2021年11月_生信宝典

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转载分子结构模拟工具UCSF Chimera的安装及基本操作

UCSF Chimera是一个用于分子结构和相关数据的交互式可视化和分析工具。主要包括：密度图，超分子组合，顺序排列，对接结果，轨迹和构象整合。也可以生成高质量图像和动画。软件下载UCSF...

2021-11-29 21:00:00 5325

转载如何更合理地选择图表形式

前言不管你用何种工具制作图表，都会遇到一个问题，我该选用哪种图表形式？在《用图表说话：麦肯锡商务沟通完全工具箱》这一经典著作中，作者基恩.泽拉兹尼阐述了他经典的方法论，也就是分为3步：步骤...

2021-11-28 21:23:00 156

转载北京、广州同时开课 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章...

福利公告：首期《临床基因组学数据分析实战》线上/线下课程已圆满结束。现于2022年春节前，安排第二期和第三期课程，分别为：北京，2021年12月24-26；广州，2022年1月7-9。(线...

2021-11-27 23:28:00 106

转载颉伟/郭勇/李伟合作阐释哺乳动物早期胚胎发育中表观重编程和基因印记的进化保守性和物种特异性...

北京时间2021年11月25日凌晨3时，清华大学生命学院颉伟研究组、北京农学院郭勇研究组与中国科学院动物研究所李伟研究组通过紧密合作，在Science Advances期刊以长文形式发表了...

2021-11-25 21:00:00 221

转载北京、广州同时开课 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章...

2021-11-25 21:00:00 53

转载 NAR | 陈加余/陈亮合作建立R-loop全基因组分布与调控的专家数据库

R-loop是由RNA:DNA杂合链和非模板单链DNA构成的三链结构，广泛存在于从细菌到人类等物种的基因组中。R-loop结构主要随细胞转录活动产生，受细胞精细调控而处于高度动态变化当中。...

2021-11-24 21:00:00 1177

转载 iMeta宏基因组&生物信息期刊-创刊背景和简介

全球出版物数量分布：中国办刊数量远低于国际平均水平，总量为美国的6.2%和英国的13.7%，人均仅为英美的1.4%和0.65%，与世界第一人口大国和第二经济体极端不匹配中国-高水平文章vs...

2021-11-23 21:00:00 1047

转载北京、广州同时开课 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章...

2021-11-21 21:00:00 55

转载 125家单位联合完成微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版

微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)正式发布在过去20年里，微生物组学在人类、动物、植物和环境领域均取得了突破进展。迄今为止，每年有数万篇相关研究论文发表...

2021-11-21 21:00:00 1129

转载先天性异常或智力残疾儿童患者的外显子组和基因组测序：美国医学遗传学与基因组学学院循证临床指南...

背景介绍先天性异常（CA）、发育迟缓（DD）和智力残疾（ID）是儿科人群中最常见的遗传转诊指征，它们包括了一组可影响儿童身体、学习或行为功能的异质性疾病。根据全球疾病负荷、伤害和风险因素研...

2021-11-20 21:00:00 686

转载北京大学药学院张亮仁教授/刘振明研究员课题组博士后招聘启事

招聘范围因科研工作需要，北京大学药学院张亮仁教授/刘振明研究员课题组现面向国内外公开招聘博士后3～5名。岗位职责针对“基于知识的药物发现”（具体包括算法和数据两个方向）独立开展相关课题的研...

2021-11-20 21:00:00 803

原创一套完整的基于随机森林的机器学习流程（特征选择、交叉验证、模型评估））...

机器学习实操(以随机森林为例)为了展示随机森林的操作，我们用一套早期的前列腺癌和癌旁基因表达芯片数据集，包含102个样品(50个正常，52个肿瘤)，2个分组和9021个变量(基因)。（h...

2021-11-19 21:00:00 3193

转载一行代码添加P值的可视化技巧分享~~

点击上方“DataCharm”，选择“星标”公众号在一些常见的统计图表中经常需要在一些图表中添加P值，那么今天小编给大家汇总一下关于统计图表中P值的添加方法。今天推文的主要内容如下：P值简...

2021-11-18 21:00:00 874

转载岗位多多，招聘 23人 | 中国农业科学院深圳农业基因组研究所诚聘博士后和科研人员...

基因组所介绍中国农业科学院深圳农业基因组研究所成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过整合生物学和大数据科学，来认识与利用农业生物基因组，服务全...

