为“The gradual establishment of complex coumarin bio...
2024-09-03 21:02:53 103
转载 第六届青年生命科学论坛 | 第二轮通知
2024年9月20-22日中国 · 长沙“青年生命科学论坛”是由中国科学院青年创新促进会生命科学分会发起,吸引来自中国科研院所、高等院校、医学院所等国内外生命科学研究单位众多青年学者参与的大型学术会议。论坛的宗旨为团结凝聚生命科学领域的青年科技工作者,弘扬科学精神,加强学术交流,促进学科交叉,致力于推进生命科学共同体的建设与发展。前五届青年生命科学论坛分别于乌鲁木齐(2019年)、武汉(2020年...
2024-09-03 21:02:53 134
原创 这个工具可以组合参数画出2种单细胞Marker显示图
然后做下旋转 (Box direction),再设置下单细胞特有的facet样式 (specify normal single cell expression profile facet styles)。关键参数都是跟输入数据有关,横轴是基因,纵轴是表达谱,按细胞簇进行分面 (facet),每面一个 (facet row)。想了下,免费在线绘图平台ImageGP应该可以绘制!再想一下应该可以调整参数画出跟示例图一致的布局,测试了下,效果如下,跟上面的不太一样。果然, 调整了下 类似的图就出来了!
2024-09-03 10:40:37 244
原创 最全植物基因组数据平台 IMP中文教程( 核基因组更新到 1000 个植物)
数据平台访问地址https://www.bic.ac.cn/IMP/。首页采用平面组合布局,分为导航、网站描述、统计信息和功能展示 4 个部分。Logo 设计体现药物特色,药葫芦+DNA双螺旋体现药用植物分子信息,辅以祥云标识,展示中国特色;轮播图和文字描述网站特色;首页的搜索为全局检索,用户输入基因名字、通路信息或任意基因功能相关单词即可搜索目标基因,开启网站的探索之旅;右侧 2 个视频图标可以跳转当前页面可用功能的具体描述:国内跳转 B 站,国外跳转 YouTube 平台。
2024-09-03 10:39:14 951
转载 GPT-4无师自通预测蛋白质结构登Nature子刊!LLM全面进军生物学,AlphaFold被「偷家」?...
新智元报道编辑:乔杨【新智元导读】距离GPT-4首次发布已经过去了将近一年半的时间,Nature最近发表的一篇报告却探索出了这个「过气」模型的新用途——氨基酸和蛋白质的结构建模。提到AI4Science, 尤其是AI在生物学领域的应用,DeepMind的AlphaFold已经成为了「出圈」的代表作,是生物学和计算交叉融合的里程碑。2020年底,第一代AlphaFold就已经能以原子级别的精...
2024-09-02 21:01:09 114
原创 基于 R 语言的深度学习——简单回归案例
近年来深度学习在人工智能领域飞速发展,各行业的学者、研究人员纷纷涌入研究热潮。本文将从 R 语言角度来介绍深度学习并解决以下几个问题:什么是深度学习?相关深度学习包有哪些?如何配置工作环境?如何使用神经网络建立模型?;。
2024-09-02 16:43:35 1244
转载 985研究生都在用的论文配图法,后悔没早看
凌晨四点,终于交了论文。囫囵一觉醒来,打开手机就看到了导师简单的评注:“论文不错,图表重做。”好消息:论文过了。坏消息:论文没有全过......毕业证离自己可能就差这么几张图,可这不就是几个统计图表嘛,配图难在哪里??打开互联网,随便一搜,立刻就被前人总结的小坑大坑超大坑淹没:1. 图表有基本错误,横轴纵轴不清晰,标示缺损2.图表数量太少,不能多角度展示数据特点3.图表种类单一,图像语言不够丰...
2024-09-01 00:03:05 91
转载 解锁R语言绘图魅力,通晓数据可视化之道
【科研新风尚,R语言绘图新篇章】在这个数据驱动的时代,科研成果的可视化展示已成为学术交流的重要窗口《R语言科研绘图与学术图表绘制从入门到精通》为科研工作者们送上了一把解锁视觉表达新境界的钥匙!【热点融合,技能升级】随着大数据、人工智能等前沿科技的飞速发展,高质量的科研图表成为衡量研究成果直观性与影响力的关键。本书紧跟时代步伐,不仅深入浅出地讲解了R语言在数据处理、图形绘制方面的强大功能,还紧密结合...
