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转载 节后开课 | 转录组分析的正确姿势你了解了吗?
转录组分析是目前应用最广的高通量测序分析技术之一。常见设计是不同样品之间比较,寻找差异基因、标志基因、协同变化基因、差异剪接和新转录本,并进行结果可视化、功能注释和网络分析等。转录组的测序...
2021-09-30 21:58:00 489
转载 Awesome Bioinformatics:假期了,收藏学习吧!
链接:https://github.com/danielecook/Awesome-Bioinformatics往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波”或...
2021-09-30 21:58:00 66
转载 看生物信息学如何聚焦特定表型,探索分子机制,促进临床转化
今天分享一篇2021年6月份的文章,发表在Hepatology, IF:17.423。文章探索了伴有血管侵犯肝细胞癌的分子景观,识别了由MYC癌基因驱动的不同转录、表观遗传和蛋白质组学变化...
2021-09-29 22:20:00 903
原创 Adonis结果P值小于0.05,一定代表两组样品物种构成差异显著吗?
前情回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!实战1:画一个带统计检验的PCoA分析...
2021-09-29 22:20:00 6151 1
转载 福建农林大学转录系统生物学课题组30万招聘(生信分析、组培转化)
福建农林大学转录系统生物学课题组招聘(生信分析、组培转化)工作地点:福建农林大学海峡联合研究院薪金:18-30万招聘岗位:讲师/副教授/助理实验室网址:http://hbmcsysbio....
2021-09-28 21:00:00 217
原创 你的adonis用对了吗?不同因素的顺序竟然对结果有很大影响
前情回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!实战1:画一个带统计检验的PCoA分析...
2021-09-27 22:09:00 4244 1
原创 画一个带统计检验的PcOA分析结果 (再进一步,配对比较)
前期回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!实战1:画一个带统计检验的PCoA分析...
2021-09-26 21:00:00 2876 1
原创 画一个带统计检验的PCoA分析结果
前情回顾方差分析基本概念:方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA原理解释:这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!经过前面的铺垫,下面来实战一下,理论应...
2021-09-25 21:00:00 5034 1
原创 这个统计检验可用于判断PCA/PCoA等的分群效果是否显著!
了解了基本概念 方差分析中的“元”和“因素”是什么?PERMANOVA是多元方差分析的非参数变体。它用来比较多组观测样本的统计指标值的异同。它利用距离矩阵(如欧式距离、Bray-Curt...
2021-09-24 21:00:00 1893
原创 方差分析中的“元”和“因素”是什么?
试验中要考察的指标称为试验指标,影响试验指标的条件称为因素,因素所处的状态称为水平 (通常用于3个或更多水平时;如果只有2个水平考虑T-test);若试验中只有一个因素改变则称为单因素试验...
2021-09-23 21:00:00 1179
转载 推荐一个数据可视化网站,提供绘图创意
网站链接:https://www.informationisbeautifulawards.com/往期精品(点击图片直达文字对应教程)机器学习后台回复“生信宝典福利第一波”或点击阅读原文...
2021-09-22 21:00:00 290
转载 给刚博士毕业的年轻学者9点建议,最后一条:抓紧结婚,生娃!
作者 |王善勇(澳大利亚纽卡斯尔大学教授)最近和几位刚刚拿到博士学位的年轻学者聊天,他们问我回国和在国外发展哪个更好?我说,这个很难讲,每个人的具体情况不同,人各有志,不能一概而论。但凡...
2021-09-21 21:00:00 173
转载 抖音张一鸣:我的大学四年收获及工作感悟
今天分享一篇关于个人成长的文章,字节张一鸣先生在读书、工作以及创业时期相关的文章,从他写的一些文字中确实能看出来是一个很精进的技术控和创业者。他的一些鞭策自己的方式、思考问题的方式、以及工...
2021-09-18 21:00:00 240
转载 【会议通知】关于召开第十届全国生物信息学与系统生物学学术大会的重要补充通知(第二轮)...
全国生物信息学与系统生物学学术大会自1998年首届召开以来,已成功举办九届,是中国生物信息学研究领域学术水平最高、影响最大的全国盛会。第十届全国生物信息学与系统生物学学术大会将于2021年...
2021-09-18 21:00:00 1775
原创 STAR直接就可以输出readsCount,为什么还需要featurecounts?
这个问题很让人困惑,不少教程,先是STAR比对,然后featureCounts或HTSeq再计算reads count。那么我们看看,什么时候需要这样做,什么时候不需要这样做?STAR比对...
2021-09-17 21:00:00 4071 2
转载 国际千人基因组计划数据库怎么用起来?
从公共数据库中下载基因组或外显子组数据,一般需注意以下几项:1.使用权限2. 物种及参考基因组版本3. 数据来源及引用:GEO、千人基因组计划等4. 表型:种族、健康状况、性别、年龄和家...
2021-09-17 21:00:00 9212 1
原创 Salmon构建索引的时间效率和计算效率明显高于STAR
前面我们评估了不同大小基因组基于STAR构建索引所需的计算资源和时间资源、不同大小数据集基于STAR进行比对所需的计算资源和时间资源和STAR比对速度与分配线程的关系。将人类基因组按染色体...
2021-09-14 21:00:00 591
转载 生信宝典文章集锦,一站式学习生信!众多干货,有趣有料
生信的作用越来越大,想学的人越来越多,不管是为了以后发展,还是为了解决眼下的问题。但生信学习不是一朝一夕就可以完成的事情,也许你可以很短时间学会一个交互式软件的操作,却不能看完程序教学视频...