2021-11-17 21:48:00 251

转载颠覆教科书：打破50年来的认知，DNA同义突变会影响蛋白质折叠，进而影响细胞生长...

蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分，是生命的物质基础，也是生命活动的执行者。机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现...

2021-11-17 21:48:00 240

转载北京、广州同时开课 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章...

2021-11-17 21:48:00 204

转载 NAR丨方海发布免疫疾病遗传靶点数据库“优先指数”，助力计算转化医学研究...

2021年11月9日，上海交通大学医学院附属瑞金医院 / 国家转化医学中心（上海）方海研究员在Nucleic Acids Research发表题为Priority index: data...

2021-11-16 21:00:00 571

转载速查表 | Bash cheat sheet!

Bash Scripting BasicsHere, we list some basic bash syntax with a brief explanation. It is a go...

2021-11-16 21:00:00 144

转载师弟新作 | NBT：王运浩、区健辉等综述纳米孔测序技术

2021年11月8日，美国俄亥俄州立大学（Ohio State University）区健辉（Kin Fai Au）研究组在Nature Biotechnology在线发表综述论文Nano...

2021-11-15 21:00:00 395

转载《细胞》重磅成果！任兵课题组绘制迄今最大规模人类单细胞染色质可及性图谱...

北京时间2021年11月13日凌晨0时，美国加州大学圣地亚哥分校任兵教授课题组在国际学术期刊《细胞》（Cell）发表论文——“ A single-cell atlas of chroma...

2021-11-14 21:00:00 234

转载玉米转座子插入型突变体”五折优惠

“玉米转座子插入型突变体”五折优惠一年一度的双十一来啦！中国农业科学院作物科学研究所重大平台中心隆重推出“玉米转座子插入型突变体”5折优惠活动！即日起至12月15日，凡订购“玉米转座子插入...

2021-11-14 21:00:00 583

转载 QB期刊 | 纪念HGP20周年系列文章3：陈润生院士回顾我国早期生物信息学的发展...

2021年是人类基因组草图公布的20周年，QB期刊非常荣幸地邀请到了一批曾在人类基因组计划（HGP）中发挥重要作用并做出突出贡献、或见证HGP重大进展和影响的杰出科学家，为大家分享...

2021-11-12 21:00:00 463

转载中国大陆SCIE收录期刊分析：多少本刊？发文多少？解决了多大内卷？

网址：https://jcr.clarivate.com/期刊引证报告(Journal Citation Reports, JCR)网站提供了目前最为详细的期刊间文章引用统计，杂志分类、影...

2021-11-11 21:00:00 454

转载生信宝典联合科学出版社在双 11推出生物信息专题书单 5 折优惠！学起来！

系统学习一门知识还得靠书籍，如学习生信的系列书籍。现在《科学出版社》在京东平台推出了正版专业图书大放价，权威的平台，高质量的书籍，系统的知识，何不搞起来？机会难得，本来的优惠是 10 月 ...

2021-11-10 23:30:00 538

原创直接写和放在函数中不同的R语言用法

索引数据框中的某一列df$A可以索引数据框df中列名为A的列的所有值。那么假如列名是一个R对象怎么做？df <- data.frame(A=1:5, B=(1:5)*2)df$A...

2021-11-09 22:00:00 210

转载本期课程已满，欢迎关注后续期次 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章...

本期课程已满报名结束！欢迎关注后续期次！福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现安排《临床基因组学数据分析实战》于2021年11月12-14 线上/线下课程 (线...

2021-11-09 22:00:00 145

转载图灵奖得主吐槽中国高校「重科研，轻教育」怪象！高校教师评价体系是元凶？...

新智元报道来源：知乎编辑：小咸鱼好困【新智元导读】第四届世界顶尖科学家论坛开幕式上，图灵奖得主约翰·霍普克罗夫特谈到本科生教育时表示，中国的高校应该更关注如何提高所有学生的教学质...

2021-11-08 21:00:00 197

转载马上开课 | 临床基因组学数据分析实战助力解析Case，快速发表文章

福利公告：为了响应学员的学习需求，经过易生信培训团队的讨论筹备，现安排《临床基因组学数据分析实战》于2021年11月12-14 线上/线下课程 (线上课是通过腾讯会议实时直播线下课，实时互...

