2021年03月_生信宝典

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转载莫烦Python机器学习

92年湖南沫凡小哥把自己的自学体会和感悟总结成了一系列的视频，无偿分享给大家，只看下面这些精美的图片就让人忍不住去学习下背后更强大的知识了。希望大家多多支持小哥创作。点击链接https:...

2021-03-31 22:03:00 1661

转载导师没项目怎么办？不如看看这些

导师手头没项目怎么办？每天只能看文献怎么办？不如看看下面的优质公众号掌握最新的研究热点、研究进展、研究技术sciSpread推荐理由：1、公众号后台输入期刊名，即可查询期刊即时影响因子2....

2021-03-31 22:03:00 824

原创 R语言进行TCGA配对样本差异基因分析

之前的一个推文是从UCSCXENA获取TCGA的表达和表型数据，然后利用代码对表达数据进行了ID注释，以及mRNA、lncRNA和miRNA的区分筛选，最后将患者ID和临床信息进行配比，...

2021-03-30 22:19:00 19305 6

转载 Nature公开1300多篇论文工厂论文的期刊分布，这个杂志高居榜首

关键词：Nature；论文工厂；期刊分布本周，Nature杂志公布了从2020年1月到2021年3月涉嫌论文工厂发表的期刊统计表，列出了1,300多篇论文的分布。这些涉嫌论文工厂的文章目录...

2021-03-30 22:19:00 331

转载好导师、选好题、保持创新；然后坚定地执行： SCI论文是一切

如果有人问你，你努力学习与工作的目的是什么？不同人会有不同回答。我的回答是：为了有更多选择权。正如学长Dr. 王，他选择了校花，选择了直接去做副教授；也可以选择留更多时间陪孩子们。而这一切...

2021-03-30 22:19:00 167

转载使用ComplexHeatmap绘制3D热图

起因ComplexHeatmap包有一个densityHeatmap()函数用来对一组分布进行可视化。例如下面的例子：library(ComplexHeatmap)set.seed(12...

2021-03-29 22:28:00 2721

转载施一公点赞的高颜值蛋白质！

1神经营养素-神经生长因子(NGF)。这个分子看起来很像一件漂亮的衣服，或者是一个仙女。2大麦蛋白酶抑制剂CI-2。非常简洁与优雅。37-叶螺旋桨折叠，在神经氨酸酶中发现，神经氨酸酶是流感...

2021-03-29 22:28:00 333

转载 ETE - 在线可视化进化树和多序列比对

http://etetoolkit.org/treeview/

2021-03-28 21:26:00 1350

转载它卧底多年，只为这一刻给癌症撑腰？柳叶刀预测80年后，中国人口减半为7亿...

1壹1是你把癌细胞引到这来的？今日《细胞》策反“内奸”，成功预防癌症转移！通常髓细胞会分泌IL-12激活免疫系统来对抗癌症，但是在肺部，髓细胞被策反，不仅不分泌IL-12，反而分泌抑制免疫...

2021-03-27 20:06:00 286

转载精选| 2021年2月R新包推荐(第51期）

译：黄小伟，资深大数据分析从业者。目前就职杭州有赞数据分析团队!知乎专栏：中国R语言社区、R语言中文社区｜25,000+关注知乎圈子：数据分析圈｜11,000+加入2021年2月，243...

2021-03-27 20:06:00 520

转载不怕贼偷，就怕贼惦记！

传说有个R，R里有个包，包的名字叫praise，会一直不停地夸赞你。> praise()[1] "You are sensational!"> praise...

2021-03-26 22:02:00 220

转载被引10万次：21世纪高被引论文Top 10

21世纪是生命科学的世纪。人类基因组DNA测序计划的完成，RNA干扰技术、干细胞技术、CRISPR/Cas9基因编辑技术等一系列重大生物技术的诞生，极大推动了生命科学的发展，为保障人类健康...

2021-03-26 22:02:00 479

转载图示不写程序如何根据dbSNP rs号批量获取基因组坐标、相关基因和表型影响

最近有个项目希望更新rs号的坐标到hg38的组装，不想下载全部dbSNP的数据，就通过ENSEMBL的Biomart做一下提取和转换。截图操作如下：首先打开网址：http://asia.e...

2021-03-24 22:00:00 1712

原创如何判断一个点是否落在一个平面内

最近有个朋友问起的一个问题，给定一个荷质比和保留时间构成的平面，想看下哪些化合物落在这个平面里面。假如有下面一个平面，哪些点在平面里？哪些点在平面外？怎么判断呢？最简单的方法是目测！如果采...

2021-03-23 15:00:00 12043

转载牛牛牛！干翻Sci-hub!

2015年10月，纽约地区法院下禁令要求scihub停止运营。2017年6月21日，美国纽约地区法院宣判，Sci-Hub须向爱思唯尔赔偿高达1500万美元的著作权损失费。2020年12月2...