2024-08-30 21:02:05 23446
原创 ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)
作者:严涛浙江大学作物遗传育种在读研究生(生物信息学方向)伪码农,R语言爱好者,爱开源
2024-08-30 11:43:55 1694
原创 Genome Alert!:临床常规基因组变异重新解释和自动化基因-表型再评估的标准化程序
针对不同的临床适应症,基因检测越来越多地被纳入医疗保健途径。一些国家已经发展了人口基因组学的组织,这些组织正在革新医疗实践。然而,由于分析时基因组和医学知识的局限性,这些一部分基因组分析仍然没有结论。美国医学遗传学与基因组学学会/分子病理学协会(ACMG/AMP)关于变异分类的建议旨在在医学解释的背景下,使基因组中心的变异解释实践标准化。最近,已经发布了根据这些建议自动分类基因组变异的工具。与此同时,不断发展的医学知识和临床基因组测序的迅速采用影响了标准实践,并创造了额外的需求。该领域当前的
2024-08-30 11:14:30 1051
转载 祖先序列重构拓展三萜2"-O-糖基化酶底物谱| 清华大学李春联合北理工冯旭东最新ANGEW...
1. 论文的研究目标和意义本论文在2024年8月22日在线发表于ANGEW。旨在开发高效的生物催化剂,用于合成带有线性三糖的三萜皂苷。三萜皂苷是一类重要的植物天然产物,在医药和农业领域有广泛应用。然而,由于其疏水的碳骨架,三萜皂苷的水溶性较差,限制了其生物利用度和临床应用。糖基化修饰,尤其是三糖修饰,可显著提高其水溶性和药理活性。Glycosylation is a crucial method ...
2024-08-29 21:01:54 288
转载 里程碑!数据分享全球,主权留在国内,中医证候研究数据采集模块在CNCB-NGDC平台成功上线...
质量是中药研究的核心问题,回答“质量是什么?”、解析“质量是如何形成的”,需要以临床需求为导向。生命组学数据作为现代生物学研究的核心,为“用现代科学解读中医药学原理”提供了坚实的基础,其不仅是中医药各学科研究不可或缺的工具,更是推动中医药领域不断创新发展的重要动力。近日,在国家基因组科学数据中心NGDC-中医药分中心(依托单位为中国中医科学院医学实验中心)推动下,在NGDC组学原始数据归档库GSA...
2024-08-29 21:01:54 227
原创 典型医学设计实验GEO数据分析 (step-by-step) - Limma差异分析、火山图、功能富集
为了分析发炎和未发炎组织的差异表达,我们需要构建一个线性模型。线性模式是实验数据分析的常用方法,适用于几乎任何复杂的实验设计。
2024-08-29 17:23:28 1196
原创 单细胞测序做到啥程度能毕业|博士篇
来具体看一下内容,值得注意的是,这是一篇以数据分析为主的论文。不仅是上皮细胞,作者将内皮细胞分为了两个亚群:肿瘤内皮细胞(TEC)和正常内皮细胞(NEC),通过差异分析及火山图可视化发现肿瘤内皮细胞中上调的基因主要与细胞外基质重塑、血管生成、脉管系统生成、肿瘤侵袭、细胞粘附等过程相关(emm,也许这里少一个。除了这两篇之外我还读了一篇博士论文,该论文的篇幅也在一百页左右,主要内容是20只不同分组的模式动物的单细胞测序分析,并且没有实验验证内容(包含一些临床样本的免疫荧光验证)。正常活化成纤维细胞,NAF;
2024-08-29 17:21:11 1336
原创 对一篇单细胞RNA综述的评述:细胞和基因质控参数的选择
在本篇综述中,作者讨论了这些新技术的基本原理,重点强调单细胞转录组分析中的重要概念。具体地说就是总结了单细胞过滤的质控方法、由于mRNA捕获率低需要进行的标准化和归一化方法和用于降维数据绘制二维图的聚类和可视化的算法。
2024-08-28 16:06:41 1319
转载 共探生物信息学前沿科技——中国生物信息学学会(筹)多组学与整合生物学专委会2024年会盛大召开...
2024年8月18日,重庆市迎来了生物信息学领域的一场学术盛宴——中国生物信息学学会(筹)多组学与整合生物学专委会2024年会。本次会议由重庆市生物信息学会承办,旨在汇聚国内外顶尖的生物信息学专家、学者及行业精英,共同探讨生物信息学在医药健康领域的最新进展与未来趋势,进一步推动生物信息学技术的创新与应用。会议吸引了来自中国科学院、清华大学、天津医科大学、同济大学、南京医科大学、山东大学齐鲁医院、中...
2024-08-28 12:02:49 59
转载 无限免费使用,强烈建议所有科研人都安装!!