2021-11-07 21:00:00 239

转载生信分析和统计绘图资源推荐！

宏基因组/微生物组是当今世界科研最热门的研究领域之一，中科院科研人员创立“宏基因组”公众号，入选科研圈评选“2019年度学术媒体优质公众号联合海内外同行共同打造本领域纯干货技术及思想交流平...

2021-11-06 21:00:00 465

转载招聘| 基因组所Yuwen Liu团队诚聘副研究员和博士后（最高50万年薪）

招聘| 基因组所Yuwen Liu团队诚聘副研究员和博士后基因组所介绍中国农业科学院深圳农业基因组研究所成立于2014年，由农业农村部、中国农业科学院和深圳市政府共同支持建设。基因组所通过...

2021-11-06 21:00:00 316

原创 346个基因组可视化工具一网打进！

Github来源：https://github.com/cmdcolin/awesome-genome-visualization配套网页：https://cmdcolin.github....

2021-11-04 22:13:00 12276

转载太愁了！这个分析需要哪种数据？原始count？标准化？抽平？FPKM？TPM？

哪一步分析用哪种格式的数据？用什么方法处理过的数据？做PCA是不是要用原始Count？抽平的数据和原始Count什么区别？....选择什么数据，好像比选美都难...我们自己学的时候总会有这...

2021-11-03 21:24:00 5289

原创抄代码的时候总是遇到原始数据应该长什么样的问题??

常常遇到有人问起看到分享的教程导入数据的方式是data(dune)等直接调用系统的数据，而自己怎么读入自己的数据呢？对于初学者来讲，这确实是个问题。如何准备数据、拿到正确格式的数据并导入后...

2021-11-03 21:24:00 104

　　Description 　　 Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. Think along with Adin D. Falkoff (APL), James Gosling (Java), Bjarne Stroustrup (C++), and others whose vision and hard work helped shape the computer industry. You'll find advice you can apply to systems you're developing, even if you don't use the specific languages being discussed. 　　Full Description 　　Masterminds of Programming features exclusive interviews with the creators of several historic and highly influential programming languages. In this unique collection, you'll learn about the processes that led to specific design decisions, including the goals they had in mind, the trade-offs they had to make, and how their experiences have left an impact on programming today. Masterminds of Programming includes individual interviews with: 　　* Adin D. Falkoff: APL 　　* Thomas E. Kurtz: BASIC 　　* Charles H. Moore: FORTH 　　* Robin Milner: ML 　　* Donald D. Chamberlin: SQL 　　* Alfred Aho, Peter Weinberger, and Brian Kernighan: AWK 　　* Charles Geschke and John Warnock: PostScript 　　* Bjarne Stroustrup: C++ 　　* Bertrand Meyer: Eiffel 　　* Brad Cox and Tom Love: Objective-C 　　* Larry Wall: Perl 　　* Simon Peyton Jones, Paul Hudak, Philip Wadler, and John Hughes: Haskell 　　* Guido van Rossum: Python 　　* Luiz Henrique de Figueiredo and Roberto Ierusalimschy: Lua 　　* James Gosling: Java 　　* Grady Booch, Ivar Jacobson, and James Rumbaugh: UML 　　* Anders Hejlsberg: Delphi inventor and lead developer of C# 　　If you're interested in the people whose vision and hard work helped shape the computer industry, you'll find Masterminds of Programming fascinating.　　