2021-03-22 23:50:00 310

转载 MIT免费生物信息课程（代码、文档、数据） - 适合系统学习

访问链接：http://genomicsclass.github.io/book/推荐一本学习生信的好书，新手友好，实战性强生信学习学的是什么？常识！分享清华大学鲁志教授实验室生物信息学教...

2021-03-22 23:50:00 302

原创敲低这个基因就可以开怀大吃了！诺奖技术助力编辑蛋白质组！NGS可使临床治疗受益！...

1壹1吃货的春天？Science子刊：科学家找到一种胡吃海塞也能健康的方法载脂蛋白CIII (ApoCIII)水平升高与代谢性疾病有关。在喂食高脂肪食物的同时采用反义寡核苷酸降低ApoCI...

2021-03-20 22:35:00 338

原创高通量数据分析必备|基因组浏览器使用介绍 - 1

基因组浏览器是高通量测序分析的一个重要的可视化工具。相比于最终提供的表格，基因组浏览器可以提供更多的信息，如直观展示突变位点、查看有无新转录本或新的可变剪接形式、查看peak的可信度、上下...

2021-03-20 22:35:00 790

原创这个飞入寻常百姓家的CNS必备技术学起来！

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、Python课程、转录组线上直播课。报名参加线上直播课的老师可在365天内选择参加同课...

2021-03-19 22:40:00 711

转载 TIOBE 2021年3月程序语言排名 - python要超越Java排第二了？

2002-2020年语言TIOBE排名变化这个为生信学习打造的开源 Python 文字教程真香！！！Pandas，让Python像R一样处理数据，但快Python语法糖之：列表解析、集合解...

2021-03-19 22:40:00 315

原创推荐几个单细胞数据分享和展示平台 | 短视频演示

Broad的单细胞数据分享和展示平台可选择子类展示映射单个基因的颜色到t-SNE/UMAP图分屏展示Cluster着色图和单基因着色图多基因热图、Dotplot、Boxplot、Violi...

2021-03-18 22:50:00 310

转载夜间工作致癌的原因被发现：熬夜破坏了癌症相关基因的节律，导致DNA损伤增加、修复效率降低...

撰文 | 王聪编辑 | nagisha排版 | 水成文越来越多的证据表明，夜班工作者中癌症更为普遍，这也促使了世界卫生组织（WHO）国际癌症研究机构在2019年将夜班工作归类为“可能对人类...

2021-03-18 22:50:00 253

转载开展“稳健”的生物信息学研究的9个要点

昨天推荐了一本学习生信的好书，新手友好，实战性强；今天看到生物城堡公众号的一位朋友编译了部分内容，分享于此。稳健的研究在很大程度上是采取一系列方案，这些方案共同累积了可靠度，我们的目的是防...

2021-03-17 22:00:00 253

转载推荐一本学习生信的好书，新手友好，实战性强

下载链接：https://2.droppdf.com/files/5aTvl/bioinformatics-data-skills.pdf代码和补充材料：https://github.co...

2021-03-16 22:05:00 457

转载推荐一些数据挖掘和生信友好的SCI！

SCI论文投稿公众号简介SCI论文投稿关注SCI、期刊、影响因子、投稿和国自然；您的SCI论文选刊投稿助手！带您早日脱坑SCI！您也可以转给您的研究生，或者是其他需要的人！感谢您的分享！点...

2021-03-16 22:05:00 2058

转载国自然和毕业论文的流程图用这个格式导入Word可无限放大

AI编辑的图片导出EMF格式可直接插入Word和PPT中可无限放大不推荐WMF，导入word可能会发生格式变化还可在PPT中去除分组再编辑 ...

2021-03-15 22:02:00 642

转载基因组学中的深度学习

全文6,743字，阅读30分钟。这一篇文章的主题是深度学习在基因组学中的应用情况的。文章较长，读完要花些时间，不过我的建议是通读第一部分——关于如何进行模型训练的内容，读完后你应该可以理解...

2021-03-15 22:02:00 1109

转载硬核干货：如果样本量不一一样多，或者不是一一对应关系，如何做差异？相关？...

写在前面因为我们测定的样本不总是可以匹配上的，但是最少的样本也不能太少，我们测定的三个样本做相关其实还是被质疑，但是测定了5或者6个重复，这个时候直接将样本比较多的样本过滤掉比较少的样本不...

2021-03-14 22:46:00 7486 1

转载太省事了！高分SCI全套优质模板下载

今天帮大家整理了一批科研过程中需要用到的实用模板基本都不用修改，直接可套节省99%的工作时间如需一次性get所有扫码发送【SX】打包领取科研全套SCI实用模板包有什么？↓↓↓1、SCI写作...

