2021年04月_生信宝典

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转载有没有人带？这些都是学习生信的一大助力！

经常能看到某人5篇SCI！某实验室10篇SCI！科研学习过程中，一年多篇文章的人是如何保持科研创新能力的？及时关注学界动态，高效获取优质资源非常重要。但是大量的科研资讯，热点也层出不穷，那...

2021-04-30 10:56:00 289 1

原创轻轻松松画个热图

热图是很常见的图形展示方式，在◾图形解读系列 | 给你5个示例，你能看懂常用热图使用吗？有详细描述。热图基本原则是用颜色代表数字，让数据呈现更直观、对比更明显。常用来表示不同样品组代表性基...

2021-04-30 10:56:00 607 1

原创续昨天的文章，在火山图标记基因名字

Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。BIC无代码绘制差异基因火山图留下一个小问题，如何在图上标...

2021-04-29 10:39:00 1747

原创 BIC无代码绘制差异基因火山图

无代码绘制差异基因火山图Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图一文解释了火山图如何解读。不太难看懂，而一旦看懂了，图也就知道怎么绘制了。假设我们已经有了一个差异基因鉴定后...

2021-04-28 09:16:00 930

原创无代码绘制基因表达箱线图

给定一个基因表达矩阵和样本分组信息，如何绘制样品整体表达箱线图、单个或多个基因表达箱线图。获取示例数据我们从中截取前面4行作为演示例子。利用工具Wide to Long把表达矩阵转换为长表...

2021-04-27 09:00:00 1426

转载中国中医科学院大学落户苏州吴中区

4月22日，苏州市政府与中国中医科学院全面战略合作暨建设中国中医科学院大学签约仪式举行。双方致力于在苏州建设一所中医药特色鲜明、全国一流、世界著名的研究型大学，发挥“国家队”的高端引领作用...

2021-04-26 09:00:00 311

转载 ggplot2之配对数据差异比较及结果可视化

写在前面从元旦之前，由于工作确实非常的多，所以更新的频率持续下降，现在基本上是周更了，这种情况应该还会要持续一段时间，可能要到4月或者5月才能恢复正常的更新频率。上一次给大家带来结果可视化...

2021-04-25 10:00:00 3832

转载干货集锦：200+生信范文、30+款软件、12类图片素材PPT，今年的SCI稳了！(附下载)...

最近收到不少粉丝的留言，表示快要被论文和课题薅光了头发????别慌！稳住！为了满足大家的学习需求，小编特意整理了一份生信学习干货包，需要的同学们手速下载收藏！希望大家科研有进步，论文早见刊...

2021-04-25 10:00:00 201

原创基因治疗光明现，钾盐钠盐大混战；深度学习助力癌早筛，母亲多动降低后代甲基化...

1壹1Cell-metabolism | 运动的好处通过胎盘传给宝宝孕期动物通过运动激活维生素D受体信号通路，进而上调胎盘中超氧化物歧化酶SOD3蛋白表达和分泌，激活胎儿肝脏细胞内AMP...

2021-04-24 09:00:00 149

转载重磅！这个生信神器助你文章秒出图——miRNA与基因互作数据库

我们熟知，在特定情况下，microRNA（miRNA）可以直接或间接激活和抑制基因表达。但是，尚没有基于多组学的数据库能够证明对激活与抑制以及正常与癌症状况之间相互作用模式转换的系统数据。...

2021-04-24 09:00:00 1490

原创一套完整的基于随机森林的机器学习流程（特征选择、交叉验证、模型评估））...

机器学习实操(以随机森林为例)为了展示随机森林的操作，我们用一套早期的前列腺癌和癌旁基因表达芯片数据集，包含102个样品(50个正常，52个肿瘤)，2个分组和9021个变量(基因)。（h...

2021-04-23 22:00:00 13897 6

转载这个神奇的网站提供各种图的代码供您参考！

点击去每一个都有代码和数据ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)50个ggplot2可视化案例往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波...

2021-04-22 09:00:00 121

转载近9分的生信杂志发了一篇Venn图工具大比拼

2021年4月12日，我校（西南大学）前沿交叉学科研究院生物学研究中心王翊教授研究组在生物信息学领域top期刊《Briefings in Bioinformatics》上发表题为“Venn...

2021-04-21 09:00:00 798

原创基因功能不确定？做一下单基因GSEA怎么样？

生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、在线绘图、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程...

2021-04-21 09:00:00 346

转载一文学会基于R的静态和动态网络绘制

原文链接：https://kateto.net/network-visualization代码链接：https://github.com/kateto/R-Network-Visualiz...

