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转载 Nat. Biotechnol. | 利用深度学习从基因转录数据中预测药物疗效
作者 | 蒋长志审稿 | 蒋立坤今天给大家介绍来自北京大学医学部的谢正伟团队发表在Nature Biotechnology上的文章,文章提出了一种基于深度学习的药效预测系统(DLEPS),...
2021-08-30 21:50:00 1151
转载 ggplot2绘图点的形状不够用怎么办?
群里有这么一个问题:请问老师,fviz_pca_ind 做pca,当设置geom.ind = “point”,group>6时,就不能显示第7,8组的点,应该如何处理(在不设置为文本...
2021-08-29 21:00:00 3392
转载 生信入门转录组和可视化学习捷径
转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较,寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本,并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组的测序...
2021-08-29 21:00:00 1070
转载 数学教材里的神秘数表在国外红出圈,网友:引人入胜、猜不到结局
本文受权转载自“把科学带回家”,ID:steamforkidsie有这样一本神书,它的正文不包含任何字母却畅销60多年,再版了3次,在亚马逊上的评论量超过了亚马逊十大畅销书之一的《饥饿游戏...
2021-08-28 21:00:00 123
转载 饶毅教授对非升即走的思考
来源:公众号饶毅科学作者:饶毅前言饶先生从终身轨制度在中国的发展历程,为大家科普了什么是非升即走的预聘制,非常值得一读。关于大家非常关心的一个话题,引用文章中的言论:“所谓华中某校一百多人...
2021-08-28 21:00:00 226
转载 ggplot2绘图如何根据一个变量即区分颜色又区分深浅?
群里有这么一个问题:请问用ggplot2绘制气泡图的时候,根据数字的正负设置红蓝两种颜色,根据数字的大小可以设置颜色的深浅吗?如何实现?可以用哪个函数,谢谢大家先构造一个正弦曲线数据集,数...
2021-08-27 21:03:00 1705
转载 GO/KEGG富集分析泡泡图中为什么基因的数目是小数?
在上次转录组可视化课程中,有位老师看到富集分析泡泡图的图例中的Count存在小数,于是提出了这么一个问题:为什么基因的数目有小数?之前没有注意过这个问题,应该是ggplot2默认的图例生成...
2021-08-23 22:00:00 819
原创 机器学习算法 随机森林学习 之决策树
随机森林是基于集体智慧的一个机器学习算法,也是目前最好的机器学习算法之一。随机森林实际是一堆决策树的组合(正如其名,树多了就是森林了)。在用于分类一个新变量时,相关的检测数据提交给构建好的...
2021-08-23 22:00:00 1164
转载 微生物组-扩增子16S分析和可视化(线上/线下,本周开课,2021.10)
福利公告:为了响应学员的学习需求,经过易生信培训团队的讨论筹备,现决定安排扩增子16S分析、宏基因组、转录组的线上/线下同时开课。报名参加线上直播课的老师可在1年内选择参加同课程的一次线下...
2021-08-22 11:05:00 627
转载 Nat. Commun.|北京大学吴华君,基因组3D结构调控胚胎干细胞分化
哺乳动物染色质的拓扑结构对基因转录调控起着至关重要的作用。这些拓扑结构包括:Topologically Associating Domains (TADs)和其内部的DNA环状结构(DNA...
2021-08-21 17:08:00 323
转载 发论文为嘛这么难?灵魂画手扒一扒“同行评审”那些事
本文来源:“科学大院”公众号(kexuedayuan) 作者:猫公爵1科研人员的开门三件事:做实验,发文章,写基金。文章用图的修改和排版 (2)简单强大的在线绘图-第3版论文图表基本规范学...
2021-08-21 17:08:00 563
转载 蜜汁问题?差异基因分析谁比谁有差别吗?
做差异基因分析时经常会遇到有老师纠结是样品组A比样品组B还是样品组B比样品组A。每次我都是很诧异,这有区别吗?这是一个典型的DESeq2输出结果,我们怎么知道他计算的是trt/untrt还...
2021-08-19 20:00:00 1704
转载 生物大数据时代,如何做好数据管理和再利用,发IF10+的数据库文章?
生物信息分析离不开数据资源和数据库,生物信息学数据库分类概览 (第一版)系统梳理了常用功能数据库。下面再分析5个我们承建发表的数据库,3篇NAR,一篇BIB,一篇Nature protoc...
2021-08-17 20:34:00 150
转载 中年发福谁之“过”?Science论文采用“双标水”法首次揭示全生命周期代谢规律...
“人到中年,大不如前”“代谢下降,喝水都胖”,真的是这样吗?一项新的成果证实并非如此。中国科学院深圳理工大学(筹)药学院讲席教授、中国科学院深圳先进技术研究院医药所能量代谢与生殖研究中心首...
2021-08-15 21:59:00 212
转载 上海药物所揭示KRAS突变肿瘤的分子分型和精准治疗新策略
8月9日,中国科学院上海药物研究所研究员谭敏佳和研究员黄敏团队合作,在Molecular Cell上在线发表了题为A proteomic and phosphoproteomic land...
2021-08-15 21:59:00 247
转载 多个组别的和弦图
和弦图(Chord diagram)使用的最多的情形是可视化两个组别之间的相互关系。circlize从0.4.10版本开始,我在chordDiagram()函数中加入了一个新的group参...