2024年,AI进一步爆发各种各样的AI工具也汹涌而至!用AI翻译论文、分析Excel、自动搭建模型……科研人的焦虑瞬间被点燃!AI抢走人的饭碗,连招呼都不打事实上……第一波会用AI做科研的人,早就碾压同龄人了!为了帮助各位科研人抓住AI风口,增加竞争力????知乎知学堂特发起:行业前沿资源——AI智能办公训练营掌握20+AI工具,让科研&工作效率飞速提升!已为本号粉丝开通免费领取权限,预计...
2024-08-28 12:02:49 50
转载 iMetaOmics主编于君教授位列“2024年中国最佳女科学家排名”第一
iMetaOmics主编于君教授位列“2024年中国最佳女科学家排名”第一同时位列Research.com发布“2024年世界最佳女科学家排名”第96位。近日,Research.com发布的第三版世界顶级女科学家年度排名,热心肠智库专家、香港中文大学于君教授位居“2024年中国最佳女科学家排名”第1位、“2024年世界最佳女科学家排名”第96位。Research.com是科学排名的头号研究门户网站...
2024-08-27 21:00:43 40
转载 视频回放 | 陈哲生-怎么写一篇高影响力的综述
iMeta讲座十How to write an impactful review acticle?怎么写一篇高影响力的综述更多推荐(▼ 点击跳转)高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 引用7000+,海普洛斯陈实富发布新版fastp,更快更好地处理FASTQ数据高引文章 ▸▸▸▸iMeta | 德国国家肿瘤中心顾祖光发表复杂热图(ComplexHeatmap)可视化方法高引文章▸▸▸▸iMeta | ...
2024-08-27 21:00:43 49
原创 十年之后,又见刘江
乘电梯登上中国科学院北京基因组研究所的大楼,穿过大厅最中央宽敞的研究生办公区域,便可以径直来到与之相通的中国科学院大学博士生导师、中国科学院北京基因组研究所研究员刘江的办公室。
2024-08-27 13:58:11 521
原创 多图示例:如何呈现论文结果中的各种图表
本文根据《Journal of the American College of Cardiology》上曾发表的一篇文章《Making Sense of Statistics in Clinical Trial Reports》,来全面而具体地说明临床试验论文中,各种类型数据与结果使用图表的正确展示方法。
2024-08-27 13:55:35 832
原创 Matter主编社论:当编辑1万小时后,我有以下10点想说 | Cell Press论文速递
通过投入时间、学习材料、完成作业、参加考试、撰写论文,你就会成为真正意义上的“专家”。我也经历了长达10多年的艰辛和挑战,这一过程“吞噬”了我的20多岁的青春年华。
2024-08-27 13:54:11 461
原创 Nucleic Acids Res | 陈润生/何顺民团队发表非编码RNA相互作用数据库NPInter v5.0
研究团队对非编码RNA分子多维度的相互作用以及相关分子进行了详细的注释以及可视化,提供了一个全面、系统的非编码RNA相互作用的研究平台。
2024-08-27 13:52:26 837
转载 Nature Commun | 海南大学/崖州湾国家实验室罗杰团队揭示脂肪酸代谢基因簇对水稻产量的调控机制...
责编 | 王一植物代谢物可分为初生代谢物和次生代谢物两大类,初生代谢物为植物生长发育所必需,而次生代谢物则主要参与植物逆境响应。在植物基因组中,代谢基因簇由至少三个基因编码的不同酶组成,这些酶参与控制代谢物积累的同一代谢途径。大多数报道的代谢基因簇是合成次生代谢物,参与植物生长发育中的初生代谢基因簇尚未被报道。近日,海南大学/崖州湾国家实验室罗杰团队在Nature Communications上在...
2024-08-26 21:02:37 18
转载 Plant Journal | 中国药科大学秦民坚/赵玉成团队解密植物C-苷黄酮地上部分特异性累积的生物学效应...
黄酮C-苷是黄酮苷类化合物主要存在的形式之一,其结构特征是糖通过C-C键直接连接到黄酮骨架上。相对于黄酮O-苷,其结构更稳定,不易被酸水解,并具备独特的药用特性和植物生理功能。据报道,黄酮C-苷的糖基化主要发生在类黄酮骨架的C6和/或C8位置,其中牡荆素、异牡荆素及其衍生物是分布最广的黄酮C-糖苷类化合物。目前,已从69个科300种植物中分离和鉴定了754种黄酮C-糖苷及其衍生物,并发现它...
2024-08-25 21:00:23 38
Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
空空如也
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