2010-12-26

Python在Unix和Linux系统管理中的应用

作者：Noah Gift,Jeremy M. Jones 出版日期：2009年4月出版社：O'Reilly 页数：433 ISBN：978-7-80205-738-8 文件格式：PDF 《Python在Unix和Linux系统管理中的应用》展示了Python语言如何提供一种更加高效的方式来处理Unix和Linux服务器管理工作中的各种任务。本书的每一章都会提出一个特定的管理问题，例如并发或数据备份，然后通过实际的例子提供基于Python的解决方案。你将学习使用 Python开发一套属于自己的命令行工具，并用来解决一系列范围很广的问题。本书作者们还构建了一个可以免费下载的Ubuntu虚拟机。该虚拟机包含了这本书的源代码，还可以用来运行书中的实例，包括SNMP、IPython、SQLAlchemy和许多其他工具。通过这本书，你将发现Python是怎样帮助你： * 读入文本文件并提取信息 * 使用线程和派生子进程的选项并发地运行多个任务 * 使用网络工具从一个进程传送信息到另一个进程 * 创建更易互动的可点击图形界面工具 * 通过与SNMP交互来用程序监控大型多个集群机器 * 掌握IPython的命令环境来替代或增强Bash、Korn或Z-Shell的功能 * 将云计算集成到基础架构中并编写一个基于谷歌应用程序引擎的应用 * 利用定制脚本来解决特殊的数据备份的挑战 * 使用Django、SQLAlchemy和Storm对象关系模型来与数据库交互通过本书及其辅助虚拟机，你将学习如何打包并部署Python应用程序和库文件，以及如何编写在多个Unix和Linux平台下都运行良好的代码。 “这本书适用于Python新手，不管他们是否具有命令环境脚本编写的经验或者总体上相对而言就是编程初学者。Jeremy和Noah都很注意为自己的理由给出支持材料，并且解释这些代码实例在实际中的运用。与许多轻易就让新手不堪重负的编程书籍不同，本书尽一切努力来让这些新手们获得自信和成功。” ——Ruth Suehle和Bascha Harris，Red Hat杂志 Noah Gift在加州理工学院、迪斯尼、Feature Animation和Turner Studios具有十年以上的Unix和Linux开发经验。他是Giftcs和Cloud Seed软件公司的合伙人。 Jeremy M.Jones是Predictix公司的软件工程师，同时也是开源项目Munkware、ediplex和podgrabber的作者。

2010-12-18

gvim常用插件及其配置文件配置（下载解压即可使用）

gvim常用插件及其配置文件支持c，perl，python，latex。需要自己安装ctags .vim: after compiler doc indent ltags perl-support skeleton syntax autoload c-support ftdetect keymap Makefile plugin snipMate.vim.ct tools colors CVIMSYN ftplugin latextags Makefile.in README.csupport snippets .vim/after: ftplugin plugin syntax .vim/after/ftplugin: c_snippets.vim java_snippets.vim python_pydiction.vim python_snippets.vim sh_snippets.vim .vim/after/plugin: .vim/after/syntax: cpp.vim c.vim java.vim .vim/autoload: acp.vim perlsupportgui.vim perlsupportprofiling.vim perlsupportregex.vim snipMate.vim .vim/colors: desertEx.vim peachpuff.vim zenburn.vim .vim/compiler: tex.vim .vim/c-support: codesnippets doc rc scripts templates wordlists .vim/c-support/codesnippets: calloc_double_matrix.c main.cc print_array.cc.noindent calloc_int_matrix.c Makefile print_double_array.c.noindent main.c Makefile.multi-target.template print_int_array.c.noindent .vim/c-support/doc: ChangeLog c-hotkeys.pdf c-hotkeys.tex .vim/c-support/rc: customization.ctags customization.gvimrc customization.indent.pro customization.vimrc .vim/c-support/scripts: wrapper.sh .vim/c-support/templates: c.comments.template cpp.comments.template cpp.preprocessor.template c.statements.template c.cpp.template cpp.cpp.template cpp.statements.template Templates c.idioms.template cpp.idioms.template c.preprocessor.template Templates~ .vim/c-support/wordlists: c-c++-keywords.list c-c++-keywords.list.bak k+r.list stl_index.list .vim/CVIMSYN: engspchk.contraction engspchk.dialect engspchk.dict engspchk.match engspchk.proper engspchk.rare .vim/doc: acp.jax latexhelp.txt latex-suite-quickstart.css Makefile taglist.txt acp.txt latex-suite latex-suite-quickstart.html Makefile.in tags catalog.xml la

2010-08-17

Data Mining in Bioinformatics 生物信息中的数据挖掘

Jason T.L. Wang, Mohammed J. Zaki,Hannu T.T. Toivonen and Dennis Shasha (Eds) Summary The aim of this book is to introduce the reader to some of the best techniques for data mining in bioinformatics in the hope that the reader will build on them to make new discoveries on his or her own. The book contains twelve chapters in four parts, namely, overview, sequence and structure alignment, biological data mining, and biological data management.

2010-03-02

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition

Survey of Text Mining: Clustering, Classification, and Retrieval, Second Edition I. Clustering, II. Document retrieval and representation, III. Email surveillance and filtering, and IV. Anomaly detection. 著名大师Michael W. Berry的经典力作！

2010-03-02

比perl好的生物信息学语言python

比perl好的生物信息学语言python，简明教程！

2009-09-26

空空如也

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