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原创 Excel改变了你的基因名,30% 相关Nature文章受影响,NCBI也受波及

EXCEL是常用的查看表格的工具,提供了很好的数据筛选、绘图等功能,不少基因表达数据也会在EXCEL中打开查看、筛选和排序。还有 3 个超赞的 EXCEL 插件,让你 5 分钟从小白变大神。但是EXCEL也会出现比较尴尬的事情,如基因名字的转换。比如gene symbols SEPT2 (Septin 2)、MARCH1 [Membrane-Associated Ring Finger (C3H...

2018-10-25 11:19:22 1098

原创 “不务正业”的化学奖又发给了生物

斯德哥尔摩时间10月3日11时45分(北京时间10月3日17时45分),2018年诺贝尔化学奖揭晓。Frances H. Arnoid因研究酶的定向功能改造而分享一半奖金;George P. Smith 和Sir Gregory P. Winter****噬菌体展示技术基于的抗体改进而共享另一半奖金。从1901年至2018年的诺贝尔化学奖历年获奖数据概览见下图所示,绘制方法见:networ...

2018-10-25 11:12:55 453

原创 2018美日科学家因免疫治疗得诺贝尔生理医学奖|动图展示历年生理学奖

斯德哥尔摩时间10月1日11时30分(北京时间10月1日17时30分),2018年诺贝尔生理或医学奖揭晓。James P. Allison和Tasuku Honjo两人因在抑制免疫调节机制的研究中发现了新癌症疗法而获奖。James P. Allison是MD安德森免疫学主任,主要贡献是提出immune checkpoint概念和CLA-4抗体增强免疫抑制肿瘤;Tasuku Honjo发现T-...

2018-10-25 11:11:26 91232

原创 Graphpad,经典绘图工具初学初探

大多数科研文章都离不开图表,尤其是图,熟悉一些绘图软件,并将图在文章和PPT中展示出来,是科研训练的重要内容。漂亮的文章配图能给自己的工作加不少分,但是多数科研者只会使用Excel作图,反复修改也没法达到预期的效果。Graphpad , Origin和SigmaPlot是科研领常用的三款统计作图软件,他们各有优缺点,经常需要配合使用。今天给大家介绍的是Paragraph的基本使用方法了解gra...

2018-10-25 10:30:41 16086

原创 加拿大生信开源学习资源Bioinformatics.ca

之前给大家推荐过教育部首批490门“国家精品在线开放课程”,里面很多跟生物相关的免费经典课程。除了国内这些开放的学习资源外,还有许多国外的免费资源,今天给大家推荐的是 加拿大安大略癌症研究所(Ontario Institute for Cancer Research) 推出的各种生信课程。该机构每年都会举办数场生物信息学研讨会(CBW),并共享其课件与视频,每一份都是沉甸甸的财富,真业内良心!!!...

2018-10-25 10:23:16 657

如何快准狠地找到相关领域的经典文献?

大多做科研的童鞋们大概都会遇到一个头疼的问题:怎么找文献?如何保证找到的文献都是相关领域的经典文献?本文教你如何根据H5指数查找相关领域的高精尖经典文献。首先来了解一下什么是H指数、H5和H5中位数?H指数(H-index):于2005年由美国加州大学学圣迭哥分校物理学家 Hirsch 教授提出,用于评价个人学术影响。Hirsch将该指数定义为:若某位科学家的Np篇论文中有h篇论文每一篇...

2018-10-13 13:34:55 5987

原创 没钱买KEGG怎么办?REACTOME开源通路更强大

之前搜集免费生物AI插图时简单提到了通路数据库Reactome(https://reactome.org/), 那些精美的生物插图只能算是该数据库附赠的小礼品,他的主要功能还是作为一个开源的通路数据库,为相关领域的研究者提供直观的可视化生物信息学工具。在一定程度上,可以替代收费的KEGG数据库,而且拓展出很多新的通路。目前该库覆盖了19个物种的通路研究,包括经典的代谢通路、信号转导、基因转录调控...

2018-10-02 21:02:13 9257

Masterminds of programming

  Description    Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed.   Full Description   Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with:   * Adin D. Falkoff: APL   * Thomas E. Kurtz: BASIC   * Charles H. Moore: FORTH   * Robin Milner: ML   * Donald D. Chamberlin: SQL   * Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK   * Charles Geschke and John Warnock: PostScript   * Bjarne Stroustrup: C++   * Bertrand Meyer: Eiffel   * Brad Cox and Tom Love: Objective-C   * Larry Wall: Perl   * Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell   * Guido van Rossum: Python   * Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua   * James Gosling: Java   * Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML   * Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C#   If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.  

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者:Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期:2009年4月 出版社:O'Reilly 页数:433 ISBN:978-7-80205-738-8 文件格式:PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中 的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题,例如并发或数据备份,然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具,并用来解决一系列范围很广的问题。 本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码,还可以用来运行书中的实例,包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。 通过这本书,你将发现Python是怎样帮助你: * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互 通过本书及其辅助虚拟机,你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件,以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手,不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理 由给出支持材料,并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同,本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris,Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师,同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)

gvim常用插件及其配置文件 支持c,perl,python,latex。 需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作!

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python,简明教程!

2009-09-26

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