基于R的Hmisc和igraph包构建网络并联合Gephi软件绘制炫酷网络数据图

最新推荐文章于 2024-07-25 07:57:37 发布

qi201910

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文章标签： r语言 php 开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/qi201910/article/details/132168469

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一、调用R的igraph、Hmisc包根据相关性矩阵生成"graphml"、"gml"两种格式文件以便后续使用

#载入所需R包；
library(igraph)
library(Hmisc)
#工作目录设置；
setwd("C:\\Users\\13205\\Desktop\\网络数据图")
#读入OTU绝对丰度表；
otu=read.table("breast_cancer_otu_RM.csv" ,header=T,row.names = 1,sep = ",")
#转成矩阵，之后的相关性计算需要矩阵对象；
otu<-as.matrix(otu)
dim(otu)
head(otu)


#将丰度值大于1的值替换为1，便于计算不同otu的检测率；
dt<-otu
dt[dt>1]<-1
#将样本发现率低于20%的otu过滤掉；
no<-which(rowSums(dt)/ncol(dt)>0.2)
length(no)
otu<-otu[no,]


#计算相关性系数；
sp.cor<-rcorr(t(otu),type="spearman")
#提取r、p值矩阵；
r.cor<-sp.cor$r
p.cor<-sp.cor$P
#使用Benjamini-Hochberg("FDR-BH")法进行多重检验校正；
p.adj <- p.adjust(p.cor, method