2021-04-20 09:16:00 74

转载在线直接绘制倾斜45度的“火山图”

缘起头条，在线操作下，也很方便暂无Marginal plot，后续增加此功能。访问链接：http://www.ehbio.com/Cloud_Platform/front/#/（点击阅读...

2021-04-19 09:00:00 617

原创什么是倾斜45度的火山图？

今天是转录组培训最后一天，剩下一点时间自由探索。朋友们来自山南海北，还是北京的最多。一位老师聊起火山图（Volcano plot | 别再问我这为什么是火山图（在线轻松绘制）），说见过倾...

2021-04-19 09:00:00 1282

转载导师要让你学会的“显规则”

我们身边经常有一些非常努力用功，却依然成绩平庸的人。难道真是因为，太忙碌，会使人变傻？其实成功的人，得益于他们有一套行之有效的方法。能够长期专注、深入。更因为他们在低头拉车的同时，每天花一...

2021-04-19 09:00:00 160

原创鱼不长肢蛇不长脚，多多益善更烦恼？人猴嵌合肥胖有救，生活还要压力要小！...

1壹1Cell | 鱼为什么长鳍而不长肢？斑马鱼的vav2和waslb的突变会导致斑马鱼形成类似于肢（Limb-like）的结构，揭示了鳍-肢潜在的发展程序以及其中的具体遗传机制。这让我...

2021-04-18 20:04:00 152

转载这一路，信念很简单，把书念下去，然后走出去，不枉活一世

昨天坐在车上想起自己的学士、博士都是草草的过去了，也没有什么仪式感。毕业拿到学位也没啥感觉。读大学觉得大学生遍地，读博士觉得博士遍地，自己感觉自己总是沧海中的一粟，读完了也就完了。也可能确...

2021-04-18 20:04:00 489

转载主成分分析的可视化展示

一、主成分分析简介在对于一件事物的研究过程中，为了准确的反映事物间的关系，往往需要收集多维指标，以保证尽可能全面地收集信息。然而多维指标往往会提高分析人员的分析难度，并且相似变量也造成了信...

2021-04-17 22:00:00 1749 3

转载微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下同时开课，2021.7)

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下...

2021-04-16 22:00:00 415

转载 Awesome R

访问链接：https://github.com/qinwf/awesome-R#2020往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集...

2021-04-16 22:00:00 146

转载 QB期刊:纪念人类基因组草图发表20周年系列文章 | 美国两院院士Michael S. Waterman教授分享HGP早期历史...

2001年2月，Nature和Science两本期刊分别刊登了国际人类基因组测序联盟（International Human Genome Sequencing Consorti...

2021-04-14 22:01:00 528

转载 QB期刊:纪念人类基因组草图发表20周年系列文章 | Michael Q. Zhang教授分享个人研究历程及学科发展思考...

2021年是人类基因组草图公布的20周年，QB期刊非常荣幸地邀请到了一批曾在人类基因组计划（HGP）中发挥重要作用并做出突出贡献、或见证HGP重大进展和影响的杰出科学家，为大家分享...

2021-04-14 22:01:00 774

转载导师没有教你的“潜规则”

文献读的不够多？分析方法用不对？实验没有好结果？不如看看下面的优质公众号掌握最新的研究热点、研究进展、研究技术Hanson临床科研(ID：HClinicalResearch)推荐理由：Ha...

2021-04-13 22:00:00 206

原创 ggplot2实现分半小提琴图绘制基因表达谱和免疫得分

最近看到很多人问下面这个图怎么绘制，看着确实不错。于是我查了一些资料，这个图叫split violin或者half violin，本质上是一种小提琴图。参考代码在https://gist....

2021-04-13 22:00:00 5627 2

转载第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究” 青年学者论坛--特别云论坛

第八届“数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛--特别云论坛一、会议简介 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学者论坛旨在加强从事 “数学、计算机与生命科学交叉研究”青年学...

2021-04-12 20:00:00 337

原创 PDX模型不靠谱，土豪来发resource；细菌帮助癌转移，诺奖发现被推翻

1壹1《自然通讯》：为什么成功杀死小鼠肿瘤的抗癌药，却止步于人体试验...抗癌药物的有效性会基于植入患者肿瘤的免疫缺陷小鼠模型进行临床前的评估，可基于小鼠模型的评估结果真的可信吗？德国一个...

2021-04-11 11:37:00 227

转载分享一个免费好用的桌面便签

点击下载：https://www.simplestickynotes.com/往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文获取教程合集 ...