2021-03-13 22:00:00 659

转载 Science亮点！ExSeq：完整生物组织的原位空间转录组分析

背景介绍新一代测序技术的革新使得我们对生物体的组学信息有了更深的了解，随着转录组技术的日渐普及，尤其是单细胞转录组技术的突飞猛进，使得我们对组织内细胞异质性的认识有了很大提...

2021-03-13 22:00:00 1269

原创益生菌拯救“社恐”？肿瘤攘外安内？胎盘似癌？这个世界怎么了。。。

xiang'xi1壹1Cell重磅：用益生菌治疗大脑疾病，改善社交行为！自闭症谱系障碍患者的小鼠模型为Cntnap2双敲突变体，表现出社交缺陷和多动症症状。对该小鼠模型进行罗伊氏乳...

2021-03-13 22:00:00 176

原创一篇综述翻译解读文章的发出也需要数易其稿

总有人问起为什么转录组综述这篇文章会一遍一遍的发？原因有2个：这篇综述写的确实好，涵盖了转录组的很多方面。不管是新学者还是有一些基础或者自认为经验很多的人，总能在里面看到、学到一些新的知识...

2021-03-12 22:00:00 179

原创利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息

UCSC xena数据库可以下载TCGA、TARGET等数据，非常便捷，下载后的数据需要用R进行一些处理：一. 表达数据的ID转换，并识别对照组（Normal）和肿瘤组（Tumor）；...

2021-03-11 22:06:00 14668 13

原创让你的单细胞数据动起来！|iCellR(一)

今天在翻阅single cell 的github时候，我看见了这个R包，允许我们处理各种来自单细胞测序技术的数据，如scRNA-seq，scVDJ-seq和CITE-Seq。单细胞转录组教...

2021-03-11 22:06:00 1948

转载那个一年发四篇Cell的研究生，后来怎么样了？

我们听说过太多研究生期间的学霸，工作数年后，泯然众人矣。在离开研究生平台后，如何维持强大的科研创新能力？美国的Ronald D. Vale做出了榜样。读研究生的1985年，年仅26岁的Ro...

2021-03-11 22:06:00 605 1

原创学会这个BBC，你的图也可以上新闻啦！

英国广播公司（British Broadcasting Corporation；BBC）是全球最大的新闻媒体，其中各类新闻稿件采用的统计图表能很好地传达信息。为了方便清洗可重复数据和绘制图...

2021-03-10 22:05:00 471

原创一图感受各种机器学习算法

https://machinelearningmastery.com/机器学习系列教程从随机森林开始，一步步理解决策树、随机森林、ROC/AUC、数据集、交叉验证的概念和实践。文字能说清的...

2021-03-10 22:05:00 124

转载与其埋头啃文献不如关注这些公众号

做科研会遇到的第一个问题是什么呢？很多人答案应该就是看文献了吧。在知乎上搜索“如何看文献”能搜到上百个问题，就知道有多少难兄难弟了。既然大家都看文...

2021-03-09 22:23:00 3339

转载生信宝典周报 | 我们有可能会被44种动物传染上新冠？

1壹1小到极致！《自然通讯》：隐藏在食品和日用品中的新技术材料会威胁健康吗？纳米技术已应用到诸多领域，如手机、化妆品、衣服可能都填充了纳米材料，但纳米材料应用于消费品前要评估其风险。柳叶刀...

2021-03-09 22:23:00 113

原创更多特征变量却未能带来随机森林分类效果的提升

评估RFE变量筛选过程中构建的最终模型的效果最终拟合的模型可通过rfe$fit获取，用于后续预测分析。library(randomForest)rfe$fit## ## Call:#...

2021-03-08 22:22:00 526

　　Description 　　 Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed. 　　Full Description 　　Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with: 　　* Adin D. Falkoff: APL 　　* Thomas E. Kurtz: BASIC 　　* Charles H. Moore: FORTH 　　* Robin Milner: ML 　　* Donald D. Chamberlin: SQL 　　* Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK 　　* Charles Geschke and John Warnock: PostScript 　　* Bjarne Stroustrup: C++ 　　* Bertrand Meyer: Eiffel 　　* Brad Cox and Tom Love: Objective-C 　　* Larry Wall: Perl 　　* Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell 　　* Guido van Rossum: Python 　　* Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua 　　* James Gosling: Java 　　* Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML 　　* Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C# 　　If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.　　

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者：Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期：2009年4月出版社：O'Reilly 页数：433 ISBN：978-7-80205-738-8 文件格式：PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题，例如并发或数据备份，然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具，并用来解决一系列范围很广的问题。本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码，还可以用来运行书中的实例，包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。通过这本书，你将发现Python是怎样帮助你： * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互通过本书及其辅助虚拟机，你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件，以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手，不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理由给出支持材料，并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同，本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris，Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师，同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）

gvim常用插件及其配置文件支持c，perl，python，latex。需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作！

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python，简明教程！

2009-09-26

空空如也

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