2017年12月_生信宝典

12月 11月 10月 09月 08月 07月 06月

原创 Jupyter notebook使用

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/12/jupyter/ Jupyter notebook (Ipython notebook)是集代码、结果、文档三位一体的文学化可重复程序文档。支持40多种程序语言，Python为原生语言。如果安装了Anaconda，就会自动包含。Anaconda的安装见之前的文档Linux学习 - Conda软件安装方法](http

2017-12-26 17:59:24 363

原创一个月学会Python的Quora指南和资料放送

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/12/python-quora/ 如何一个月学会使用Python文章翻译自Quora上的回帖，略有改动。原文链接：https://www.quora.com/What-are-the-best-tips-for-learning-Python-within-one-month第1周谷歌搜索“Python programm

2017-12-26 17:55:24 1339

原创 Python学习之路和隐藏特征

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/vDAHTitasAUphWsrS2Uzlg 针对生信领域的零基础爱好者及生信分析中遇到的种种问题,生信领域知名公众号“生信宝典”团队组织了中科院系统项目经验丰富的一线科研人员开展系列培训活动。在小学生都学Python了，你还不知道怎么开始文中介绍了Python的应用广泛，功能强大，提供了Python的在线学习视频和资

2017-12-26 17:43:51 571

原创小学生都学Python了，你还不知道怎么开始

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/1JlAROpOCBwaG574EwvkVw 最近Python又火了一把，一是我大山东省小学六年级的教材中加入了Python的内容;二是从2018年起，Python也将成为浙江高考的内容之一；三是计算机二级考试加入了Python科目。早先常常看到新闻，国外4-5岁的小孩开发APP，给MM开发游戏之类的。可以看到，国外对

2017-12-26 17:38:14 748

原创基因共表达聚类分析及可视化

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/11/gene-cluster/ 共表达基因的寻找是转录组分析的一个部分，样品多可以使用WGCNA，样品少可直接通过聚类分析如K-means、K-medoids (比K-means更稳定)或Hcluster或设定pearson correlation阈值来选择共表达基因。下面将实战演示K-means、K-medoids聚

2017-12-26 17:35:10 16775

原创 Record of circos usage

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/4mWms-r5kg8kN7kJ60zZDQ 昨天的维密大会, 奚梦瑶不慎摔倒，但之后继续坚持完成了走秀。这一敬业精神和专业素养，给维密带来更多正能量, 也在一定程度上挽救了30万的天价门票。T台艰辛，学习之路也艰辛。每个成功的背后，都有无数的汗水和泪水。每一个努力做事的人都值得我们去尊敬。生信宝典致力于从不同角度出发

2017-12-26 17:15:21 181

原创易生信转录组培训第一期总结

欢迎关注天下博客：http://blog.genesino.com/2017/11/transcriptome-training-summary/ 易生信九天的转录组分析培训班第一期伴随着5个小时的考试在紧张中结束了。说是培训，倒不如研讨更确切些。在一个个问题的交流中学会转录组分析，效果远大于一人讲，自己练。先分享两张现场的照片前两天以集中讲练为主，在讲述了原理后，进行上机操作。大部分学员有一定的

2017-12-26 17:12:30 479

原创高颜值生物医学在线画图工具

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/Ld2dNcaWR-jIzolHw_tkHA 十一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还

2017-12-26 17:01:54 7743

原创 Record of circos usage

欢迎关注微信公众号生信宝典：http://mp.weixin.qq.com/s/2E1Y5-cEdptkQGVm0bxKbQ Circos是绘制圈图的神器，在http://circos.ca/images/页面有很多CIRCOS可视化的示例。Circos可以在线使用，在线使用时是把表格转为圈图，不过只允许最大75行和75列；做一些简单的示意图会比较好，最后时会介绍下在线的tableviewer的使

2017-12-26 16:57:24 970

原创 bash 字符串处理

欢迎关注微信公众号生信宝典：https://mp.weixin.qq.com/s/lWNp_6W_jLiogmtlk9nO2A 本篇是我最开始学习Linux命令时看的一篇帖子，最早见于ChinaUnix (这次查找其出处时发现2002年就有这篇)。学习过程中，转载到我的博客，遇到问题就查一下。这次看到，把格式整理了，部分内容做了校对，增加了解释和示例，分享于此，也是对之前16篇Linux入门和生物

2017-12-26 16:52:59 805

原创小学生都学Python了，你还不知道怎么开始

最近Python又火了一把，一是我大山东省小学六年级的教材中加入了Python的内容;二是从2018年起，Python也将成为浙江高考的内容之一；三是计算机二级考试加入了Python科目。早先常常看到新闻，国外4-5岁的小孩开发APP，给MM开发游戏之类的。可以看到，国外对小孩编程的教育还是比较早的，通常也会使用python来编程，因为它简洁易用。亚马逊上早早的就有了Python for kids和

2017-12-15 20:45:39 13380 1

原创高颜值生物信息在线绘图工具

一之前，出了一期画图专辑：好色之旅-画图三字经简洁明快地总结了生信宝典推出的一系列画图相关文章，包括多种形式的热图、线图、柱状图、箱线图、泡泡图、韦恩图、进化树、火山图、生存分析等(点上面的链接还有美女相赠)，这些都是基于R代码或简便封装的R脚本，便于学习和使用。另外还有Cytoscape和其它作图工具以及图形排版的介绍，是在家作图、出门收藏的必备良品。代码很简单，封装很方便，但在使用时还是有不少朋

2017-12-15 20:44:37 4346

转载程序员小抄（转载自酷壳，一个专注技术的博客）

你是否会经常忘记一些CSS中的函数名或是一些属性名，那个时候，你一定觉得，如果手边有一个“小抄”（Cheat Sheet）就好了。当然，这个“小抄”不是给你作弊用的，这个“小纸条”就是可以让你马上知道那个你最想知道的东西。这个“小抄”上也不需要有所有的东西，就需要那些经常用的就行了。现在，网上有很多这样的“小抄”，它们可能是PDF格式的，可能是PNG格式的，你可以很方便地把其打印出来（可以打印得很

2017-12-12 15:58:43 721

Masterminds of programming

　　Description 　　 Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed. 　　Full Description 　　Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with: 　　* Adin D. Falkoff: APL 　　* Thomas E. Kurtz: BASIC 　　* Charles H. Moore: FORTH 　　* Robin Milner: ML 　　* Donald D. Chamberlin: SQL 　　* Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK 　　* Charles Geschke and John Warnock: PostScript 　　* Bjarne Stroustrup: C++ 　　* Bertrand Meyer: Eiffel 　　* Brad Cox and Tom Love: Objective-C 　　* Larry Wall: Perl 　　* Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell 　　* Guido van Rossum: Python 　　* Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua 　　* James Gosling: Java 　　* Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML 　　* Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C# 　　If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.　　

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者：Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期：2009年4月出版社：O'Reilly 页数：433 ISBN：978-7-80205-738-8 文件格式：PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题，例如并发或数据备份，然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具，并用来解决一系列范围很广的问题。本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码，还可以用来运行书中的实例，包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。通过这本书，你将发现Python是怎样帮助你： * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互通过本书及其辅助虚拟机，你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件，以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手，不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理由给出支持材料，并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同，本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris，Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师，同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）

gvim常用插件及其配置文件支持c，perl，python，latex。需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作！

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python，简明教程！

2009-09-26

空空如也

TA创建的收藏夹 TA关注的收藏夹

TA关注的人