2017年09月_生信宝典

12月 11月 10月 09月 08月 07月 06月

原创显示服务器配置信息

公众微信号：http://blog.genesino.com 学习Linux命令，我们需要有一台Linux服务器。有了服务器，就想看看它的性能怎样。翻出自己较早前写的一个脚本，一键查看系统大部分参数。This is an old script used to display the hardware information of a server. Generated infos include

2017-09-21 09:55:18 817

微信公众号：http://blog.genesino.comGeneOntology富集分析是是高通量数据分析的标配，不管是转录组、甲基化、ChIP-seq还是重测序，都会用到对一个或多个集合的基因进行功能富集分析。分析结果可以指示这个集合的基因具有什么样的功能偏好性，进而据此判断相应的生物学意义。GOEAST，去东方今天向大家推荐一款，中科院遗传所王秀杰老师组2008年发表的在线工具GOEAST，

2017-09-20 15:19:19 11706

原创 R语言学习 - 非参数法生存分析

微信公众号：http://blog.genesino.com 生存分析指根据试验或调查得到的数据对生物或人的生存时间进行分析和推断，研究生存时间和结局与众多影响因素间关系及其程度大小的方法，也称生存率分析或存活率分析。常用于肿瘤等疾病的标志物筛选、疗效及预后的考核。简单地说，比较两组或多组人群随着时间的延续，存活个体的比例变化趋势。活着的个体越少的组危险性越大，对应的基因对疾病影响越大，对应的药物

2017-09-20 15:14:47 3987 1

原创生信宝典视频教程

微信公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/C4EBufEtFF6bhBKrH8NXng生信宝典自开通以来，就致力于写最简单的文字教程，最直观整洁的排版方式，力求提供舒适的阅读体验，力求保证认真看完就可以操作。系列教程，最好从头开始看。从朋友们的关注量、阅读量来看，在一定程度上我们的努力是有效果的。我们秉承在友军公众号可以看到的知识点，如果我们觉得没有需要补充完善的或者写不出新

2017-09-20 14:51:44 2797 1

原创无参转录组工具评估和流程展示

微信公众号：https://mp.weixin.qq.com/s/4HANWJY4oL7jGziroHfEpQ无参转录组分析工具评估研究人和小鼠类似的基因组注释比较完善的物种，是比较舒服的。想用什么数据，就可以找到什么数据。不过更多的物种是没有基因组数据或基因组注释不完整的，这时想获得基因的序列，做差异基因的分析时，相比于花大价钱测基因组，测不同组织或处理条件下的转录组是一个物美价廉的选择。既可以获

2017-09-20 14:49:34 10411

原创 R 学习 - 图形设置中英字体

微信公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/NAwyvtTS7t5rRU7KKBwHTA绘制生信宝典调查总结文中的柱状图时，出现了中文乱码，就搜索了下解决方案，记录如下。修改图形的字体ggplot2中修改图形字体。# 修改坐标轴和legend、标题的字体theme(text=element_text(family="Arial"))# 或者theme_bw(base_fam

2017-09-20 14:04:05 10682 1

原创参考文献中杂志名字格式混乱问题一次解决

微信公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/Diwevx-TVe0Vq_rdgzIkrw问题来源这个问题最初是在实验室的老人们毕业时出现的，毕业论文写好了，交到导师那，被打回来，杂志名字的缩写不统一，有简写，有全称，简写有的加点了，有的没加。然后就是一顿核对、修改，怪自己太相信Endnote了。老人们毕业了后，千叮咛，万嘱咐，这个一定要注意，改着累眼。后来在看合作者的文章时，也确

2017-09-20 13:36:42 5291

原创又双叒叕一个软件安装方法

微信公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/A4_j8ZbyprMr1TT_wgisQQConda包管理系统Conda是一种通用包管理系统，旨在构建和管理任何语言的任何类型的软件。通常与Anaconda (集成了更多软件包，https://www.anaconda.com/download/#download)和Miniconda(只包含基本功能软件包, https://cond

2017-09-20 13:09:42 2095

原创文章用图的修改和排版（一）

微信公众号：http://mp.weixin.qq.com/s/IJNyhinakY0lSXgCN7b9ug author: ct layout: post categories: - Bioinfo tags: - Bioinfo一年一度的教师节到了，首选祝愿各位老师节日快乐。在科研领域，对老师最好的献礼就是就是不辜负老师的教诲，做出好的科研工作，获得有价值的科研成果。成果发表是科

2017-09-20 12:00:30 888

Masterminds of programming

　　Description 　　 Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed. 　　Full Description 　　Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with: 　　* Adin D. Falkoff: APL 　　* Thomas E. Kurtz: BASIC 　　* Charles H. Moore: FORTH 　　* Robin Milner: ML 　　* Donald D. Chamberlin: SQL 　　* Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK 　　* Charles Geschke and John Warnock: PostScript 　　* Bjarne Stroustrup: C++ 　　* Bertrand Meyer: Eiffel 　　* Brad Cox and Tom Love: Objective-C 　　* Larry Wall: Perl 　　* Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell 　　* Guido van Rossum: Python 　　* Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua 　　* James Gosling: Java 　　* Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML 　　* Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C# 　　If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.　　

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者：Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期：2009年4月出版社：O'Reilly 页数：433 ISBN：978-7-80205-738-8 文件格式：PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题，例如并发或数据备份，然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具，并用来解决一系列范围很广的问题。本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码，还可以用来运行书中的实例，包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。通过这本书，你将发现Python是怎样帮助你： * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互通过本书及其辅助虚拟机，你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件，以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手，不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理由给出支持材料，并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同，本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris，Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师，同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）

gvim常用插件及其配置文件支持c，perl，python，latex。需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作！

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python，简明教程！

2009-09-26

空空如也

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