2021-04-11 11:37:00 899

转载你的导师是哪种类型？

Big Talker: 大话型，擅长宏观面上，敢讲，不了解细节SlaveDriver:催命型，忙不应接DemiGod:超牛型，神龙见首不见尾，但大树底下好乘凉ControlFre...

2021-04-10 21:53:00 80

转载 1.5w字的Rmarkdown入门教程汇总

全文1.5w字，预计阅读时间40min，建议结合b站视频一起学习本文框架第一章：Rmarkdown 简介Rmarkdown 是 R 语言环境中提供的 markdown 编辑工具，运用 rm...

2021-04-10 21:53:00 8784

转载那个一年发了4篇Cell的研究生，后来怎么样了？

我们听说过太多研究生期间的学霸，工作数年后，泯然众人矣。在离开研究生平台后，如何维持强大的科研创新能力？美国的Ronald D. Vale做出了榜样。读研究生的1985年，年仅26岁就以第...

2021-04-10 21:53:00 293

转载中国中医科学院中药资源中心2021年公开招聘应届毕业生预公告

根据工作需要，2021年中国中医科学院中药资源中心公开招聘工作人员7名。现将有关事项公告如下：一、单位简介中药资源中心是以中国中医科学院中药资源学科优势为基础，整合国内研究力量，建成的国家...

2021-04-09 22:18:00 378

转载 seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能...

写在前面通过我几天的学习，我发现，seqkit十分好用，将序列的各种操作都囊括进去，加入多线程，我个人认为这将是非常好的胶水，在处理无论是基因组还是其他组学。定是一个必学神器。注意一下教程...

2021-04-08 22:15:00 8373 1

转载有了它，快速学会RStudio应用

这个为生信学习和生信作图打造的开源R教程真香！！！50个ggplot2可视化案例ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)ggplot2|详解八大基本绘图要素往期精品(点...

2021-04-06 22:06:00 110

转载那些文献阅读能力爆表的科研学子，都在偷偷做这件事……

对于广大科研学子来说，阅读文献这件事可谓是贯穿整个学术生涯，因为文献是了解现在所学专业的领域切入点，且做科研遇到难题时还可以在文献中寻找答案。以及科研实验完毕后，若是准备发表论文，那么还得...

2021-04-06 22:06:00 254

转载 WGCNA分析，简单全面的最新教程（在线做，但也需要懂原理）

生信学习的正确姿势（第三版）NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-seq分析（ChIP-seq基本分析流程）、...

2021-04-05 22:26:00 8642 2

转载在家吃饭保平安，华人学者研究发现，经常在外就餐增加死亡风险

撰文 | 王聪编辑|nagashi排版| 水成文随着工作节奏的加快，以及生活水平的提高，外出就餐在世界范围内均广为流行，最近几十年以来，在外就餐所占比例越来越高，饭店数量稳定增长，餐...

2021-04-04 21:19:00 105

转载推荐我们在B站免费的转录组课程|测序原理，GO/GSEA/WGCNA

点击**阅读原文**直达！高级转录组调控分析和R语言数据可视化第十三期（线上线下开课）Nature重磅综述 |关于RNA-seq，你想知道的都在这RNA-seq最强综述名词解释&...

2021-04-04 21:19:00 300

　　Description 　　 Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed. 　　Full Description 　　Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with: 　　* Adin D. Falkoff: APL 　　* Thomas E. Kurtz: BASIC 　　* Charles H. Moore: FORTH 　　* Robin Milner: ML 　　* Donald D. Chamberlin: SQL 　　* Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK 　　* Charles Geschke and John Warnock: PostScript 　　* Bjarne Stroustrup: C++ 　　* Bertrand Meyer: Eiffel 　　* Brad Cox and Tom Love: Objective-C 　　* Larry Wall: Perl 　　* Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell 　　* Guido van Rossum: Python 　　* Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua 　　* James Gosling: Java 　　* Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML 　　* Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C# 　　If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.　　

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者：Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期：2009年4月出版社：O'Reilly 页数：433 ISBN：978-7-80205-738-8 文件格式：PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题，例如并发或数据备份，然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具，并用来解决一系列范围很广的问题。本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码，还可以用来运行书中的实例，包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。通过这本书，你将发现Python是怎样帮助你： * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互通过本书及其辅助虚拟机，你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件，以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手，不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理由给出支持材料，并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同，本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris，Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师，同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）

gvim常用插件及其配置文件支持c，perl，python，latex。需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作！

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python，简明教程！

2009-09-26

空空如也

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