2021-08-14 22:40:00 1262
转载 Nature重磅:发现延长女性生育寿命的新基因
撰文| 王聪编辑| 王多鱼排版|水成文在过去的 150 年里,人类的预期寿命得到了大幅增加,但大多数女性的自然绝经年龄一直保持在 50 岁左右。女性与生俱来的所有卵子都会随着年龄的...
2021-08-14 22:40:00 161
原创 统计测序数据reads数和碱基数的几种方法
很简单的问题,却被常常问起。记录一个帖子。文末有福利。手动写一个FASTQ格式的测试数据cat <<END >sample.fq@ESX1CAGGAGGAGTACGT...
2021-08-13 23:21:00 10043
原创 R语言中这些你想知道含义又不知道怎么查的特殊符号
特殊符号常用,但不好搜索,收藏起来做个备用,欢迎大家继续补充。(): 通常用于函数的调用,例如ggplot(data);或者调整优先级,如1:3+1返回2 3 4,而1:(3+1)返回1...
2021-08-12 14:00:00 3160
转载 别人运行的好好的R代码,到我这怎么就冲突了?
培训时,同一段代码,大家都运行的好好的,而你却出现问题了,一般都是考虑包里的函数冲突了。这时需要一个个去排查到底是哪个函数发生了冲突,有没有更好的办法呢?本文介绍一个包conflicted...
2021-08-11 14:00:00 1185
转载 【EI快速检索】生物医学与生物信息工程国际学术会议(ICBBE 2021)三轮征稿
重要信息大会官网:https://www.ais.cn/attendees/index/3AJUYZ会议时间:2021年08月27日-29日会议地点:广州·中国录用通知时间:投稿后1周...
2021-08-10 22:41:00 714
转载 45万例患者基因检测显示:NGS很难检测出七分之一的致病变异
基于下一代测序(NGS)的临床基因测试越来越多地用于辅助诊断,针对该技术的临床应用有具体的指南,除了检测相对可靠的单核苷酸变异(SNVs)和微小插入缺失(indel),NGS也已经被扩展到...
2021-08-07 20:41:00 1316
转载 Nat. Biotechnol. | 人工智能药物研发在中国蓬勃发展
编译|王建民中国的新锐公司和IT巨头希望将中国的人工智能能力转化为世界领先的药物创新,他们是否比西方企业更有优势?中国的研究人员正在积极的探索以AI技术为基础的新药发现新范式。就在上个...
2021-08-06 22:15:00 282
转载 第一:做学位论文期间,不要有任何度假休息的打算;第二,导师错的时候不多;第三……...
内容来源:科学网博客,作者王德华研究生从大学生生活转换到研究生生活,在思想意识上,学习和工作方法上,都需要进行一些改变。如果转变不好,会严重影响研究生阶段的学习和工作。研究生阶段已经再也不...
2021-08-06 22:15:00 153
原创 这些21个不太好搜索其含义的特殊符号你都知道吗?
Linux命令中有一些常用符号,看到时不一定好查询它们的功能和含义,这里列举一些常见的符号和解释,欢迎大家补充完善。|: 管道符,在两个相邻命令之间传递数据;如ls | head把ls命令...
2021-08-05 22:12:00 462
转载 教你一招拷贝视频中的代码~~~~~
看到视频中的代码,想用一下,又不想自己敲,怎么办?用QQ截图中的“文字识别”QQ截图是个好工具,还可以做下面的工作如何保证文章中同一组样品在不同子图颜色一致?QQ自带的截图工具太强了,截取...
2021-08-05 22:12:00 1096
转载 JGG | 这么漂亮的Venn网络竟然可以一步在线绘制?
2021年8月2日,JGG在线发表了中国中医科学院黄璐琦院士团队和中国科学院遗传与发育生物学研究所刘永鑫高级工程师合作题为“EVenn: Easy to create repeatable...
2021-08-04 22:00:00 358
转载 这个处理不同基因组区域关系的工具集很不错!
Bedtools是处理基因组信息分析的强大工具集合,本文列出自己学习其官方文档的几个点,对后面计算不同样品peak相似性的脚本做了下更新和调整,使用起来更为简单方便。内容摘要区域注释,如p...
2021-08-03 22:00:00 1388
转载 这个工具可以快速查看文章引用、获取全文、研究者状态
简洁的界面、飞快的速度、有影响力的学者、杂志、机构、会议文章的引用量,相关的参考文献、引文,合法的全文获取单个学者的引用、是否处于高产期、以及最有影响力的文章网址:https://acad...
2021-08-03 22:00:00 336
转载 如何保证文章中同一组样品在不同子图颜色一致?
在整理结果发表文章时,通常会有很多子图来显示样品不同层面的信息。如下面Alpha多样性、Beta多样性中,每个样品组KO、OE、WT颜色一致,这样编辑、审稿人、用户读文章时不需要思考就可以...
2021-08-02 20:34:00 116
转载 精选| 2021年6月R新包推荐(第55期)
翻译:黄小伟,资深大数据分析从业者。目前就职杭州有赞数据分析团队!知乎专栏:中国R语言社区、R语言中文社区|26,000+关注、150万+阅读知乎圈子:数据分析圈|11,000+加入岗位...
2021-08-01 22:41:00 595
Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
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