2021-09-13 21:55:00 2485
转载 【万字长文】R语言入门学习路线与资源汇总
本篇推文就不介绍为什么需要学R了,你能打开这篇文章,说明你有学习R的想法或者正在学习R的路上。今天简单介绍下R语言的学习路线以及R学习资源汇总。下面涉及到的R语言书籍我打包了PDF文件,有...
2021-09-12 22:00:00 7701
转载 改写教科书!Science揭示:为什么你体内的癌细胞没发展成癌症?
在我们体内,每天潜伏着数千个因DNA错误而发生突变的细胞,它们都存在着最终致癌的可能性。现有理论认为,癌症是由两种类型的基因突变导致,分别是原癌基因的突变和抑癌基因的失活。但是,并不是所有...
2021-09-11 21:00:00 90
原创 gganimate|让你的图动起来!!!
这是ggplot中十分可爱的一个扩增包,目的只有一个,就是让你的图动起来!就是酱紫!!gganimate扩展了ggplot2实现的图形语法,包括动画描述。它通过提供一系列新的语法类来实现这...
2021-09-11 21:00:00 374
转载 同学,要开学了,你的导师也很焦虑
点击上方蓝字“返朴”进入主页,可关注查阅往期文章当今研究生教育面临着诸多问题,其一就是学生的心理健康,尤其是博士生,常常出现焦虑、抑郁的情况。无论这些问题的成因是什么,面对客观存在的问题,...
2021-09-09 21:00:00 151
原创 线程也不是越多越好,多少是好?
前面我们评估了不同大小基因组构建索引所需的计算资源和时间资源和不同大小数据集比对所需的计算资源和时间资源。下面我们进一步看下不同线程数的影响。测试电脑配置这是一个10核、20线程的处理器,...
2021-09-08 21:00:00 3392
原创 这个转录组比对工具很快,十几分钟一个样品
前面我们做了STAR基因组索引构建所需资源的评估,现在我们看下reads比对对计算资源和时间的需求。下载原始测序数据首先下载获得样品SRR1039517的原始测序数据,数据量约为34 mi...
2021-09-07 21:00:00 737
原创 什么配置的电脑可满足基因组索引构建的需求?
经常有朋友问起自己要做什么分析,推荐一个电脑的配置。通常限制程序运行的最主要因素是内存,内存不足程序会直接运行不起来,CPU性能弱顶多是运行的慢,硬盘比较便宜,不需要特别评估。针对这个问题...
2021-09-06 21:00:00 504
原创 三大开源生信基础教程(bookdown编写,源码可作为模板)和视频课程
开源生信 R 教程http://www.ehbio.com/Bioinfo_R_course/1 思考题2 R基础2.1 R安装2.2 Rstudio基础2.2.1 Rstudio版本2....
2021-09-05 21:11:00 321
转载 R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(下)
点击下方公众号,回复资料分享,收获惊喜本教程来自华东师范大学汤银才教授,本人已授权。为了获得更好的阅读体验,可在文末直达原文网站。前两期内容见:R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(中...
2021-09-05 21:11:00 370
转载 R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(中)
本教程来自华东师范大学汤银才教授,本人已授权。为了获得更好的阅读体验,可在文末直达原文网站。第 2 章 bookdown速览这是第 2 章的内容,概要性地讲解基于bookdown拓展包进行...
2021-09-05 21:11:00 1013
转载 R沟通|Bookdown中文书稿写作手册(上)
本教程来自华东师范大学汤银才教授,已受本人授权前言今年接了 5 本与贝叶斯近似计算包INLA相关的翻译书,将由高等教育出版社出版。在准备翻译的时候,我静下来思考了一下二个问题。一是互联网时...
2021-09-05 21:11:00 570
转载 Cell Reports:CRISPR-Cas12k引导的细菌普适性靶向遗传筛选系统
「点击蓝字 / 关注我们」近日,中山大学骆观正课题组与上海科技大学季泉江课题组合作,在Cell Reports杂志发表了题为“Targeted genetic screening in b...
2021-09-04 22:00:00 1202
转载 重磅 | 分子生物学与遗传学经典名著——《Lewin基因XII》(中译本)
《Lewin基因XII》书号:9787030677686定价:498.00《基因》系列自问世以来的几十年间共修订了12次。这不仅反映了基因研究的迅猛发展和所取得的丰硕成果,同时也表明了《基...
2021-09-03 21:05:00 5746
转载 中科院遗传所钱文峰组发表新冠病毒源于自然界的科学证据
导 读肆虐全球的新冠病毒是否起源于自然界是目前国际上的一个争议热点。由于科学家们尚未从野生动物中成功分离得到与新冠病毒足够相似的病毒,因此,实验室起源的可能性被反复提及。本研究通过对新冠病...
2021-09-02 21:13:00 459
转载 Time除了监控程序运行时间还能干这个?
time是我们比较常用的一个在bash终端监控程序运行的小工具,如time sleep 2real 0m2.003s 整个程序运行耗时,从运行开始到运行结束user 0m...
2021-09-01 21:30:00 173
转载 ggforce|绘制区域轮廓-区域放大-寻找你的“onepiece”
ggforce是ggplot2的扩展包,“擅长”于根据数据绘制轮廓以及区域放大。先将整体分为几个重要的“版图”,然后根据“线索”重点放大后在此区域进行精细“搜寻”,最终找到“ONEPIEC...
2021-09-01 21:30:00 218
Masterminds of programming
2010-12-26
Python在Unix和Linux系统管理中的应用
2010-12-18
gvim常用插件及其配置文件配置(下载解压即可使用)
2010-08-17
Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘
2010-03-02
Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition
2010-03-02
空空如也
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